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基因概览

LXL04_014757

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 56402904-56404540 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

558 bp · LXL04_014757|LXL04_014757|OH1004|cDNA

ATGATTAATAAGTATTCTTTTGATGCAGTAACTTGCATACAGTTTAATCTTGTTGATGAAAGATACTTCATAAGTGGATCACTTGATTCAAAAGTCAGGATTTGGAGTATTCCTGATCACCAAGTTGTTGATTGGAATGATATGAAAGAAATGGTTACTGCTGCTTCCTATACACCAGATGGCCAGGCTGTAATAGTTGGTTCCTACAAAGGGAGTTGCTGTTTATACGACACAACTGATGCCCAAACACAGGCGGGAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

558 bp · LXL04_014757|LXL04_014757|OH1004|CDS

ATGATTAATAAGTATTCTTTTGATGCAGTAACTTGCATACAGTTTAATCTTGTTGATGAAAGATACTTCATAAGTGGATCACTTGATTCAAAAGTCAGGATTTGGAGTATTCCTGATCACCAAGTTGTTGATTGGAATGATATGAAAGAAATGGTTACTGCTGCTTCCTATACACCAGATGGCCAGGCTGTAATAGTTGGTTCCTACAAAGGGAGTTGCTGTTTATACGACACAACTGATGCCCAAACACAGGCGGGAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

185 aa · LXL04_014757|LXL04_014757|OH1004|PROTEIN

MINKYSFDAVTCIQFNLVDERYFISGSLDSKVRIWSIPDHQVVDWNDMKEMVTAASYTPDGQAVIVGSYKGSCCLYDTTDAQTQAGATFVDEAEILKNVLGERRGHTKGVDRKLKTVSRYPNFFKQQSAERDEINKNLLGMQKQLVEMQQYNKSLLEALRNQFPNFQPPPMPSSQPSSETSNNED

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014757`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_014757`
位置	Chr03:56402904-56404540 (+)
描述	Similar to SPBC18H10.05: Uncharacterized WD repeat-containing protein C18H10.05 (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_014757` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006887 exocytosis 生物过程 GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程 GO:0030334 regulation of cell migration 生物过程 GO:0043001 Golgi to plasma membrane protein transport 生物过程 GO:0045724 positive regulation of cilium assembly 生物过程 GO:0060627 regulation of vesicle-mediated transport 生物过程 GO:0061512 protein localization to cilium 生物过程 GO:0061824 cytosolic ciliogenesis 生物过程 GO:1902018 negative regulation of cilium assembly 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分 GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bta:286825 mmu:72404 spo:2540832 spo:2543641 xla:734726 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.857

排名 1 · LXL04_014757 · OH-1004

细胞质0.268

排名 2 · LXL04_014757 · OH-1004

线粒体0.024

排名 3 · LXL04_014757 · OH-1004

细胞膜0.018

排名 4 · LXL04_014757 · OH-1004

细胞外0.017

排名 5 · LXL04_014757 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st8-83 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC38-92 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st8-81 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR59-84 aa

PF24814.2WD40_Prp199-83 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd14-64 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_220-85 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014757	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	8	83	3.5e-10	40.4
LXL04_014757	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	8	92	5.2e-09	36.2
LXL04_014757	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	8	81	4e-06	27.4
LXL04_014757	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	9	84	9.7e-11	42.2
LXL04_014757	`PF24814.2`	WD40_Prp19	9	83	1.8e-06	27.9
LXL04_014757	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	14	64	1e-05	25.7
LXL04_014757	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	20	85	1e-09	38.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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