TkA08G022230 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G022230

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 5604983-5611763 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1055 bp · TkA08G022230|TK1151|cDNA

AATTACTTTAGCACTGGCCCAATAGTTGGACAGAAAAATAATAATCCCAAAGAGGAATTTAAGCAAATTTTTGAAACTTGAAGGGAGCTTATTGTAACTTTTTGTAATCCTAAACTTATTAGTTATCAATCAGATCAAACGTAAAACCACCACTCGGCAATCCCCAACATTCTCCCGCCTCCGTCGCCTCGCATCTCCGACCATCACTGTCACCGGCTAAGAAGCTCCGTTAGATTGCTCGTCATAGTCCACAAAACCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

795 bp · TkA08G022230|TK1151|CDS

ATGGTGCCTGCAAGCCTTCCAAAAACCAGTGGCTTACGGTTACTTTCCTACTGCAATCAAAGTTACATCAGTGGCCTCCCCCTTCGTCCACTTCTTTCCACATTCTCTTCACCATTAAAACCAAATGGACAACCACTCTCAACACTAAAAACTCCTCAAATATCCCCATTACAAATAGCATCAAAATCAACCAGATTCTTCTGCACATCCCAAACTGTATCCACAGACCCTTCCAGTTCCAGTTCCAGTTCTAGTCCTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

264 aa · TkA08G022230|TK1151|PROTEIN

MVPASLPKTSGLRLLSYCNQSYISGLPLRPLLSTFSSPLKPNGQPLSTLKTPQISPLQIASKSTRFFCTSQTVSTDPSSSSSSSSPTSTSTPTTTEENKEAVVDMMKIKDMANTLDIRVGKILKAWRHEEADSLYVEEVDIGEPEPRIICSGLVKYIPLEQLQNKNVIVLANLKPRNMRGVKSFGMLMAASDKSHENVELLEPPEGVELGERIWFGIGGEDEKEKLPEAASANQVAKKKIWEQVQPHLSTTGSCVATLGD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G022230`
TK1151 ID	TkA08G022230
OH-1004 ID	LXL04_018177
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 70.833 / OH-1004 47.222 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G022230

位置 Chr08:5604983-5611763 (+)

描述 Similar to Aimp1: Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g13780`	细胞质蛋氨酸-tRNA 合成酶。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0508700`	可能的蛋氨酸-tRNA连接酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018177 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001937 negative regulation of endothelial cell proliferation 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0006418 tRNA aminoacylation for protein translation 生物过程

GO:0006431 methionyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0006437 tyrosyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0007267 cell-cell signaling 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0042594 response to starvation 生物过程

GO:0048608 reproductive structure development 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0070094 positive regulation of glucagon secretion 生物过程

GO:0005615 extracellular space 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

cge:100689238

hsa:9255

mmu:13722

rno:313047

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.582

排名 1 · TkA08G022230 · TK1151

质体0.458

排名 2 · TkA08G022230 · TK1151

细胞核0.045

排名 3 · TkA08G022230 · TK1151

细胞质0.043

排名 4 · TkA08G022230 · TK1151

细胞膜0.009

排名 5 · TkA08G022230 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24544Ig_TPPC8_2nd54-117 aa

PF01588tRNA_bind117-212 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G022230	`PF24544`	Ig_TPPC8_2nd	54	117	0.15	13.4
TkA08G022230	`PF01588`	tRNA_bind	117	212	1.2e-31	109.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SVN5`	拟南芥	sp\|Q9SVN5\|SYMC_ARATH Methionine--tRNA ligase, cytoplasmic	49.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZTS1`	水稻	sp\|Q9ZTS1\|SYM_ORYSJ Probable methionine--tRNA ligase	50.900%	Swiss-Prot	中等置信

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