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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G398260
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 100067052-100069088 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1464 bp · TkA07G398260|TK1151|cDNA

AAAAAGATCACCGAATAACGGACCTACTATGCACGCCACCCTCTTTCGCACGTGCTCACTGTACTGCGATTCGATTTATGGTTGTCCACGTGTCACCTCTTACCCAACTCCTTCCTCCAGGTGTTCCCCTTCTTCTTTCCTTTTCTATATCAACACCATCAAAATTCAAGACCAAATTCCCTACACGTTTGTTTCTCTCTTTCTCAATCACCCCCCGGAAATCCATGGAGACGGAAATACAGGCGAATTACTCATACATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1203 bp · TkA07G398260|TK1151|CDS

ATGGTTGTCCACGTGTCACCTCTTACCCAACTCCTTCCTCCAGGTGTTCCCCTTCTTCTTTCCTTTTCTATATCAACACCATCAAAATTCAAGACCAAATTCCCTACACGTTTGTTTCTCTCTTTCTCAATCACCCCCCGGAAATCCATGGAGACGGAAATACAGGCGAATTACTCATACATGGGACGGAATTTCAGCAACATCAGCCTCACCAACGATCACTCCGCGGCGTTCAGCGATTGTAATAGCGACCGGTCAGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

400 aa · TkA07G398260|TK1151|PROTEIN

MVVHVSPLTQLLPPGVPLLLSFSISTPSKFKTKFPTRLFLSFSITPRKSMETEIQANYSYMGRNFSNISLTNDHSAAFSDCNSDRSGEFPTTSASKRLLLACATESSDDLIKQLVSDLDSDSIEDQKQAAMELRLLAKNKPENRVKIARAGAIRPLISLISSADSELQEHGVTAILNLSLCDENKEVLASSGAIRPLVRALKVGTPTAKENAACALLRLSQLEENKAAIGRSGAIPLLVDLLETGNFRGQKDASTALYSL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G398260
TK1151 IDTkA07G398260
OH-1004 IDLXL04_030338
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G398260
位置Chr07:100067052-100069088 (+)
描述Similar to PUB4: U-box domain-containing protein 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g46510 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At2g23140 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At5g42340 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At3g54790 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At2g28830 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030338 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031648 protein destabilization 生物过程
GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0048658 anther wall tapetum development 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0090333 regulation of stomatal closure 生物过程
GO:1904821 chloroplast disassembly 生物过程
GO:2000022 regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G23030
ath:AT1G71020
ath:AT2G23140
ath:AT3G54790
ath:AT5G67340
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.346
排名 1 · TkA07G398260 · TK1151
细胞核0.312
排名 2 · TkA07G398260 · TK1151
质体0.252
排名 3 · TkA07G398260 · TK1151
细胞膜0.108
排名 4 · TkA07G398260 · TK1151
线粒体0.051
排名 5 · TkA07G398260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13513HEAT_EZ9-22 aa
PF14664RICTOR_N77-119 aa
PF17741DUF557897-188 aa
PF04208MtrA97-127 aa
PF11698V-ATPase_H_C105-177 aa
PF23628ARM_LIN_C107-260 aa
PF24768ARM_ARMC5108-293 aa
PF05804KAP109-242 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G398260PF13513HEAT_EZ9229.47.6
TkA07G398260PF14664RICTOR_N771190.001218.7
TkA07G398260PF17741DUF5578971880.1512.1
TkA07G398260PF04208MtrA971270.2411.8
TkA07G398260PF11698V-ATPase_H_C1051770.2112.5
TkA07G398260PF23628ARM_LIN_C1072602.7e-0730.6
TkA07G398260PF24768ARM_ARMC51082932e-1867.5
TkA07G398260PF05804KAP1092422.5e-0523.5
TkA07G398260PF25598ARM_PUB1133861.1e-2178.3
TkA07G398260PF28415SIL1_FES1_HPBP1_C1131657.5e-0729.6
TkA07G398260PF30746TMCO61211900.02214.2
TkA07G398260PF25571TPR_CCP1_N1331640.002217.9
TkA07G398260PF13513HEAT_EZ1401749.47.6
TkA07G398260PF00514Arm1411792.8e-36123.1
TkA07G398260PF30699ARM_GAC_21412030.006615.5
TkA07G398260PF14664RICTOR_N1492230.001218.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SNC6拟南芥sp|Q9SNC6|PUB13_ARATH U-box domain-containing protein 1345.200%Swiss-Prot低置信
O22193拟南芥sp|O22193|PUB4_ARATH U-box domain-containing protein 442.900%Swiss-Prot低置信
Q681N2拟南芥sp|Q681N2|PUB15_ARATH U-box domain-containing protein 1548.600%Swiss-Prot低置信
Q8GWV5拟南芥sp|Q8GWV5|PUB3_ARATH U-box domain-containing protein 351.400%Swiss-Prot低置信
Q9ZV31拟南芥sp|Q9ZV31|PUB12_ARATH U-box domain-containing protein 1256.700%Swiss-Prot低置信

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