TkA07G053490 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G053490

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 14276988-14285590 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1247 bp · TkA07G053490|TK1151|cDNA

ATATATATAACTGATATTTGATTATTATCTAACTTGTAGTTGCACCCATCAAGCATATCGAGAAGAAAAAGAAAGATTTCGAAGAAGCAAAAGAACTTTTGAAAGTGGTATGTGATGAAATAGACAAGTTGGAATTCCATGATGCTCACCCTCGCTATTACACTAGACCGGTTCTTGAGGCTGCACGCCAAAACGCTTATGAGGTGGTTGATGAGATTCTAATGAGATCCCCTGAAGCAATTCGGTACAAAGATAAAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2595 bp · TkA07G053490|TK1151|CDS

ATGGCAGACTCGTGCTCACCAAACCCTCATTCACATGATGCTTCAACACAAACACAACAACATTTGGAATACTTATATGCATCGAATGCAAATGTTTTTAACTTTGTTTCCGTGAAGCTTTCCGGAGAGCACAACTATCATCTTTGGAAAATGCAAATACTTTGCCTCATGGAGACTTACGATATGCAGGGCATTGTTGATGCAACATTTATCCGACCGAGGAAACAATATGACAGTCTTGTCAAGGGTTGGATATTTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

864 aa · TkA07G053490|TK1151|PROTEIN

MADSCSPNPHSHDASTQTQQHLEYLYASNANVFNFVSVKLSGEHNYHLWKMQILCLMETYDMQGIVDATFIRPRKQYDSLVKGWIFGSVSEEILATVVDLDSAKEVWDKLKSFYDPNMISPQQASKKVEVETETKDKAKDRVPQEIKTEDEDGALQETTGSRTKKLHPTSIEKTETKDHDTVSPETKTKHEDTFVRAKTFKKCENKIRQNKQLRQAIVEGQWAEVESTIREDKSVATQAINSDGNTVLHIAVGIGRNNLV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G053490`
TK1151 ID	TkA07G053490
OH-1004 ID	LXL04_028202
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	55.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.486 / OH-1004 95.956 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G053490`
位置	Chr07:14276988-14285590 (-)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_028202` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006457 protein folding 生物过程 GO:0006654 phosphatidic acid biosynthetic process 生物过程 GO:0007200 phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway 生物过程 GO:0031571 mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling 生物过程 GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程 GO:0046339 diacylglycerol metabolic process 生物过程 GO:0046486 glycerolipid metabolic process 生物过程 GO:0046580 negative regulation of Ras protein signal transduction 生物过程 GO:0046834 lipid phosphorylation 生物过程 GO:0050860 negative regulation of T cell receptor signaling pathway 生物过程 GO:0070682 proteasome regulatory particle assembly 生物过程 GO:0099562 maintenance of postsynaptic density structure 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT5G02620 ddi:DDB_G0287345 rno:81821 spo:2542919 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.870

排名 1 · TkA07G053490 · TK1151

内质网0.081

排名 2 · TkA07G053490 · TK1151

细胞质0.076

排名 3 · TkA07G053490 · TK1151

细胞核0.035

排名 4 · TkA07G053490 · TK1151

溶酶体／液泡0.027

排名 5 · TkA07G053490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17241Retrotran_gag_430-95 aa

PF14223Retrotran_gag_272-115 aa

PF18689PriX159-180 aa

PF18689PriX188-217 aa

PF13857Ank_5232-258 aa

PF13637Ank_4238-256 aa

PF12796Ank_2240-263 aa

PF00023Ank243-264 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G053490	`PF17241`	Retrotran_gag_4	30	95	0.0017	18.8
TkA07G053490	`PF14223`	Retrotran_gag_2	72	115	5.5e-06	27.0
TkA07G053490	`PF18689`	PriX	159	180	1.2	10.3
TkA07G053490	`PF18689`	PriX	188	217	1.2	10.3
TkA07G053490	`PF13857`	Ank_5	232	258	2.8e-08	34.7
TkA07G053490	`PF13637`	Ank_4	238	256	9.9e-08	32.8
TkA07G053490	`PF12796`	Ank_2	240	263	8.1e-16	59.1
TkA07G053490	`PF00023`	Ank	243	264	9.5e-12	45.2
TkA07G053490	`PF13606`	Ank_3	243	266	2.3e-09	37.3
TkA07G053490	`PF12796`	Ank_2	248	336	8.1e-16	59.1
TkA07G053490	`PF13857`	Ank_5	276	320	2.8e-08	34.7
TkA07G053490	`PF13637`	Ank_4	276	299	9.9e-08	32.8
TkA07G053490	`PF00023`	Ank	278	303	9.5e-12	45.2
TkA07G053490	`PF13606`	Ank_3	278	302	2.3e-09	37.3
TkA07G053490	`PF13637`	Ank_4	283	333	9.9e-08	32.8
TkA07G053490	`PF00023`	Ank	313	334	9.5e-12	45.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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