TkA07G087890 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G087890

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 22937875-22940250 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1083 bp · TkA07G087890|TK1151|cDNA

TCGGGCATGCTTATGAACCGCTCCACAGACCTGCCTTTATACCTTAATCACTTCCCAACTTTAAACCCATATCGATTCAATTGCTTTTTTCCTTTCTTCCTCTGATCATATCATCAGAATCCAACTGTAGATCATAATAAATTCAAGAGGTGTCGAAGATTGCCACTGTATTGATTTCACCGCAGGAGATCTTGTATAGAAACAATCATGTTTACCCGAGTGTTTGGAAAACCTAAGCAGGAATCTTCTAATGCTGTAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

654 bp · TkA07G087890|TK1151|CDS

ATGTTTACCCGAGTGTTTGGAAAACCTAAGCAGGAATCTTCTAATGCTGTAACATCATTAGACAAATTAAATGAGACACTTGAAATGCTGGAGAAGAAAGAAAGAGTACTTTTGAAGAAGGCTTCTGCGGAGGTGGAGAAGGCCAAAGACTATACTAGAGCGAAGAACAAAAAGGCGGCAATACAATGTTTAAAGAGGAAGAGACTCTACGAACAACAAATTGAGCAACTTGGCAACTTCCAATTACGTATTCATGACCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

217 aa · TkA07G087890|TK1151|PROTEIN

MFTRVFGKPKQESSNAVTSLDKLNETLEMLEKKERVLLKKASAEVEKAKDYTRAKNKKAAIQCLKRKRLYEQQIEQLGNFQLRIHDQMIMLEGAKATTETVDALRTGAAAMKAMQKATNIDDVDKTMDEINEQTENMKLIQEALATPMGAAADFDEDELEAELEELEGAELEEQLLQPATTAPVQVPAGRQQPLPAAPRKNTAEEDELAALQAEMAL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G087890`
TK1151 ID	TkA07G087890
OH-1004 ID	LXL04_027715
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G087890

位置 Chr07:22937875-22940250 (-)

描述 Similar to VPS32.1: Vacuolar protein sorting-associated protein 32 homolog 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g19830`	ESCRT-III复合体的组成部分，参与多泡体（MVBs）的形成以及将内体货物蛋白分选到MVBs中。	暂无已核实直接文献
`At4g29160`	ESCRT-III复合体的组成部分，参与多泡体（MVBs）的形成以及将内体货物蛋白分选到MVBs中。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027715 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0006900 vesicle budding from membrane 生物过程

GO:0007031 peroxisome organization 生物过程

GO:0007084 mitotic nuclear membrane reassembly 生物过程

GO:0010458 exit from mitosis 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0031468 nuclear membrane reassembly 生物过程

GO:0032511 late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway 生物过程

GO:0043328 protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway 生物过程

GO:0045324 late endosome to vacuole transport 生物过程

GO:0061709 reticulophagy 生物过程

GO:0070676 intralumenal vesicle formation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G19830

ath:AT4G29160

dha:DEHA2D08844g

spo:2542922

xla:495125

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.718

排名 1 · TkA07G087890 · TK1151

细胞核0.299

排名 2 · TkA07G087890 · TK1151

细胞膜0.143

排名 3 · TkA07G087890 · TK1151

线粒体0.084

排名 4 · TkA07G087890 · TK1151

高尔基体0.073

排名 5 · TkA07G087890 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15341SLX910-79 aa

PF24611Spectrin_Anc-111-54 aa

PF14649Spatacsin_C13-78 aa

PF06103DUF94819-59 aa

PF03357Snf721-199 aa

PF14649Spatacsin_C109-158 aa

PF24611Spectrin_Anc-1113-144 aa

PF06103DUF948116-138 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G087890	`PF15341`	SLX9	10	79	7.6	7.7
TkA07G087890	`PF24611`	Spectrin_Anc-1	11	54	3.6	8.6
TkA07G087890	`PF14649`	Spatacsin_C	13	78	8.4	6.1
TkA07G087890	`PF06103`	DUF948	19	59	6.5	7.7
TkA07G087890	`PF03357`	Snf7	21	199	5.1e-46	157.2
TkA07G087890	`PF14649`	Spatacsin_C	109	158	8.4	6.1
TkA07G087890	`PF24611`	Spectrin_Anc-1	113	144	3.6	8.6
TkA07G087890	`PF06103`	DUF948	116	138	6.5	7.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82197`	拟南芥	sp\|O82197\|VP321_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 32 homolog 1	81.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SZE4`	拟南芥	sp\|Q9SZE4\|VP322_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 32 homolog 2	74.000%	Swiss-Prot	高置信

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