TkA07G152240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G152240

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 39192564-39197452 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2766 bp · TkA07G152240|TK1151|cDNA

AAAAAGAGGAATAATTTTCTTTAAGCCTACTCAAGTTGCCATTGGCTCGAAGTCACTACTCACTGCTCAGCTCGTGAGACCGGCCCACGGTTCTTGACCCGCCGCCTTTATGAACCTCCTCGGAGACAGCCGACCGTTGGCGGACCGGCGACCGACCATAGACGACAACTACAAAGCTCAACCATGGAACTAAAATAGAGTCATATTGATGATGACCGAACATATAAGCAAATTCAGTGATCATTTACAAATCTCATTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1863 bp · TkA07G152240|TK1151|CDS

ATGACTGGAGAAGAGACAAAAGAAGCTGGCAAGAACATCGGAAAATTTCTGCACTCAAAATGCAGTACACCAAAGTTATATTCAAAGAGACAAAGAAAAATAAAACCTCCAATGTCTAAAGAAAAGCTTGTTGAGTTTTTAACAAACACCAAAAGAAACGACTTCAAGAAAAGACGAAAGAGAAAGAAGACAGAAAACAAAATTGAAATTGATGAAGCTTCCAGACTGCAAACTCGGTCACGGAACCTTTTCACTAAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

620 aa · TkA07G152240|TK1151|PROTEIN

MTGEETKEAGKNIGKFLHSKCSTPKLYSKRQRKIKPPMSKEKLVEFLTNTKRNDFKKRRKRKKTENKIEIDEASRLQTRSRNLFTKLRREQNLLDAYSTEGWKGQSREKIKPEKELQRAKKQILKCKLGLRDALRQLDSLSTDGRIDESVIAPDGSVHHDHIHCAKCKLREAFPDNDIILCDGTCNCAFHQMCIDPPLLTENIPPGDQGWFCKYCICKTDIIDAMNAQLGTSYTNDTNWQEVFKDEATLPEGGETLQNQE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G152240`
TK1151 ID	TkA07G152240
OH-1004 ID	LXL04_017362
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	31.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 62.581 / OH-1004 72.424 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G152240

位置 Chr07:39192564-39197452 (-)

描述 Similar to HAZ1: Homeobox protein HAZ1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g29940`	特异性结合真菌诱导子响应的 DNA 元件 5'-CTAATTGTTTA-3'，位于 PR2 基因启动子上。	暂无已核实直接文献
`At3g19510`	仅结合大型DNA片段。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0229300`	参与调节赤霉素(GA)信号的转录抑制因子。	Rice homeobox transcription factor HOX1a positively regulates gibberellin responses by directly suppressing EL1.2011 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2011.01075.x

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017362 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009939 positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010557 positive regulation of macromolecule biosynthetic process 生物过程

GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000981 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G19510

ath:AT4G29940

dosa:Os06g0229300

zma:542406

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.964

排名 1 · TkA07G152240 · TK1151

细胞质0.117

排名 2 · TkA07G152240 · TK1151

细胞膜0.021

排名 3 · TkA07G152240 · TK1151

线粒体0.011

排名 4 · TkA07G152240 · TK1151

内质网0.008

排名 5 · TkA07G152240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00628PHD16-31 aa

PF21328Gp44_lid66-101 aa

PF06013WXG10071-130 aa

PF21328Gp44_lid130-151 aa

PF18892DUF5651163-189 aa

PF00628PHD164-215 aa

PF12993DUF3877380-459 aa

PF21328Gp44_lid390-403 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G152240	`PF00628`	PHD	16	31	1.6e-07	31.9
TkA07G152240	`PF21328`	Gp44_lid	66	101	0.079	13.9
TkA07G152240	`PF06013`	WXG100	71	130	0.14	13.2
TkA07G152240	`PF21328`	Gp44_lid	130	151	0.079	13.9
TkA07G152240	`PF18892`	DUF5651	163	189	0.47	11.1
TkA07G152240	`PF00628`	PHD	164	215	1.6e-07	31.9
TkA07G152240	`PF12993`	DUF3877	380	459	0.13	12.7
TkA07G152240	`PF21328`	Gp44_lid	390	403	0.079	13.9
TkA07G152240	`PF00046`	Homeodomain	414	462	4.2e-09	36.8
TkA07G152240	`PF18892`	DUF5651	423	435	0.47	11.1
TkA07G152240	`PF05920`	Homeobox_KN	434	461	3.2e-05	24.4
TkA07G152240	`PF12993`	DUF3877	534	583	0.13	12.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P48785`	拟南芥	sp\|P48785\|PRH_ARATH Pathogenesis-related homeodomain protein	52.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q04996`	拟南芥	sp\|Q04996\|HAT31_ARATH Homeobox protein HAT3.1	45.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q8H991`	水稻	sp\|Q8H991\|HAZ1_ORYSJ Homeobox protein HAZ1	29.200%	Swiss-Prot	低置信

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