TkA07G398240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G398240

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 100051952-100061600 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1160 bp · TkA07G398240|TK1151|cDNA

ATGATGTTATATTGTAGAACAAACTAGTAATTAAACGAAACAAACACCACCTCCTCTACCTACTACAATCACTTTTGCTTCTAGACCATCGATGGAGCTCGCTATTGTCAGAAGCAATCACAGGTCATCTCCGGCGACTTCTACACCGGAAATGGATCGCAAAATCTGGCGGAAGCTCCCCATCGAACTCCTCGAACGTATACTCTCTTTGTTACCTTTCAAAACCTTCTTATACCTCCGATCAACCTGCAAATACTTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1050 bp · TkA07G398240|TK1151|CDS

ATGGAGCTCGCTATTGTCAGAAGCAATCACAGGTCATCTCCGGCGACTTCTACACCGGAAATGGATCGCAAAATCTGGCGGAAGCTCCCCATCGAACTCCTCGAACGTATACTCTCTTTGTTACCTTTCAAAACCTTCTTATACCTCCGATCAACCTGCAAATACTTTAGATCTCTTATCTTCTCTCCACTTTTCCTCTCGAAATATGCCAATTCGCTTTCACCTTCACCGTTTTCTTCGTTCATGTTACTATCTCATCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

349 aa · TkA07G398240|TK1151|PROTEIN

MELAIVRSNHRSSPATSTPEMDRKIWRKLPIELLERILSLLPFKTFLYLRSTCKYFRSLIFSPLFLSKYANSLSPSPFSSFMLLSHPQSGNYLLYDTVLNTWRDINLPLIDSLTFTPLLCTASCLLCFSAVPDSSNSAFCLFNLLSRTTRLVKFPEYPFAFEYPTLITNSSGYHLFCLSSGSASSHLYAYVYDSRVRRWTRFDGFHRTLGDSYLQQGVLLNGSLYFVTREPFAVVNFDLHTGNWETSDVDLPEELTFVRL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G398240`
TK1151 ID	TkA07G398240
OH-1004 ID	LXL04_030337
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.989 / OH-1004 87.240 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G398240

位置 Chr07:100051952-100061600 (+)

描述 Similar to At5g43190: F-box/kelch-repeat protein At5g43190

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g43190`	F-盒/凯尔奇重复蛋白 At5g43190。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030337 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010074 maintenance of meristem identity 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010193 response to ozone 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0010928 regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27340

ath:AT5G15710

ath:AT5G43190

osa:107277138

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.653

排名 1 · TkA07G398240 · TK1151

细胞质0.369

排名 2 · TkA07G398240 · TK1151

细胞膜0.066

排名 3 · TkA07G398240 · TK1151

内质网0.058

排名 4 · TkA07G398240 · TK1151

溶酶体／液泡0.025

排名 5 · TkA07G398240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box26-66 aa

PF12937F-box-like26-64 aa

PF03478Beta-prop_KIB1-464-106 aa

PF24981Beta-prop_ATRN-LZTR189-107 aa

PF07646Kelch_293-106 aa

PF03478Beta-prop_KIB1-4120-308 aa

PF07734FBA_1125-244 aa

PF24981Beta-prop_ATRN-LZTR1172-225 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G398240	`PF00646`	F-box	26	66	2.5e-08	34.2
TkA07G398240	`PF12937`	F-box-like	26	64	6.6e-07	29.7
TkA07G398240	`PF03478`	Beta-prop_KIB1-4	64	106	0.00015	22.1
TkA07G398240	`PF24981`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	89	107	0.00026	21.1
TkA07G398240	`PF07646`	Kelch_2	93	106	7.8e-05	23.2
TkA07G398240	`PF03478`	Beta-prop_KIB1-4	120	308	0.00015	22.1
TkA07G398240	`PF07734`	FBA_1	125	244	0.00011	22.1
TkA07G398240	`PF24981`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	172	225	0.00026	21.1
TkA07G398240	`PF07646`	Kelch_2	179	201	7.8e-05	23.2
TkA07G398240	`PF24681`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	189	204	0.0026	17.8
TkA07G398240	`PF07646`	Kelch_2	221	245	7.8e-05	23.2
TkA07G398240	`PF25852`	DUF6242_C	222	346	0.0093	16.3
TkA07G398240	`PF24981`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	233	307	0.00026	21.1
TkA07G398240	`PF12937`	F-box-like	250	256	6.6e-07	29.7
TkA07G398240	`PF13415`	Beta-prop_FBX42	270	306	0.13	12.6
TkA07G398240	`PF24681`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	271	326	0.0026	17.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FHS6`	拟南芥	sp\|Q9FHS6\|FK119_ARATH F-box/kelch-repeat protein At5g43190	46.800%	Swiss-Prot	中等置信

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