TkA07G081510 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G081510

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 21295591-21298409 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1256 bp · TkA07G081510|TK1151|cDNA

AAGCATCGTGCCATCGTCATTCGTCTCAGGAACATAAGATTTGGGATTGTTGAAGACAGTAAAGGTGGGACTAGTCAGCCATGGCCGGTGCCGATCCCGAAAAGCTGATCGCCAAAGCCGATAAACTGTCAGTTTACATTCTTCGCCATCGTTCTTAATCTGCTTGTTACCGATTTACAGTACCTAATTTCGCGATCGTGTTGCTGGTTGTTAAACTTTGAAATAATTCAAAACAAAACTTACTTTAACACGATGGAGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

699 bp · TkA07G081510|TK1151|CDS

ATGCTCGCTTCATATCCTGATGCTGGAAAGCATATGGAATCTGCTGGTGCTTTAGCTGTTGAATTAAGCATATGGAATGAAGTTGCTGATTTTTACAGAAGGGCTTCTGAGTTATATAATGAATGTGGGAGGTCACAGCCTGCATCTGATGCACTTGCAAAAGGTGCTCGTGCTTTAGAAGATGCTAAACCTGAGGTAGCCATTGCAATGTACACTGATGCTTGTTCACTACTTGAAGAAGATGGCAAGGAAAATATGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

232 aa · TkA07G081510|TK1151|PROTEIN

MLASYPDAGKHMESAGALAVELSIWNEVADFYRRASELYNECGRSQPASDALAKGARALEDAKPEVAIAMYTDACSLLEEDGKENMVFDIYRAITSVYIKLEKYTDAATFLLRWAVAANKCNALHSQCKAYLSAIIVYLYAHDFKEAEKCYNDCCQIDTFFSSDQSHCASKLLSAYREADIEEIQRVSKSSTVSNLDHMIIRLARKLPTGEVVAMEVNSVEHGEALDEDDLT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G081510`
TK1151 ID	TkA07G081510
OH-1004 ID	LXL04_027630
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.414 / OH-1004 83.088 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G081510

位置 Chr07:21295591-21298409 (+)

描述 Similar to GSNAP: Gamma-soluble NSF attachment protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g20410`	参与内质网与高尔基体之间的囊泡运输所必需的蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027630 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0030659 cytoplasmic vesicle membrane 细胞组分

GO:0031201 SNARE complex 细胞组分

GO:0045335 phagocytic vesicle 细胞组分

GO:0005483 soluble NSF attachment protein activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G20410

ddi:DDB_G0269186

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.704

排名 1 · TkA07G081510 · TK1151

细胞核0.373

排名 2 · TkA07G081510 · TK1151

溶酶体／液泡0.105

排名 3 · TkA07G081510 · TK1151

高尔基体0.096

排名 4 · TkA07G081510 · TK1151

细胞膜0.096

排名 5 · TkA07G081510 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08311Mad3_BUB1_I23-55 aa

PF14938SNAP24-199 aa

PF07719TPR_225-40 aa

PF13176TPR_725-40 aa

PF00515TPR_129-39 aa

PF13424TPR_1230-80 aa

PF13428TPR_1432-59 aa

PF13181TPR_834-50 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G081510	`PF08311`	Mad3_BUB1_I	23	55	0.057	14.1
TkA07G081510	`PF14938`	SNAP	24	199	3.2e-12	47.2
TkA07G081510	`PF07719`	TPR_2	25	40	0.05	14.4
TkA07G081510	`PF13176`	TPR_7	25	40	0.2	12.6
TkA07G081510	`PF00515`	TPR_1	29	39	0.21	12.2
TkA07G081510	`PF13424`	TPR_12	30	80	0.0041	18.0
TkA07G081510	`PF13428`	TPR_14	32	59	0.0085	17.4
TkA07G081510	`PF13181`	TPR_8	34	50	0.21	12.6
TkA07G081510	`PF13428`	TPR_14	56	80	0.0085	17.4
TkA07G081510	`PF07719`	TPR_2	63	78	0.05	14.4
TkA07G081510	`PF13176`	TPR_7	63	77	0.2	12.6
TkA07G081510	`PF13181`	TPR_8	65	77	0.21	12.6
TkA07G081510	`PF08311`	Mad3_BUB1_I	80	125	0.057	14.1
TkA07G081510	`PF08919`	F_actin_bind	82	146	0.075	13.9
TkA07G081510	`PF13428`	TPR_14	89	123	0.0085	17.4
TkA07G081510	`PF13176`	TPR_7	93	115	0.2	12.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SPE5`	拟南芥	sp\|Q9SPE5\|SNAG_ARATH Gamma-soluble NSF attachment protein	71.100%	Swiss-Prot	高置信

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