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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G077460
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 20140615-20146559 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3709 bp · TkA07G077460|TK1151|cDNA

AATAATTCTTACAACTAGTTTTGTGGTTAGGTCTTAGTAAGAGCTGGGCTCTTTTATATCCAGAAGAGCAACTCTTTTAGGGGCAGACCGGCAGAGTGAAGTCCTGAACCCCTAGCCACCGATCGAAAACGTCGTCGTAGGGGACATCGCATCGGCGAAATAAGTAACATCGCGACTGTGGCGCGGCTTGCAGAAATCGAAGTAAGAGAGGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGGGTTTTAGGGTTCCATTGTAGCAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

3270 bp · TkA07G077460|TK1151|CDS

ATGAGTACGTATAATTACGTTGTCACGGCTCATAAGCCAACGAATGTCACTCATTCCTGCGTCGGCAATTTCACTGGTCCGCAAGAACTCAATCTTATTATCGCGAAATGTACCCGTATCGAGATTCATTTACTTACTCCACAAGGCCTGCAGCCTATGTTGGATGTGCCAATATACGGAAGAATTGCAACTTTAGAACTTTTCCGACCTCACGGTGAAACACAAGACGTTCTGTTTATTGCAACAGAAAGGTACAAGTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1089 aa · TkA07G077460|TK1151|PROTEIN

MSTYNYVVTAHKPTNVTHSCVGNFTGPQELNLIIAKCTRIEIHLLTPQGLQPMLDVPIYGRIATLELFRPHGETQDVLFIATERYKFCVLQWDAEANEVNTRAMGDVSDRIGRPTDNGQIGIIDPDCRLIGLHLYDGLFKVIPFDNKGQLKEAFNIRLEELQVLDIKFLYGCPKPTIVVLYQDNKDARHVKTYEVSLKDKDFVEGPWSQNNLDNGADLLIPVPPPFCGVLIIGEETIVYCSASAFKAIPIRPSITRAYGR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G077460
TK1151 IDTkA07G077460
OH-1004 IDLXL04_027599
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G077460
位置Chr07:20140615-20146559 (+)
描述Similar to DDB1: DNA damage-binding protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g05420 光信号传导机械部件。
Regulation and role of Arabidopsis CUL4-DDB1A-DDB2 in maintaining genome integrity upon UV stress.2008 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000093
At4g21100 光信号传导机械部件。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os05g0592400 参与DNA修复所必需。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027599 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分
GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003684 damaged DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G05420
ath:AT4G21100
dosa:Os05g0592400
osa:4339794
sly:778355
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.578
排名 1 · TkA07G077460 · TK1151
细胞质0.444
排名 2 · TkA07G077460 · TK1151
溶酶体／液泡0.075
排名 3 · TkA07G077460 · TK1151
内质网0.060
排名 4 · TkA07G077460 · TK1151
高尔基体0.060
排名 5 · TkA07G077460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10433Beta-prop_RSE1_1st16-344 aa
PF03178CPSF_A264-309 aa
PF23726Beta-prop_RSE1_2nd389-698 aa
PF13672PP2C_2442-525 aa
PF25172Beta-prop_WDR3_2nd458-539 aa
PF06752E_Pc_C460-504 aa
PF10433Beta-prop_RSE1_1st496-517 aa
PF06752E_Pc_C612-686 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G077460PF10433Beta-prop_RSE1_1st163445.4e-82276.3
TkA07G077460PF03178CPSF_A2643098.6e-82275.7
TkA07G077460PF23726Beta-prop_RSE1_2nd3896987.2e-67226.8
TkA07G077460PF13672PP2C_24425250.09313.0
TkA07G077460PF25172Beta-prop_WDR3_2nd4585390.2211.4
TkA07G077460PF06752E_Pc_C4605040.4311.2
TkA07G077460PF10433Beta-prop_RSE1_1st4965175.4e-82276.3
TkA07G077460PF06752E_Pc_C6126860.4311.2
TkA07G077460PF25172Beta-prop_WDR3_2nd6356810.2211.4
TkA07G077460PF03178CPSF_A74610588.6e-82275.7
TkA07G077460PF23726Beta-prop_RSE1_2nd7678607.2e-67226.8
TkA07G077460PF10433Beta-prop_RSE1_1st8089045.4e-82276.3
TkA07G077460PF25172Beta-prop_WDR3_2nd8588920.2211.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M0V3拟南芥sp|Q9M0V3|DDB1A_ARATH DNA damage-binding protein 1a88.700%Swiss-Prot高置信
O49552拟南芥sp|O49552|DDB1B_ARATH DNA damage-binding protein 1b85.300%Swiss-Prot高置信
Q6L4S0水稻sp|Q6L4S0|DDB1_ORYSJ DNA damage-binding protein 182.700%Swiss-Prot高置信

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