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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G079240
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 20724504-20727626 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2407 bp · TkA07G079240|TK1151|cDNA

TGGTGTCGGCGATCATCCAGAGAAAATGGACGACGGGGAGGGAGGCCTGAGCTTCGACTTCGAAGGCGGCCTCGACACAGCACCCACCCAACCCACCGCATCAGTCCCCGTAATCCACCAATCCACTGACAATGGACCATCGGCTTCTGCCGCAAACCTCAGCTACTCCGCTGCCCCTCCGTCGGCTGTCAACGACCCTGCTTCTGCTGCCGCCGCCAACGCCAACTATCCCGGAAGGAGGAGTTACCGTCAAACCGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2085 bp · TkA07G079240|TK1151|CDS

ATGGACGACGGGGAGGGAGGCCTGAGCTTCGACTTCGAAGGCGGCCTCGACACAGCACCCACCCAACCCACCGCATCAGTCCCCGTAATCCACCAATCCACTGACAATGGACCATCGGCTTCTGCCGCAAACCTCAGCTACTCCGCTGCCCCTCCGTCGGCTGTCAACGACCCTGCTTCTGCTGCCGCCGCCAACGCCAACTATCCCGGAAGGAGGAGTTACCGTCAAACCGTTTGCCGTCACTGGCTCCGGAGCCTGTG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

694 aa · TkA07G079240|TK1151|PROTEIN

MDDGEGGLSFDFEGGLDTAPTQPTASVPVIHQSTDNGPSASAANLSYSAAPPSAVNDPASAAAANANYPGRRSYRQTVCRHWLRSLCMKGEACGFLHQYDKSRMPICRFFRLYGECREQDCVYKHTNEDIKECNMYKLGFCPNGPDCRYRHAKLPGPPPSVEEVLQKIQQLTSYNYGNSNRFFQNRNANHTQQSDKFQFPQGNNDTNQINKPTTTDANSLQPVPPSSPHQQQQQSAQSQQQGSQLGQPQGQPNGQQSQTS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G079240
TK1151 IDTkA07G079240
OH-1004 IDLXL04_027623
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 82.974
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G079240
位置Chr07:20724504-20727626 (-)
描述Similar to CPSF30: 30-kDa cleavage and polyadenylation specificity factor 30
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g30460 裂解和多腺苷酸化特异性因子（CPSF）复合物的组分，在前mRNA 3'-端形成中起关键作用。
Calmodulin interacts with and regulates the RNA-binding activity of an Arabidopsis polyadenylation factor subunit.2006 · DOI: 10.1104/pp.105.070672
A novel endonuclease activity associated with the Arabidopsis ortholog of the 30-kDa subunit of cleavage and polyadenylation specificity factor.2007 · DOI: 10.1093/nar/gkm457
A polyadenylation factor subunit implicated in regulating oxidative signaling in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1371/journal.pone.0002410
The Arabidopsis ortholog of the 77 kDa subunit of the cleavage stimulatory factor (AtCstF-77) involved in mRNA polyadenylation is an RNA-binding protein.2010 · DOI: 10.1016/j.febslet.2010.03.007
Genome-wide control of polyadenylation site choice by CPSF30 in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.096107
The Polyadenylation Factor Subunit CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR30: A Key Factor of Programmed Cell Death and a Regulator of Immunity in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1104/pp.114.236083

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os06g0677700 含锌指CCCH结构域的蛋白 45。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027623 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0006396 RNA processing 生物过程
GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程
GO:0007286 spermatid development 生物过程
GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程
GO:0031124 mRNA 3'-end processing 生物过程
GO:0031440 regulation of mRNA 3'-end processing 生物过程
GO:0034052 positive regulation of plant-type hypersensitive response 生物过程
GO:0034612 response to tumor necrosis factor 生物过程
GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程
GO:0044829 host-mediated activation of viral genome replication 生物过程
GO:0048024 regulation of mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G30460
dosa:Os06g0677700
hsa:64848
mmu:240255
pon:100173406
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.801
排名 1 · TkA07G079240 · TK1151
细胞质0.363
排名 2 · TkA07G079240 · TK1151
细胞膜0.033
排名 3 · TkA07G079240 · TK1151
线粒体0.031
排名 4 · TkA07G079240 · TK1151
内质网0.029
排名 5 · TkA07G079240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16131Torus71-99 aa
PF00642zf-CCCH74-97 aa
PF25584zf-CCCH_RBM2275-95 aa
PF15663zf-CCCH_377-127 aa
PF29102Su_sable_N78-127 aa
PF18345zf_CCCH_479-97 aa
PF14608zf-CCCH_279-97 aa
PF25542zf-CCCH_1280-99 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G079240PF16131Torus71990.005418.0
TkA07G079240PF00642zf-CCCH74970.001219.4
TkA07G079240PF25584zf-CCCH_RBM2275951.59.6
TkA07G079240PF15663zf-CCCH_3771270.4411.5
TkA07G079240PF29102Su_sable_N781271.310.1
TkA07G079240PF18345zf_CCCH_479973.2e-0524.6
TkA07G079240PF14608zf-CCCH_279970.0002622.1
TkA07G079240PF25542zf-CCCH_1280990.03114.7
TkA07G079240PF16131Torus1021260.005418.0
TkA07G079240PF00642zf-CCCH1031250.001219.4
TkA07G079240PF29102Su_sable_N1031531.310.1
TkA07G079240PF25584zf-CCCH_RBM221031241.59.6
TkA07G079240PF14608zf-CCCH_21061250.0002622.1
TkA07G079240PF18345zf_CCCH_41071173.2e-0524.6
TkA07G079240PF25542zf-CCCH_121071260.03114.7
TkA07G079240PF15663zf-CCCH_31071540.4411.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
A9LNK9拟南芥sp|A9LNK9|CPSF_ARATH 30-kDa cleavage and polyadenylation specificity factor 3063.400%Swiss-Prot高置信
Q0DA50水稻sp|Q0DA50|C3H45_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 4559.600%Swiss-Prot高置信

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