TkA07G077750 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G077750

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 20245679-20253213 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2297 bp · TkA07G077750|TK1151|cDNA

CACAAATAAGTCAAATATATACATAAGCTACAACTAATTAGGATTAAAATTACCTAGGGACTAATAGAAAGTGTTTTTTGAGATACAAATATAGCGAGTTTTTTGTTTCTTTGAATCTTTGAAACCTTTTCGACAAGATTCATTCCACAAGGAAAAGATTCTCACTCCATGAATGCTCGTCTCGTCATCTCAGCTTCGCTCGTTCTTCTTTTCTCCCTTTTACTCTCACTTCATCTCCACAATAATCACAATGACTCGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1134 bp · TkA07G077750|TK1151|CDS

ATGAATGCTCGTCTCGTCATCTCAGCTTCGCTCGTTCTTCTTTTCTCCCTTTTACTCTCACTTCATCTCCACAATAATCACAATGACTCGAGCTGGAGTAACCGATTACGGTGGTTATCATCGAAATCACCCTTCTCTTCAGGAATCACTGCTGATTTGTTGGTGACGAATGGAACGATATACACCAGCGATTCCTCTCTTCCATTTGCTGATTCCATGGCTATCCGTGACGGGAGAATTCTCCGAATTGGCAACTATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

377 aa · TkA07G077750|TK1151|PROTEIN

MNARLVISASLVLLFSLLLSLHLHNNHNDSSWSNRLRWLSSKSPFSSGITADLLVTNGTIYTSDSSLPFADSMAIRDGRILRIGNYSFVQEMSGYGTRELNLEGKVVVPGFIDSHVHLLFGGLQMARVEVRGVKTKKDFIEKVKDAVKNMKEGSWLLGGGWNNDLWGGELPSASWIDEITPHHPVWLSRMDGHMGLANSLALKIAGVTSNMQDPVGGTITRNANGEATGLMIDSAMKVILSCIPEVSVEERRQALDRASR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G077750`
TK1151 ID	TkA07G077750
OH-1004 ID	LXL04_027605
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.164 / OH-1004 60.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G077750

位置 Chr07:20245679-20253213 (+)

描述 Similar to LAF3: Protein LONG AFTER FAR-RED 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g55850`	phyA 控制的对连续远红光条件的反应所需的，包括抑制下胚轴伸长和调节 XTH15/XTR7 表达。	LAF3, a novel factor required for normal phytochrome A signaling.2003 · DOI: 10.1104/pp.103.028480

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027605 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009704 de-etiolation 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0010218 response to far red light 生物过程

GO:0019556 L-histidine catabolic process to glutamate and formamide 生物过程

GO:0019557 L-histidine catabolic process to glutamate and formate 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0048471 perinuclear region of cytoplasm 细胞组分

GO:0005506 iron ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:BAD37143

ath:AT3G55850

bsu:BSU29550

pha:PSHAa2737

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.406

排名 1 · TkA07G077750 · TK1151

溶酶体／液泡0.197

排名 2 · TkA07G077750 · TK1151

高尔基体0.180

排名 3 · TkA07G077750 · TK1151

细胞质0.082

排名 4 · TkA07G077750 · TK1151

细胞膜0.054

排名 5 · TkA07G077750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07969Amidohydro_399-356 aa

PF01979Amidohydro_1106-121 aa

PF01979Amidohydro_1246-275 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G077750	`PF07969`	Amidohydro_3	99	356	1.9e-42	147.1
TkA07G077750	`PF01979`	Amidohydro_1	106	121	0.0021	18.1
TkA07G077750	`PF01979`	Amidohydro_1	246	275	0.0021	18.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A0A1I9LN01`	拟南芥	sp\|A0A1I9LN01\|LAF3_ARATH Protein LONG AFTER FAR-RED 3	66.200%	Swiss-Prot	高置信

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