TkA07G255420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G255420

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 63846406-63848424 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

816 bp · TkA07G255420|TK1151|cDNA

AAAAAATTTGCAGCTTGTGATGGGGTTCCTTGGCCGGTGACTAGAAAAATGGGGAAGGGGCCGACGAGGTCACAGGCAACTATAAAGAAGCCGACATTCACCAGCCGGTGAGTTACATCGCTACATTCGTGCAGGAACATGGAGTCGTCGTCATCATCATCATCTAGCCGCCGCAGGCAATCACCCTATTCTAATCTCAATCAAGAACGCTTTCTACGAAAGCACTTAAGGCCAGCAATTACGGGCAAATCGTGCCCAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

879 bp · TkA07G255420|TK1151|CDS

ATGGAGTCGTCGTCATCATCATCATCTAGCCGCCGCAGGCAATCACCCTATTCTAATCTCAATCAAGAACGCTTTCTACGAAAGCACTTAAGGCCAGCAATTACGGGCAAATCGTGCCCAATTTGTTTAAGCCTAATCGAAGAAGCAGCTGTAATTACTGTATGTTTGCACGCCTACTGCGCCGATTGCATTCGTAAATGGAGTAATCTGAAAAGAAAGTGTCCCCTTTGTAATGCTCAGTACGGTTCGCTGTTCGTCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

292 aa · TkA07G255420|TK1151|PROTEIN

MESSSSSSSSRRRQSPYSNLNQERFLRKHLRPAITGKSCPICLSLIEEAAVITVCLHAYCADCIRKWSNLKRKCPLCNAQYGSLFVVIDLNSRTFHTKHLSAPRETKFNNNIGHSNGRQRNFIAQRRAIGISREELNAVNRRTRTLPRQRSFGQTKVLPPGVINERILQWRASIYEEKLHAVPCPTRRPIEQGLMGIKGNKERVVERIQPWIHRELHAVLGDPDPAILVHLVTSLFISALEFPSENKHVETLRPFFMEKT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G255420`
TK1151 ID	TkA07G255420
OH-1004 ID	LXL04_028967
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G255420`
位置	Chr07:63846406-63848424 (+)
描述	Similar to Topors: E3 ubiquitin-protein ligase Topors
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_028967` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程 GO:0006325 chromatin organization 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0006997 nucleus organization 生物过程 GO:0007060 male meiosis chromosome segregation 生物过程 GO:0010032 meiotic chromosome condensation 生物过程 GO:0016925 protein sumoylation 生物过程 GO:0019046 release from viral latency 生物过程
KEGG 基因交叉引用	dme:Dmel_CG15104 hsa:10210 mmu:106021 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.878

排名 1 · TkA07G255420 · TK1151

细胞质0.193

排名 2 · TkA07G255420 · TK1151

细胞膜0.025

排名 3 · TkA07G255420 · TK1151

内质网0.016

排名 4 · TkA07G255420 · TK1151

线粒体0.015

排名 5 · TkA07G255420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13920zf-C3HC4_337-80 aa

PF12678zf-rbx137-78 aa

PF18112Zn-C2H2_1237-42 aa

PF17120zf-RING_1637-75 aa

PF15750UBZ_FAAP2037-43 aa

PF13639zf-RING_238-78 aa

PF16685zf-RING_1038-80 aa

PF12861zf-ANAPC1138-80 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G255420	`PF13920`	zf-C3HC4_3	37	80	1.3e-06	28.8
TkA07G255420	`PF12678`	zf-rbx1	37	78	7.8e-06	26.8
TkA07G255420	`PF18112`	Zn-C2H2_12	37	42	0.2	12.8
TkA07G255420	`PF17120`	zf-RING_16	37	75	0.39	11.1
TkA07G255420	`PF15750`	UBZ_FAAP20	37	43	0.44	11.1
TkA07G255420	`PF13639`	zf-RING_2	38	78	3.1e-09	37.6
TkA07G255420	`PF16685`	zf-RING_10	38	80	0.0056	17.5
TkA07G255420	`PF12861`	zf-ANAPC11	38	80	0.015	16.0
TkA07G255420	`PF11789`	zf-Nse	38	77	0.66	10.6
TkA07G255420	`PF06906`	DUF1272	38	79	0.74	10.7
TkA07G255420	`PF14447`	Prok-RING_4	38	48	0.86	10.3
TkA07G255420	`PF13923`	zf-C3HC4_2	39	77	3.7e-10	40.1
TkA07G255420	`PF00097`	zf-C3HC4	39	77	1.6e-09	38.2
TkA07G255420	`PF13445`	zf-RING_UBOX	39	75	2e-07	31.6
TkA07G255420	`PF14634`	zf-RING_5	39	78	1.8e-06	28.5
TkA07G255420	`PF15227`	zf-C3HC4_4	39	77	0.0045	17.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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