LXL04_028022 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028022

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 28996410-28998443 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

993 bp · LXL04_028022|LXL04_028022|OH1004|cDNA

ATGACGGTCGACGACGAGAACTCCGTGTATGTCGGCAACCTGCCTTACGACGCTACTGAAGACAGTATTCGAGGTGTCTTCGATCTTTACGGCCAAGTAATCGCCGTCAAGATAATCAACGACCGTGGAGTAGGTGGAAAATGCTACGGCTTTGTAACTTTCACAAATCCCCGATCTGCAGTTGATGCCATCAATGATATGGATGGAAGGACTGTTGATGGGCGAGTAGTAAAAGTAAATGAAGTCAAAAGCAGAGGTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

993 bp · LXL04_028022|LXL04_028022|OH1004|CDS

ATGACGGTCGACGACGAGAACTCCGTGTATGTCGGCAACCTGCCTTACGACGCTACTGAAGACAGTATTCGAGGTGTCTTCGATCTTTACGGCCAAGTAATCGCCGTCAAGATAATCAACGACCGTGGAGTAGGTGGAAAATGCTACGGCTTTGTAACTTTCACAAATCCCCGATCTGCAGTTGATGCCATCAATGATATGGATGGAAGGACTGTTGATGGGCGAGTAGTAAAAGTAAATGAAGTCAAAAGCAGAGGTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

330 aa · LXL04_028022|LXL04_028022|OH1004|PROTEIN

MTVDDENSVYVGNLPYDATEDSIRGVFDLYGQVIAVKIINDRGVGGKCYGFVTFTNPRSAVDAINDMDGRTVDGRVVKVNEVKSRGARSNIGRDSFRRNNDRDMEPNRVRDRDRDRDRDRDYGRVRDRSRDQNREWSRDHDQEKERGYDRSRERFNDRLHDQDNDMDSIEHEREKTWESDRNKYKDQTAKVQNGSDLFNDRHSREHPSGSSHGDHDNISKQLDVSRHKIEQLQKEVYRMEELVEERGDHVSKLQEKSQKL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028022`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028022

位置 Chr06:28996410-28998443 (-)

描述 Similar to cirbp: Cold-inducible RNA-binding protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g47120`	含锌指 CCCH 域的蛋白 42。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0826400`	含锌指CCCH结构域的蛋白25。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028022 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0016477 cell migration 生物过程

GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程

GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程

GO:0060212 negative regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005686 U2 snRNP 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G47120

dosa:Os03g0826400

xla:379484

xtr:549982

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.899

排名 1 · LXL04_028022 · OH-1004

细胞质0.178

排名 2 · LXL04_028022 · OH-1004

细胞膜0.035

排名 3 · LXL04_028022 · OH-1004

内质网0.013

排名 4 · LXL04_028022 · OH-1004

线粒体0.010

排名 5 · LXL04_028022 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076.29RRM_19-78 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028022	`PF00076.29`	RRM_1	9	78	5.6e-19	68.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SD61`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 42	37.333%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q10B98`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 25	37.975%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情