TkA07G069110 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G069110

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 18153009-18159002 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2944 bp · TkA07G069110|TK1151|cDNA

AAATCCCCCAAAACCCCTCTCGTGAGTCGTGACTCACGGCGTCTCGCTGATTCAATCACAAATTCAGTGTTTGAACAAATTTGAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGTATTCACACATACTCCAGTAGTCGCATCTCTCGACGAAGGGAGTCATATTCATCTTTCAATCTCTTCTTTACTCCATCCCTCGAGTGTCTTTGTATCTGGTAAGGAAAATAGCTTGTTTTATCTCCAGTTGATTCGGAAACCCGAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2280 bp · TkA07G069110|TK1151|CDS

ATGGAGAGTGTGTTAACTGACTGTGTACAGAATAGTCTGCGACATCTATTATACCGCAATGCAATTTTCATGTGTGAACGCCTTTGCTCTGAGTTTCCCTCAGAGACAAACTTGCAGTTGTTAGCTGCATGTTACTTGCAAAGCAATCAAGCTTACTCGGCTTACCATATTTTAAAAGGAACACAAATGCCTCAGTCCAGATACTTGTTTGCAATATCATGCTTCCAAATGGATCTCCTAAATGAAGCAGAAATGGCATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

759 aa · TkA07G069110|TK1151|PROTEIN

MESVLTDCVQNSLRHLLYRNAIFMCERLCSEFPSETNLQLLAACYLQSNQAYSAYHILKGTQMPQSRYLFAISCFQMDLLNEAEMALCPSNEPSAEVPNGAAGHYLLGLIYRYTDRMKSAVQQFNQALSLDPLLWAAYEELCKLGAAGEARSVFGESASECIQKQYLTHDMFQSAPVDDRHLAESVSPRHLRLLHGNNNNLKDNNSINQNHNIYPGNPPTATLPNNGIHANISFYNTPSPMANQLSGVAPPPICRNMVPN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G069110`
TK1151 ID	TkA07G069110
OH-1004 ID	LXL04_027512
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G069110

位置 Chr07:18153009-18159002 (+)

描述 Similar to CDC27B: Cell division cycle protein 27 homolog B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g20000`	后期促进复合物/环体的组成部分，这是一种细胞周期调节的 E3 泛素-蛋白连接酶复合物，可控制细胞周期有丝分裂和 G1 期的进展。	Specialization of CDC27 function in the Arabidopsis thaliana anaphase-promoting complex (APC/C).2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03312.x
`At3g16320`	后期促进复合物/环体的组成部分，这是一种细胞周期调节的 E3 泛素-蛋白连接酶复合物，可控制细胞周期有丝分裂和 G1 期的进展。	Specialization of CDC27 function in the Arabidopsis thaliana anaphase-promoting complex (APC/C).2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03312.x Overexpression of the Arabidopsis anaphase promoting complex subunit CDC27a increases growth rate and organ size.2009 · DOI: 10.1007/s11103-009-9525-7

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027512 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007091 metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0007346 regulation of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0010071 root meristem specification 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0031145 anaphase-promoting complex-dependent catabolic process 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048829 root cap development 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051445 regulation of meiotic cell cycle 生物过程

GO:0070936 protein K48-linked ubiquitination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G20000

ath:AT3G16320

bta:540660

hsa:996

rno:360643

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.779

排名 1 · TkA07G069110 · TK1151

细胞质0.253

排名 2 · TkA07G069110 · TK1151

细胞膜0.035

排名 3 · TkA07G069110 · TK1151

高尔基体0.025

排名 4 · TkA07G069110 · TK1151

溶酶体／液泡0.022

排名 5 · TkA07G069110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12895ANAPC316-88 aa

PF14559TPR_1918-59 aa

PF29407CFAP70_TPR_C18-186 aa

PF13428TPR_1418-43 aa

PF13174TPR_618-33 aa

PF24575TPR_Slam18-54 aa

PF09295ChAPs18-125 aa

PF31234TPR_Psidin_N24-58 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G069110	`PF12895`	ANAPC3	16	88	3.3e-26	92.1
TkA07G069110	`PF14559`	TPR_19	18	59	3.6e-17	63.2
TkA07G069110	`PF29407`	CFAP70_TPR_C	18	186	3.1e-15	57.1
TkA07G069110	`PF13428`	TPR_14	18	43	9.4e-12	45.1
TkA07G069110	`PF13174`	TPR_6	18	33	1.2e-05	26.3
TkA07G069110	`PF24575`	TPR_Slam	18	54	0.0096	17.0
TkA07G069110	`PF09295`	ChAPs	18	125	0.053	13.2
TkA07G069110	`PF31234`	TPR_Psidin_N	24	58	0.75	9.9
TkA07G069110	`PF21033`	RMD1-3	25	60	1.1e-10	41.8
TkA07G069110	`PF25060`	ARM_TT21_2nd	30	88	0.12	12.5
TkA07G069110	`PF25068`	ARM_TT21_4th	37	83	0.019	16.0
TkA07G069110	`PF27595`	HIR3_bundle	45	80	0.0014	18.5
TkA07G069110	`PF29386`	CFAP70_mid_TPR	54	128	6.4e-06	27.2
TkA07G069110	`PF21545`	T7SS_EccA1_N	68	133	0.012	15.6
TkA07G069110	`PF25064`	ARM_TT21_5th	80	127	4.2e-06	27.8
TkA07G069110	`PF13424`	TPR_12	95	130	2.1e-20	73.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LGU6`	拟南芥	sp\|Q8LGU6\|CD27B_ARATH Cell division cycle protein 27 homolog B	62.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q06AN9`	拟南芥	sp\|Q06AN9\|CD27A_ARATH Cell division cycle protein 27 homolog A	50.100%	Swiss-Prot	高置信

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