TkA07G422630 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G422630

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 106831243-106833190 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1260 bp · TkA07G422630|TK1151|cDNA

TTTTTAATCCCTACTAAAATCAATAATTTAAGCTTGCAATTAGTTTAATAACTAATGTTTAACCAAATTACCCACCCAATATGAACCTATTTGAAGTCTCTTTCATCAAAATAGATCATGGTGAGACCTCCTTGTTGTGATAAGCTAACTATGCGAAAAGGGCCATGGAACGAAGAAGATGATGCACAAATGCTCGCGTTTGTAACCAAACAACCAACACCAAATTGGCAAGCAGCGGCTCCCAAGAAACCAGGTTTAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

981 bp · TkA07G422630|TK1151|CDS

ATGGTGAGACCTCCTTGTTGTGATAAGCTAACTATGCGAAAAGGGCCATGGAACGAAGAAGATGATGCACAAATGCTCGCGTTTGTAACCAAACAACCAACACCAAATTGGCAAGCAGCGGCTCCCAAGAAACCAGGTTTAAGAAGATGCGGAAAGACTTGTAGGTTAAGGAAAACAAATGTTGCAACAAATGATCATATTCGGCATCAAACCTTTACACAACAAGAAGAGGAGTTAATCATCAAGCTTCATTCCGCTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

326 aa · TkA07G422630|TK1151|PROTEIN

MVRPPCCDKLTMRKGPWNEEDDAQMLAFVTKQPTPNWQAAAPKKPGLRRCGKTCRLRKTNVATNDHIRHQTFTQQEEELIIKLHSAIGSRWPIIAQQLPGRTDNDVKNYWNTKLKKKLSAMGIDPVTHRPFSQMLADYGTISGLTRNQTRMGSLNQSNNNTFFISNQENVFQNPPSESIFPNFNNSIKMEPPESIKSDSLDLLTQLQAITHVKESSTNHGIGIFHVSVASSSSSSSSSCSTLNEMMPQQTFNWRDFLIEN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G422630`
TK1151 ID	TkA07G422630
OH-1004 ID	LXL04_030673
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G422630

位置 Chr07:106831243-106833190 (+)

描述 Similar to MYB35: Transcription factor MYB35

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g28470`	小孢子成熟过程中花药发育和早期绒毡层功能所必需的。	Defective in Tapetal development and function 1 is essential for anther development and tapetal function for microspore maturation in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03500.x A genetic pathway for tapetum development and function in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2011.01078.x
`At5g56110`	与 DNA 序列 5'-CCAACC-3' 结合的转录因子。	AtMYB103 regulates tapetum and trichome development in Arabidopsis thaliana.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01791.x Transcription factor AtMYB103 is required for anther development by regulating tapetum development, callose dissolution and exine formation in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03254.x The MYB80 transcription factor is required for pollen development and the regulation of tapetal programmed cell death in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.082651
`At5g15310`	参与花瓣表皮细胞形态发生的控制。	Control of cell and petal morphogenesis by R2R3 MYB transcription factors.2007 · DOI: 10.1242/dev.02836 MIXTA-like transcription factors and WAX INDUCER1/SHINE1 coordinately regulate cuticle development in Arabidopsis and Torenia fournieri.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.110783 The MIXTA-like transcription factor MYB16 is a major regulator of cuticle formation in vegetative organs.2013 · DOI: 10.4161/psb.26826
`At3g01140`	作为表皮细胞生长的抑制因子，并负向调控毛状体分支形成。	Transcriptional profiling of mature Arabidopsis trichomes reveals that NOECK encodes the MIXTA-like transcriptional regulator MYB106.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.126979 MIXTA-like transcription factors and WAX INDUCER1/SHINE1 coordinately regulate cuticle development in Arabidopsis and Torenia fournieri.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.110783 The MIXTA-like transcription factor MYB16 is a major regulator of cuticle formation in vegetative organs.2013 · DOI: 10.4161/psb.26826

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0470600`	对于花药绒毡层发育和小孢子发生至关重要。	MYB80, a regulator of tapetal and pollen development, is functionally conserved in crops.2012 · DOI: 10.1007/s11103-011-9855-0

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030673 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000902 cell morphogenesis 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0048658 anther wall tapetum development 生物过程

GO:0052545 callose localization 生物过程

GO:0055046 microgametogenesis 生物过程

GO:1901957 regulation of cutin biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G01140

ath:AT3G28470

ath:AT5G15310

ath:AT5G56110

osa:9272494

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.946

排名 1 · TkA07G422630 · TK1151

细胞质0.170

排名 2 · TkA07G422630 · TK1151

细胞膜0.018

排名 3 · TkA07G422630 · TK1151

线粒体0.016

排名 4 · TkA07G422630 · TK1151

内质网0.010

排名 5 · TkA07G422630 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249Myb_DNA-binding14-57 aa

PF13921Myb_DNA-bind_617-77 aa

PF00249Myb_DNA-binding70-112 aa

PF13921Myb_DNA-bind_672-119 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G422630	`PF00249`	Myb_DNA-binding	14	57	4e-20	72.4
TkA07G422630	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	17	77	2.7e-11	44.2
TkA07G422630	`PF00249`	Myb_DNA-binding	70	112	4e-20	72.4
TkA07G422630	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	72	119	2.7e-11	44.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LSI7`	拟南芥	sp\|Q9LSI7\|MYB35_ARATH Transcription factor MYB35	62.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q9XHV0`	拟南芥	sp\|Q9XHV0\|MYB80_ARATH Transcription factor MYB80	55.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LXF1`	拟南芥	sp\|Q9LXF1\|MYB16_ARATH Transcription factor MYB16	54.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LE63`	拟南芥	sp\|Q9LE63\|MY106_ARATH Transcription factor MYB106	47.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q7XQN1`	水稻	sp\|Q7XQN1\|MYB80_ORYSJ Transcription factor MYB80	57.100%	Swiss-Prot	低置信

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