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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G004900
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 1261623-1263785 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2058 bp · TkA08G004900|TK1151|cDNA

ATGAAGAAGATTTCGATACTTTTTTGTGTAGTTCTGTTTTCATTTTTGTCTGGTTGTGTGTTTTGTTTTTCCGATGATGGTGGTGGCTTGAGTTCTGGAAAGCTCACCGACGGTGAGGTGAGTTATATTCGTCAACGGCAACTGCTGTACTACCGGGATGAGTTCGGTGACAGAGGCGAGAATGTGAGCGTGGATCCGACGCTCGTGTTTGAAAACCCTCGGCTGAGGAATGCTTACATTGCTTTACAAGCTTGGAAGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2058 bp · TkA08G004900|TK1151|CDS

ATGAAGAAGATTTCGATACTTTTTTGTGTAGTTCTGTTTTCATTTTTGTCTGGTTGTGTGTTTTGTTTTTCCGATGATGGTGGTGGCTTGAGTTCTGGAAAGCTCACCGACGGTGAGGTGAGTTATATTCGTCAACGGCAACTGCTGTACTACCGGGATGAGTTCGGTGACAGAGGCGAGAATGTGAGCGTGGATCCGACGCTCGTGTTTGAAAACCCTCGGCTGAGGAATGCTTACATTGCTTTACAAGCTTGGAAGCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

685 aa · TkA08G004900|TK1151|PROTEIN

MKKISILFCVVLFSFLSGCVFCFSDDGGGLSSGKLTDGEVSYIRQRQLLYYRDEFGDRGENVSVDPTLVFENPRLRNAYIALQAWKQAILSDPQNLTANWVGSGVCDYTGVFCAPALDNSSERTVAGIDLNHGDIAGYLPEELGLLKDLALFHINSNRFCGTVPQKFRHLKLLYELDLSNNRFAGKFPYVVLKLPVLKFLDIRFNEFEGSVPKELFDKDLDAIFINHNRFLFELPDNFGNSPVSVIVLANNRFHGCLPAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G004900
TK1151 IDTkA08G004900
OH-1004 IDLXL04_018323
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 65.839 / OH-1004 60.456
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G004900
位置Chr08:1261623-1263785 (+)
描述Similar to LRX4: Leucine-rich repeat extensin-like protein 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g24480 通过调节细胞壁的形成与组装和/或生长极性来调节细胞形态发生。 暂无已核实直接文献
At4g18670 通过调节细胞壁的形成与组装和/或生长极性来调节细胞形态发生。 暂无已核实直接文献
At4g13340 通过调节细胞壁的形成与组装和/或生长极性来调节细胞形态发生。 暂无已核实直接文献
At5g25550 通过调节细胞壁的形成与组装和/或生长极性来调节细胞形态发生。 暂无已核实直接文献
At1g62440 通过调节细胞壁的形成与组装和/或生长极性来调节细胞形态发生。
Synergistic interaction of the two paralogous Arabidopsis genes LRX1 and LRX2 in cell wall formation during root hair development.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01784.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018323 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009860 pollen tube growth 生物过程
GO:0071555 cell wall organization 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0099503 secretory vesicle 细胞组分
GO:0005199 structural constituent of cell wall 分子功能
GO:0042277 peptide binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G49490
ath:AT3G24480
ath:AT4G13340
ath:AT4G18670
ath:AT5G25550
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.478
排名 1 · TkA08G004900 · TK1151
内质网0.149
排名 2 · TkA08G004900 · TK1151
细胞膜0.138
排名 3 · TkA08G004900 · TK1151
细胞质0.094
排名 4 · TkA08G004900 · TK1151
质体0.051
排名 5 · TkA08G004900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263LRRNT_281-113 aa
PF00560LRR_1128-144 aa
PF13855LRR_8150-206 aa
PF00560LRR_1152-170 aa
PF00560LRR_1173-189 aa
PF12799LRR_4175-205 aa
PF00560LRR_1197-215 aa
PF13855LRR_8221-264 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G004900PF08263LRRNT_2811130.0001722.5
TkA08G004900PF00560LRR_11281441.1e-1349.1
TkA08G004900PF13855LRR_81502067.4e-1039.2
TkA08G004900PF00560LRR_11521701.1e-1349.1
TkA08G004900PF00560LRR_11731891.1e-1349.1
TkA08G004900PF12799LRR_41752050.0002821.7
TkA08G004900PF00560LRR_11972151.1e-1349.1
TkA08G004900PF13855LRR_82212647.4e-1039.2
TkA08G004900PF00560LRR_12232401.1e-1349.1
TkA08G004900PF13855LRR_82443027.4e-1039.2
TkA08G004900PF00560LRR_12452641.1e-1349.1
TkA08G004900PF12799LRR_42472780.0002821.7
TkA08G004900PF00560LRR_12682871.1e-1349.1
TkA08G004900PF13855LRR_82683247.4e-1039.2
TkA08G004900PF00560LRR_12933131.1e-1349.1
TkA08G004900PF13855LRR_82933437.4e-1039.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LHF1拟南芥sp|Q9LHF1|LRX4_ARATH Leucine-rich repeat extensin-like protein 467.100%Swiss-Prot中等置信
Q9SN46拟南芥sp|Q9SN46|LRX5_ARATH Leucine-rich repeat extensin-like protein 573.100%Swiss-Prot中等置信
Q9T0K5拟南芥sp|Q9T0K5|LRX3_ARATH Leucine-rich repeat extensin-like protein 366.900%Swiss-Prot中等置信
Q4PSE6拟南芥sp|Q4PSE6|LRX7_ARATH Leucine-rich repeat extensin-like protein 763.100%Swiss-Prot中等置信
O48809拟南芥sp|O48809|LRX2_ARATH Leucine-rich repeat extensin-like protein 260.100%Swiss-Prot中等置信

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