TkA07G073090 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G073090

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 19160066-19162716 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1020 bp · TkA07G073090|TK1151|cDNA

ATGAGTTCGTATCGATTGATATCAGAGTCATCTCCATCTTGCAAGGTTCCAACATCCGGAGTGGTACCCTATGGAGTGGTGACTTTGACCCCAAAAAAGGGTGTTAACCGTGACCAATGTAGCCGTGACGAACGAGCATTGGAAGTGGTGATTTTATGGAGTGGTGGTTTGGGCCCGAGAAGAGGGGTGGCATTGACGAACATAGTCGTGACCCACGAGGACGTTGTTTTACCTAACTTTTTCGATGATCTTGCTAAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1020 bp · TkA07G073090|TK1151|CDS

ATGAGTTCGTATCGATTGATATCAGAGTCATCTCCATCTTGCAAGGTTCCAACATCCGGAGTGGTACCCTATGGAGTGGTGACTTTGACCCCAAAAAAGGGTGTTAACCGTGACCAATGTAGCCGTGACGAACGAGCATTGGAAGTGGTGATTTTATGGAGTGGTGGTTTGGGCCCGAGAAGAGGGGTGGCATTGACGAACATAGTCGTGACCCACGAGGACGTTGTTTTACCTAACTTTTTCGATGATCTTGCTAAAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

339 aa · TkA07G073090|TK1151|PROTEIN

MSSYRLISESSPSCKVPTSGVVPYGVVTLTPKKGVNRDQCSRDERALEVVILWSGGLGPRRGVALTNIVVTHEDVVLPNFFDDLAKRIQVCFFKGGARLFEMAPTSKRSSAMKESPNWLEMPDELMYPAMWKVINMIKHPDDGWDWNWDRSLEALTKEAVDLSCGELIDITIEGFCTDELLNHIVLHSNKLKRLCLWRCFDITDSVLGMAVKKVPQLEELHLACTIINAKDLEVIGRNCPQLKSFKMTHVCTGAFKDHAL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G073090`
TK1151 ID	TkA07G073090
OH-1004 ID	LXL04_027560
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	64.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 69.027 / OH-1004 92.908 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G073090

位置 Chr07:19160066-19162716 (+)

描述 Similar to FBL23: Putative F-box/LRR-repeat protein 23

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g05500`	推定 F-box/LRR 重复蛋白 23。	暂无已核实直接文献
`At4g05475`	假定F-box蛋白At4g05475。	暂无已核实直接文献
`At4g05490`	推测的 F-盒/LRR 重复蛋白 22。	暂无已核实直接文献
`At4g05470`	假定F-box/LRR重复蛋白21。	暂无已核实直接文献
`At4g05497`	推定 F-box/LRR 重复蛋白 9。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027560 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:1905761 SCF ubiquitin ligase complex binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G05460

ath:AT4G05475

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.493

排名 1 · TkA07G073090 · TK1151

细胞质0.399

排名 2 · TkA07G073090 · TK1151

细胞膜0.106

排名 3 · TkA07G073090 · TK1151

内质网0.082

排名 4 · TkA07G073090 · TK1151

质体0.065

排名 5 · TkA07G073090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13855LRR_8160-194 aa

PF29594LRR_SKP2164-302 aa

PF23598LRR_14176-275 aa

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF1177-249 aa

PF25372LRR_FBXL15178-247 aa

PF24758LRR_At5g56370181-251 aa

PF12799LRR_4190-230 aa

PF19729LRR_FBXL18203-300 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G073090	`PF13855`	LRR_8	160	194	9.9e-06	25.9
TkA07G073090	`PF29594`	LRR_SKP2	164	302	5.3e-07	29.9
TkA07G073090	`PF23598`	LRR_14	176	275	0.0015	18.1
TkA07G073090	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	177	249	1.7e-05	25.1
TkA07G073090	`PF25372`	LRR_FBXL15	178	247	3.3e-08	33.1
TkA07G073090	`PF24758`	LRR_At5g56370	181	251	4.7e-14	53.3
TkA07G073090	`PF12799`	LRR_4	190	230	7e-08	33.2
TkA07G073090	`PF19729`	LRR_FBXL18	203	300	0.069	12.3
TkA07G073090	`PF24048`	LRR_NXF1-5	207	247	0.13	12.6
TkA07G073090	`PF12799`	LRR_4	215	247	7e-08	33.2
TkA07G073090	`PF13855`	LRR_8	215	278	9.9e-06	25.9
TkA07G073090	`PF13516`	LRR_6	217	234	2.6e-06	27.8
TkA07G073090	`PF24048`	LRR_NXF1-5	231	280	0.13	12.6
TkA07G073090	`PF23598`	LRR_14	241	300	0.0015	18.1
TkA07G073090	`PF24758`	LRR_At5g56370	254	303	4.7e-14	53.3
TkA07G073090	`PF25372`	LRR_FBXL15	256	309	3.3e-08	33.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S9V9`	拟南芥	sp\|Q9S9V9\|FBL23_ARATH Putative F-box/LRR-repeat protein 23	44.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M0U7`	拟南芥	sp\|Q9M0U7\|FB221_ARATH Putative F-box protein At4g05475	39.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M0U6`	拟南芥	sp\|Q9M0U6\|FBL22_ARATH Putative F-box/LRR-repeat protein 22	35.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M0U8`	拟南芥	sp\|Q9M0U8\|FBL21_ARATH Putative F-box/LRR-repeat protein 21	34.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9S9V8`	拟南芥	sp\|Q9S9V8\|FBL9_ARATH Putative F-box/LRR-repeat protein 9	35.800%	Swiss-Prot	中等置信

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