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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G027980
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 7212294-7213730 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1258 bp · TkA08G027980|TK1151|cDNA

GTCGTTTTTGTAAAATTATCCCTCACACCGAGAGTACAAAATGCTCGTCAGCCAGCCTTGCTATCAGCAAACGGCGTTGCCTTCCTCTCTTTCCTTGATTTTCTATCTCTAAAATATTCTGATACGAAACCCTTTTTTGCTTTCGAAATTCCCACTTGGACTCACTTTTTCTTCATCTTTTCATCAATTCATCAGCCAAAAGTTTCTACACTTTTCAGAAGATCATTGAAAAAAGCAAGCAACCATGGTGCGTGTGAGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

810 bp · TkA08G027980|TK1151|CDS

ATGGTGCGTGTGAGCAACAACTTAGTCGGCATCCTCAATTTCGTAACGTTCCTCCTCTCAATCCCCATCTTGGCCGGCGGTATTTGGCTATCACGTCAAGGAACCTCCGAATGCGAACGATTCCTTGATAGACCAGTCATCGCGCTCGGGATCTTCCTCATGATCGTCTCACTCGCCGGCCTCATCGGCGCGTGTTGTCGCGTGTCGTGGCTCCTATGGGTGTACCTACTCGTGATGTTTCTACTAATCCTCCTCCTTTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

269 aa · TkA08G027980|TK1151|PROTEIN

MVRVSNNLVGILNFVTFLLSIPILAGGIWLSRQGTSECERFLDRPVIALGIFLMIVSLAGLIGACCRVSWLLWVYLLVMFLLILLLFCFTIFAFVVTNKGAGNTVSGRGYKEYRLGDYSDWLQKRVNSDKNWNKIKSCLQDSKVCKSLIDDGSDNAPVDVFYSRHLSSIQSGCCKPANDCNFTYVTPTNWTKTPTTSGNTDCGAWDNDQNTLCFNCQSCKAGLLDNIKSDWKKVAVLNVIFLVFLIVVYSIGCCAFRNNR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G027980
TK1151 IDTkA08G027980
OH-1004 IDLXL04_005200
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)46.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.885 / OH-1004 66.998
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G027980
位置Chr08:7212294-7213730 (+)
描述Similar to TET3: Tetraspanin-3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g23810 可能参与细胞分化的调控。 暂无已核实直接文献
At4g28050 可能参与细胞分化的调控。 暂无已核实直接文献
At4g30430 可能参与细胞分化的调控。 暂无已核实直接文献
At5g46700 参与生长素 的基叶转运，调节生长和器官组织以及细胞分化。
Tornado1 and tornado2 are required for the specification of radial and circumferential pattern in the Arabidopsis root.2000 · DOI: 10.1242/dev.127.15.3385
The ekeko mutant demonstrates a role for tetraspanin-like protein in plant development.2003 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2003.09.122
The TORNADO1 and TORNADO2 genes function in several patterning processes during early leaf development in Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.040568
Mutations in the TORNADO2 gene affect cellular decisions in the peripheral zone of the shoot apical meristem of Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1007/s11103-006-9105-z
Arabidopsis WIH1 and WIH2 genes act in the transition from somatic to reproductive cell fate.2011 · DOI: 10.1016/j.cub.2011.05.015
At3g45600 可能参与细胞分化的调控。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005200 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程
GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0050829 defense response to Gram-negative bacterium 生物过程
GO:0090110 COPII-coated vesicle cargo loading 生物过程
GO:0099039 sphingolipid translocation 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0070062 extracellular exosome 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G23810
ath:AT3G45600
ath:AT4G28050
ath:AT4G30430
ath:AT5G60220
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.803
排名 1 · TkA08G027980 · TK1151
细胞质0.126
排名 2 · TkA08G027980 · TK1151
溶酶体／液泡0.093
排名 3 · TkA08G027980 · TK1151
内质网0.055
排名 4 · TkA08G027980 · TK1151
高尔基体0.040
排名 5 · TkA08G027980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00335Tetraspanin6-255 aa
PF09685MamF_MmsF12-100 aa
PF19747DUF623428-89 aa
PF11770GAPT46-65 aa
PF01284MARVEL46-101 aa
PF20990DUF2207_C47-134 aa
PF08592Anthrone_oxy48-100 aa
PF19261DUF590449-71 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G027980PF00335Tetraspanin62557.3e-41141.0
TkA08G027980PF09685MamF_MmsF121000.01616.3
TkA08G027980PF19747DUF623428890.005617.8
TkA08G027980PF11770GAPT46650.8410.1
TkA08G027980PF01284MARVEL461011.99.2
TkA08G027980PF20990DUF2207_C471340.04414.2
TkA08G027980PF08592Anthrone_oxy481000.007217.2
TkA08G027980PF19261DUF590449710.3911.5
TkA08G027980PF28043KwaA55990.7310.4
TkA08G027980PF06024Orf7871990.8610.7
TkA08G027980PF16492Cadherin_C_274970.09614.1
TkA08G027980PF11770GAPT77880.8410.1
TkA08G027980PF25184YxzE781540.2113.3
TkA08G027980PF11770GAPT1221380.8410.1
TkA08G027980PF25184YxzE1972030.2113.3
TkA08G027980PF19261DUF59042272580.3911.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8S8Q6拟南芥sp|Q8S8Q6|TET8_ARATH Tetraspanin-864.900%Swiss-Prot高置信
Q9SUD4拟南芥sp|Q9SUD4|TET7_ARATH Tetraspanin-760.400%Swiss-Prot高置信
Q9M0B7拟南芥sp|Q9M0B7|TET9_ARATH Tetraspanin-958.000%Swiss-Prot高置信
Q9FIQ5拟南芥sp|Q9FIQ5|TRN2_ARATH Protein TORNADO 246.200%Swiss-Prot中等置信
Q9M1E7拟南芥sp|Q9M1E7|TET3_ARATH Tetraspanin-349.200%Swiss-Prot中等置信

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