TkA07G043650 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G043650

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 11585505-11586461 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

846 bp · TkA07G043650|TK1151|cDNA

ATGACGAAGGAGCTCAAAGGCGAAGGAGGTGACCCAGAAAACTCTGTCAGTCATCATCAAGAACCAGAACACCCCATTTTTGAAAGAAACACGAAAGATGTATACCGGTGGAGCTCCAGGCATGGACCGAGAAAAATTCACGGTTTTGAGCACAACGCCATGGCAATGGAGAGGGATCTTGTCATGCGAAACATAAATGCTCCATATAAGATTTTTGGGATTGTCGGAGTCGCCGGAATCGGGAAAACCACTCTTTGTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

846 bp · TkA07G043650|TK1151|CDS

ATGACGAAGGAGCTCAAAGGCGAAGGAGGTGACCCAGAAAACTCTGTCAGTCATCATCAAGAACCAGAACACCCCATTTTTGAAAGAAACACGAAAGATGTATACCGGTGGAGCTCCAGGCATGGACCGAGAAAAATTCACGGTTTTGAGCACAACGCCATGGCAATGGAGAGGGATCTTGTCATGCGAAACATAAATGCTCCATATAAGATTTTTGGGATTGTCGGAGTCGCCGGAATCGGGAAAACCACTCTTTGTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

281 aa · TkA07G043650|TK1151|PROTEIN

MTKELKGEGGDPENSVSHHQEPEHPIFERNTKDVYRWSSRHGPRKIHGFEHNAMAMERDLVMRNINAPYKIFGIVGVAGIGKTTLCQSIFSRKLVKEHFCPRIWVCLSKQPIDHDDYRKEIVIRILHRKDGDVHGLRKLILLLRLQLIGKKYLIVLDDAWNDDEFFLKLTRSEQPNMKWGEELSYGLPKGCGGAIISTSRSDSLLKRMFGKDVDLLYLKRHTKEMIHEIFRDTCDGIPLAAKLLGKIAREELPLKHKPPS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G043650`
TK1151 ID	TkA07G043650
OH-1004 ID	LXL04_027264
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	88.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 75.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G043650

位置 Chr07:11585505-11586461 (+)

描述 Similar to At4g19060: Probable disease resistance protein At4g19060

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g19060`	可能的抗病蛋白。	暂无已核实直接文献
`At3g50950`	CC-NB-LRR 受体样蛋白，必需用于识别病原细菌Ⅲ型效应蛋白（T3E），如假单胞菌HopZ1a和HopF2a及十字花叶黄单胞菌（Xcc）XopAC/AvrAC；这种识别需要ZED1相关激酶（如PBL2、ZRK3和ZED1/ZRK5）。	Allele-specific virulence attenuation of the Pseudomonas syringae HopZ1a type III effector via the Arabidopsis ZAR1 resistance protein.2010 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000894

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027264 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050776 regulation of immune response 生物过程

GO:0050829 defense response to Gram-negative bacterium 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0043531 ADP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G50950

ath:AT4G19060

ath:AT5G45440

ath:AT5G45490

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.556

排名 1 · TkA07G043650 · TK1151

细胞核0.242

排名 2 · TkA07G043650 · TK1151

细胞质0.225

排名 3 · TkA07G043650 · TK1151

内质网0.075

排名 4 · TkA07G043650 · TK1151

质体0.033

排名 5 · TkA07G043650 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00931NB-ARC69-165 aa

PF13173AAA_1470-100 aa

PF00005ABC_tran70-91 aa

PF13401AAA_2274-160 aa

PF13191AAA_1674-112 aa

PF05729NACHT74-92 aa

PF00735Septin74-98 aa

PF20720nSTAND374-96 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G043650	`PF00931`	NB-ARC	69	165	3.5e-16	60.0
TkA07G043650	`PF13173`	AAA_14	70	100	0.026	15.2
TkA07G043650	`PF00005`	ABC_tran	70	91	0.1	13.9
TkA07G043650	`PF13401`	AAA_22	74	160	0.0028	18.7
TkA07G043650	`PF13191`	AAA_16	74	112	0.021	16.1
TkA07G043650	`PF05729`	NACHT	74	92	0.029	14.9
TkA07G043650	`PF00735`	Septin	74	98	0.089	12.8
TkA07G043650	`PF20720`	nSTAND3	74	96	0.34	11.3
TkA07G043650	`PF03029`	ATP_bind_1	74	90	0.38	11.2
TkA07G043650	`PF00005`	ABC_tran	138	159	0.1	13.9
TkA07G043650	`PF00735`	Septin	213	232	0.089	12.8
TkA07G043650	`PF13191`	AAA_16	235	250	0.021	16.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84WD3`	拟南芥	sp\|Q84WD3\|DRL26_ARATH Probable disease resistance protein At4g19060	34.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q38834`	拟南芥	sp\|Q38834\|R13L4_ARATH Disease resistance RPP13-like protein 4	30.900%	Swiss-Prot	中等置信

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