TkA07G080580 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G080580

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 21070276-21073811 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

734 bp · TkA07G080580|TK1151|cDNA

ATGAAATCTACTGATATCATCAATTTCATCGCACCAGTCGCCTTCTCTAAAATCGTCCATCTCTATCTCTCTTTTGATCAAGAAATCACCGTCTTCAAATTAATTGAAGAGTTCATCTTCATCTTTGGAGGTAAGTTTCAGGTAAAGTTAAGGTTTCCAAAATCAAATTCATCGCACCACTCACCTTCTCTGATATCGTCCCTCTCTATCAATTTCATCACTGTGGTCCCTTCACCATGCATCTCCCTTCATCGTTTATG...

CDS

下载 CDS FASTA

708 bp · TkA07G080580|TK1151|CDS

ATGAAATCTACTGATATCATCAATTTCATCGCACCAGTCGCCTTCTCTAAAATCGTCCATCTCTATCTCTCTTTTGATCAAGAAATCACCGTCTTCAAATTAATTGAAGAGTTCATCTTCATCTTTGGAGGTAAGTTTCAGGTAAAGTTAAGGTTTCCAAAATCAAATTCATCGCACCACTCACCTTCTCTGATATCGTCCCTCTCTATCAATTTCATCACTGTGGTCCCTTCACCATGCATCTCCCTTCATCGTTTATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

235 aa · TkA07G080580|TK1151|PROTEIN

MKSTDIINFIAPVAFSKIVHLYLSFDQEITVFKLIEEFIFIFGGKFQVKLRFPKSNSSHHSPSLISSLSINFITVVPSPCISLHRLCIYRKPKPSSRISPASCAHPESDIRPCIFEIRPTVSINQRSGTRRQPLNASFKGIFDVCYISGKSTKGETRRLFTTKSLHHFCPVGRISVTCIHFNCVDDRYFISGSVDVKVRIWSIPDRQVVDWNDLHKMVTAVCYTPDGQVVNPQIT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G080580`
TK1151 ID	TkA07G080580
OH-1004 ID	LXL04_014757
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	76.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 23.830 / OH-1004 30.270 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G080580`
位置	Chr07:21070276-21073811 (-)
描述	Similar to SPBC18H10.05: Uncharacterized WD repeat-containing protein C18H10.05 (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_014757` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006887 exocytosis 生物过程 GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程 GO:0030334 regulation of cell migration 生物过程 GO:0043001 Golgi to plasma membrane protein transport 生物过程 GO:0045724 positive regulation of cilium assembly 生物过程 GO:0060627 regulation of vesicle-mediated transport 生物过程 GO:0061512 protein localization to cilium 生物过程 GO:0061824 cytosolic ciliogenesis 生物过程 GO:1902018 negative regulation of cilium assembly 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分 GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bta:286825 mmu:72404 spo:2540832 spo:2543641 xla:734726 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.403

排名 1 · TkA07G080580 · TK1151

细胞质0.396

排名 2 · TkA07G080580 · TK1151

线粒体0.124

排名 3 · TkA07G080580 · TK1151

细胞膜0.104

排名 4 · TkA07G080580 · TK1151

内质网0.086

排名 5 · TkA07G080580 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00400WD4059-70 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st173-228 aa

PF23775Beta-prop_RIG_2nd174-210 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st175-230 aa

PF25175Beta-prop_WDR5175-230 aa

PF25174Beta-prop_THOC3175-230 aa

PF00400WD40175-202 aa

PF24814WD40_Prp19175-228 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G080580	`PF00400`	WD40	59	70	0.049	14.9
TkA07G080580	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	173	228	0.0098	16.3
TkA07G080580	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	174	210	0.097	12.8
TkA07G080580	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	175	230	8.9e-07	29.2
TkA07G080580	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	175	230	3.2e-05	24.1
TkA07G080580	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	175	230	0.00022	21.0
TkA07G080580	`PF00400`	WD40	175	202	0.049	14.9
TkA07G080580	`PF24814`	WD40_Prp19	175	228	0.053	13.3
TkA07G080580	`PF30151`	PAC11	175	218	0.22	11.0
TkA07G080580	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	176	225	0.041	13.8
TkA07G080580	`PF25460`	Beta-prop_Aladin	176	230	0.06	13.2
TkA07G080580	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	180	229	7.5e-05	22.9
TkA07G080580	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	184	231	0.048	13.3
TkA07G080580	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	186	230	0.00093	19.4
TkA07G080580	`PF00400`	WD40	215	229	0.049	14.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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