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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G095280
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 24842609-24843169 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

459 bp · TkA07G095280|TK1151|cDNA

ATGCCCATGTTATACTATGGTCTTGTGGTTGTAGCCACAGCTGCCATCGTCCTTGCCATCTACAACCTCATAATTGTACGGTGGTGTGCCACCCAATACCGCCGCTCACGAGATGCTACTCAGCACTTCGGCCGCCGGAGAAACGCTGCTGCACGAAACAACAACATATCCCTGCCGTCGTCTTCTCTCTCCCGCGGTGGTTCAACCGTTGGTTTGACTTCGAGTTTTAGATACAAAAAAGAGATCGAGGACGGCGATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

459 bp · TkA07G095280|TK1151|CDS

ATGCCCATGTTATACTATGGTCTTGTGGTTGTAGCCACAGCTGCCATCGTCCTTGCCATCTACAACCTCATAATTGTACGGTGGTGTGCCACCCAATACCGCCGCTCACGAGATGCTACTCAGCACTTCGGCCGCCGGAGAAACGCTGCTGCACGAAACAACAACATATCCCTGCCGTCGTCTTCTCTCTCCCGCGGTGGTTCAACCGTTGGTTTGACTTCGAGTTTTAGATACAAAAAAGAGATCGAGGACGGCGATGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

152 aa · TkA07G095280|TK1151|PROTEIN

MPMLYYGLVVVATAAIVLAIYNLIIVRWCATQYRRSRDATQHFGRRRNAAARNNNISLPSSSLSRGGSTVGLTSSFRYKKEIEDGDEVRKLPSCNHSFHASCIDMWLYSHSDCPLCRAPVEEPPPHHQHTDSALSEHSRDGLLDRASSSVSV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G095280
TK1151 IDTkA07G095280
OH-1004 IDLXL04_027806
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)80.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 91.447 / OH-1004 18.723
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G095280
位置Chr07:24842609-24843169 (+)
描述Similar to Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g10380 E3泛素蛋白连接酶，可能通过促进程序性细胞死亡（PCD）负调控因子的降解，参与正向调控程序性细胞死亡。
RING1 E3 ligase localizes to plasma membrane lipid rafts to trigger FB1-induced programmed cell death in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03625.x
At5g01880 RING-H2指蛋白ATL74。 暂无已核实直接文献
At4g17905 推定的RING-H2指蛋白ATL53。 暂无已核实直接文献
At1g72220 RING-H2 指蛋白 ATL54。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: Q9LRB7 与 E2 泛素结合酶 UBC5A 和 UBC5B 协作，作为 E3 泛素蛋白连接酶发挥功能。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027806 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0006310 DNA recombination 生物过程
GO:0006508 proteolysis 生物过程
GO:0015074 DNA integration 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0071897 DNA biosynthetic process 生物过程
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0042575 DNA polymerase complex 细胞组分
GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能
GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能
GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能
GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G01880
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.290
排名 1 · TkA07G095280 · TK1151
内质网0.246
排名 2 · TkA07G095280 · TK1151
细胞膜0.241
排名 3 · TkA07G095280 · TK1151
细胞质0.223
排名 4 · TkA07G095280 · TK1151
细胞核0.173
排名 5 · TkA07G095280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07219HemY_N9-53 aa
PF24623Phage_zn_bind_827-51 aa
PF23412zf_RING_Vps828-41 aa
PF08746zf-RING-like29-39 aa
PF23412zf_RING_Vps878-104 aa
PF13639zf-RING_281-117 aa
PF17123zf-RING_1181-103 aa
PF14634zf-RING_589-117 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G095280PF07219HemY_N9530.2212.4
TkA07G095280PF24623Phage_zn_bind_827511.89.1
TkA07G095280PF23412zf_RING_Vps828410.1612.5
TkA07G095280PF08746zf-RING-like29391.69.6
TkA07G095280PF23412zf_RING_Vps8781040.1612.5
TkA07G095280PF13639zf-RING_2811173.9e-1143.7
TkA07G095280PF17123zf-RING_11811032.7e-0627.7
TkA07G095280PF14634zf-RING_5891170.001119.6
TkA07G095280PF11793FANCL_C901120.02415.6
TkA07G095280PF12678zf-rbx1911174.2e-1040.4
TkA07G095280PF00097zf-C3HC4911161.5e-0525.5
TkA07G095280PF13445zf-RING_UBOX911120.01815.7
TkA07G095280PF12861zf-ANAPC11921186.7e-0523.6
TkA07G095280PF25143Zn_ribbon_IFT122_C921230.001219.4
TkA07G095280PF17120zf-RING_16921160.01216.0
TkA07G095280PF13923zf-C3HC4_2931163.9e-0730.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LX93拟南芥sp|Q9LX93|ATL55_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RING154.500%Swiss-Prot低置信
Q9LZV8拟南芥sp|Q9LZV8|ATL74_ARATH RING-H2 finger protein ATL7470.300%Swiss-Prot低置信
P0C041拟南芥sp|P0C041|ATL53_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL5352.900%Swiss-Prot低置信
Q8LFY8拟南芥sp|Q8LFY8|ATL54_ARATH RING-H2 finger protein ATL5460.000%Swiss-Prot低置信
Q9LRB7水稻sp|Q9LRB7|EL5_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase EL566.700%Swiss-Prot低置信

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