RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_027512
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 17691366-17695996 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2286 bp · LXL04_027512|LXL04_027512|OH1004|cDNA

ATGGAGAGTGTGTTAACTGACTGTGTACAGAATAGTCTGCGACATCTATTATACCGCAATGCAATTTTCATGTGTGAACGCCTTTGCTCTGAGTTTCCCTCAGAGACAAACTTGCAGTTGTTAGCTGCATGTTACTTGCAAAGCAATCAAGCTTACTCGGCTTACCATATTTTAAAAGGAACACAAATGCCTCAGTCCAGATACTTGTTTGCAATATCATGCTTCCAAATGGATCTCCTAAATGAAGCAGAAATGGCATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2286 bp · LXL04_027512|LXL04_027512|OH1004|CDS

ATGGAGAGTGTGTTAACTGACTGTGTACAGAATAGTCTGCGACATCTATTATACCGCAATGCAATTTTCATGTGTGAACGCCTTTGCTCTGAGTTTCCCTCAGAGACAAACTTGCAGTTGTTAGCTGCATGTTACTTGCAAAGCAATCAAGCTTACTCGGCTTACCATATTTTAAAAGGAACACAAATGCCTCAGTCCAGATACTTGTTTGCAATATCATGCTTCCAAATGGATCTCCTAAATGAAGCAGAAATGGCATT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

761 aa · LXL04_027512|LXL04_027512|OH1004|PROTEIN

MESVLTDCVQNSLRHLLYRNAIFMCERLCSEFPSETNLQLLAACYLQSNQAYSAYHILKGTQMPQSRYLFAISCFQMDLLNEAEMALCPSNEPSAEVPNGAAGHYLLGLIYRYTDRMKSAVQQFNQALSLDPLLWAAYEELCKLGAAGEARSVFGESASECIQKQYLTHDMFQSAPVDDRHLAESVSPRHLRLLHGNNNNLKDNNSINQNHNIYPGNPPTATLPNNGIHANISFYNTPSPMANQLSGVAPPPICRNMVPN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_027512
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_027512
位置Chr06:17691366-17695996 (+)
描述Similar to CDC27B: Cell division cycle protein 27 homolog B
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g20000 后期促进复合物/环体 的组成部分，这是一种细胞周期调节的 E3 泛素-蛋白连接酶复合物，可控制细胞周期有丝分裂和 G1 期的进展。
Specialization of CDC27 function in the Arabidopsis thaliana anaphase-promoting complex (APC/C).2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03312.x
At3g16320 后期促进复合物/环体 的组成部分，这是一种细胞周期调节的 E3 泛素-蛋白连接酶复合物，可控制细胞周期有丝分裂和 G1 期的进展。
Specialization of CDC27 function in the Arabidopsis thaliana anaphase-promoting complex (APC/C).2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03312.x
Overexpression of the Arabidopsis anaphase promoting complex subunit CDC27a increases growth rate and organ size.2009 · DOI: 10.1007/s11103-009-9525-7

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027512 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007091 metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle 生物过程
GO:0007346 regulation of mitotic cell cycle 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0010071 root meristem specification 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0030154 cell differentiation 生物过程
GO:0031145 anaphase-promoting complex-dependent catabolic process 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0048829 root cap development 生物过程
GO:0051301 cell division 生物过程
GO:0051445 regulation of meiotic cell cycle 生物过程
GO:0070936 protein K48-linked ubiquitination 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G20000
ath:AT3G16320
bta:540660
hsa:996
rno:360643
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.782
排名 1 · LXL04_027512 · OH-1004
细胞质0.252
排名 2 · LXL04_027512 · OH-1004
细胞膜0.034
排名 3 · LXL04_027512 · OH-1004
高尔基体0.025
排名 4 · LXL04_027512 · OH-1004
溶酶体／液泡0.022
排名 5 · LXL04_027512 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12895.14ANAPC316-88 aa
PF29407.1CFAP70_TPR_C18-186 aa
PF00515.35TPR_1101-132 aa
PF07719.24TPR_2101-132 aa
PF13181.13TPR_8104-132 aa
PF29407.1CFAP70_TPR_C533-697 aa
PF23914.2TPR_CcmH_CycH535-632 aa
PF00515.35TPR_1536-567 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_027512PF12895.14ANAPC316883.4e-2692.1
LXL04_027512PF29407.1CFAP70_TPR_C181863.2e-1557.0
LXL04_027512PF00515.35TPR_11011329.9e-36120.8
LXL04_027512PF07719.24TPR_21011328e-31104.3
LXL04_027512PF13181.13TPR_81041322.5e-2587.1
LXL04_027512PF29407.1CFAP70_TPR_C5336973.2e-1557.0
LXL04_027512PF23914.2TPR_CcmH_CycH5356326.5e-1039.8
LXL04_027512PF00515.35TPR_15365679.9e-36120.8
LXL04_027512PF07719.24TPR_25365668e-31104.3
LXL04_027512PF13414.13TPR_115766163.4e-1659.4
LXL04_027512PF13432.13TPR_165766341.2e-1352.0
LXL04_027512PF13424.13TPR_125796322.1e-2073.4
LXL04_027512PF29386.1CFAP70_mid_TPR5796656e-0627.3
LXL04_027512PF00515.35TPR_16046349.9e-36120.8
LXL04_027512PF07719.24TPR_26046348e-31104.3
LXL04_027512PF13424.13TPR_126046632.1e-2073.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8LGU6拟南芥Cell division cycle protein 27 homolog B66.407%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q06AN9拟南芥Cell division cycle protein 27 homolog A49.035%Swiss-Prot中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看