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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G113560
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 29470979-29478760 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1752 bp · TkA07G113560|TK1151|cDNA

ATTTTGACCAAAACTTGCAATTAGTTTTCCTTTACCACGCCTACCTTCACCACCGAAAACCCAAATCAATTAAGCAAAATTGATTCATTTCATGTGTCTGAATGTTGCAACTAAAGTTACTGCATTTGGGATCAGTCCCGTTTCCTTCATTTTCCTGAATATCTCATCGGAATCTTCTAGTGGTGGTGGCGGCTGGGGCACAATTGATGAATCTATCGAGGAATCCATCGCCGTCTTTGCCTGTGTAGCGGTAATCCGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

981 bp · TkA07G113560|TK1151|CDS

ATGACGGTCGACGACGAGAACTCCGTGTATGTCGGCAACCTGCCTTACGACGCTACTGAAGACAGTATTCGAGGTGTCTTCGATCTTTACGGCCAAGTAATCGCCGTCAAGATAATCAACGACCGTGGAGTAGGTGGAAAATGCTACGGCTTTGTAACTTTCACAAATCCCCGATCTGCAGTTGATGCCATCAATGATATGGATGGAAGGACTGTTGATGGGCGAGTAGTAAAAGTAAATGAAGTCAAAAGCAGAGGTGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

326 aa · TkA07G113560|TK1151|PROTEIN

MTVDDENSVYVGNLPYDATEDSIRGVFDLYGQVIAVKIINDRGVGGKCYGFVTFTNPRSAVDAINDMDGRTVDGRVVKVNEVKSRGARSNIGRDSFRRNNDRDMEPNRVRDRDRDRDYGRVRDRSRDQNREWSKDHDQENARGYDRSRERFNDRPHDRDNDMDSIEHDREKTWESDRNKYKDQNTKLPNGSDLFNDRHSREHPSGSSHGDHDNISKQLDVSRHKIEQLQKEVYRMEELVEERGDHVSKLQEKSQKLEDAL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G113560
TK1151 IDTkA07G113560
OH-1004 IDLXL04_028022
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)94.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G113560
位置Chr07:29470979-29478760 (-)
描述Similar to cirbp: Cold-inducible RNA-binding protein
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g39260 在胁迫期间参与RNA转录或加工。
Reciprocal regulation of glycine-rich RNA-binding proteins via an interlocked feedback loop coupling alternative splicing to nonsense-mediated decay in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1093/nar/gkn847
Quantitative analysis of single-molecule RNA-protein interaction.2009 · DOI: 10.1016/j.bpj.2009.03.022
An hnRNP-like RNA-binding protein affects alternative splicing by in vivo interaction with transcripts in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks873

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028022 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0016477 cell migration 生物过程
GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程
GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程
GO:0060212 negative regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分
GO:0005686 U2 snRNP 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0016607 nuclear speck 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G47120
dosa:Os03g0826400
xla:379484
xtr:549982
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.877
排名 1 · TkA07G113560 · TK1151
细胞质0.199
排名 2 · TkA07G113560 · TK1151
细胞膜0.034
排名 3 · TkA07G113560 · TK1151
内质网0.013
排名 4 · TkA07G113560 · TK1151
线粒体0.012
排名 5 · TkA07G113560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16367RRM_78-34 aa
PF00076RRM_19-78 aa
PF00435Spectrin136-174 aa
PF13870CCDC113_CCDC96_CC147-188 aa
PF16535T3SSipB169-235 aa
PF10112Halogen_Hydrol196-240 aa
PF25610HR1_TOCA206-241 aa
PF04048Sec8_N207-264 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G113560PF16367RRM_78340.007616.9
TkA07G113560PF00076RRM_19785.4e-1968.6
TkA07G113560PF00435Spectrin1361744.98.4
TkA07G113560PF13870CCDC113_CCDC96_CC1471880.008716.5
TkA07G113560PF16535T3SSipB1692350.2312.5
TkA07G113560PF10112Halogen_Hydrol1962400.07813.7
TkA07G113560PF25610HR1_TOCA2062410.005417.7
TkA07G113560PF04048Sec8_N2072640.4511.1
TkA07G113560PF07851TMEM120A-B2112870.979.4
TkA07G113560PF28656BNI5_helical2142671.69.6
TkA07G113560PF11932DUF34502153120.3810.7
TkA07G113560PF04906Tweety2162780.2710.6
TkA07G113560PF07889DUF16642162622.29.1
TkA07G113560PF13870CCDC113_CCDC96_CC2222990.008716.5
TkA07G113560PF04102SlyX2222630.07514.4
TkA07G113560PF03961FapA2223120.3711.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q03251拟南芥sp|Q03251|RBG8_ARATH Glycine-rich RNA-binding protein 840.900%Swiss-Prot低置信

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