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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G036270
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 9668488-9670625 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1482 bp · TkA07G036270|TK1151|cDNA

AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTAAAAAATAGAAAAAAAAGGATTTATGAAACTTAGTTCCTCCACCTCACAACTAGATGAAGCTAAACCTCATAAACCTCTCTTTTCAACTCCATGGATTTATTGAAAGCAAATACTATCTAGAAAAAGATTGATATAGAGAGAGAAAGAGAAAACAAAGAGTCTTCTCTCAATGGCAACAACAACAAACGCCACCACC...

CDS

下载 CDS FASTA

1128 bp · TkA07G036270|TK1151|CDS

ATGGCAACAACAACAAACGCCACCACCACCCACTATCCAGACGACTTCAAATGCCCGATTTCTCTCGAGATAATGTCGGAGCCAGTCATCCTTTCTTCCGGCCACACCTTTGACCGCTCTTCAATCCAACGTTGGCTTGACGCAGGCCACCGTACTTGCCCCATCAGCAAATTGCCCCTCTCCGACCCTCCTTCTCTTATCCCTAACCACGCCCTTCGCAGCCTTATCACCAGCTACACCGCCCTCAATTTATCAAAGCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

375 aa · TkA07G036270|TK1151|PROTEIN

MATTTNATTTHYPDDFKCPISLEIMSEPVILSSGHTFDRSSIQRWLDAGHRTCPISKLPLSDPPSLIPNHALRSLITSYTALNLSKPHQNRGNSETLISNLTSKSSSPEAKLFSIEQLCQLSKHDFELRKRLTESGAVAAVLGCISRKNYITLQEKALKLLLNLSLDDDNKVGLVAEGAICSIIAALSDGESADCRATAATVLTSLAVVEVNKATIGAYPFAIRGLVTLLKEGGGRERKEAATALYALCSFPDNRRRAVE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G036270
TK1151 IDTkA07G036270
OH-1004 IDLXL04_027164
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 93.067 / OH-1004 98.310
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G036270
位置Chr07:9668488-9670625 (-)
描述Similar to PUB8: U-box domain-containing protein 8
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g21350 作为 E3 泛素连接酶发挥功能（通过相似性）。
A cryptic modifier causing transient self-incompatibility in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1016/j.cub.2007.03.022
At1g29340 充当 E3 泛素连接酶。
The E3 ubiquitin ligase activity of arabidopsis PLANT U-BOX17 and its functional tobacco homolog ACRE276 are required for cell death and defense.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.039198
At5g01830 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At2g35930 E3 泛素蛋白连接酶可负向调节水分胁迫反应。
Arabidopsis PUB22 and PUB23 are homologous U-Box E3 ubiquitin ligases that play combinatory roles in response to drought stress.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.060699
Negative regulation of PAMP-triggered immunity by an E3 ubiquitin ligase triplet in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1016/j.cub.2008.07.085

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027164 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0009609 response to symbiotic bacterium 生物过程
GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009877 nodulation 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0036377 arbuscular mycorrhizal association 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G28830
ath:AT3G46510
ath:AT4G21350
dosa:Os06g0102700
mtr:11430446
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.717
排名 1 · TkA07G036270 · TK1151
细胞质0.359
排名 2 · TkA07G036270 · TK1151
细胞膜0.037
排名 3 · TkA07G036270 · TK1151
内质网0.022
排名 4 · TkA07G036270 · TK1151
线粒体0.019
排名 5 · TkA07G036270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04564U-box13-81 aa
PF11789zf-Nse15-55 aa
PF13923zf-C3HC4_217-55 aa
PF13639zf-RING_217-55 aa
PF13445zf-RING_UBOX18-54 aa
PF15227zf-C3HC4_418-54 aa
PF00097zf-C3HC418-54 aa
PF12678zf-rbx132-55 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G036270PF04564U-box13817.1e-1968.5
TkA07G036270PF11789zf-Nse15554.4e-0730.4
TkA07G036270PF13923zf-C3HC4_217555.1e-0523.7
TkA07G036270PF13639zf-RING_217550.02715.4
TkA07G036270PF13445zf-RING_UBOX18546.6e-0833.1
TkA07G036270PF15227zf-C3HC4_418540.003318.2
TkA07G036270PF00097zf-C3HC418540.005517.3
TkA07G036270PF12678zf-rbx132550.06414.2
TkA07G036270PF13445zf-RING_UBOX53656.6e-0833.1
TkA07G036270PF24436INTS7_N783110.001218.7
TkA07G036270PF24768ARM_ARMC5902715.9e-0936.4
TkA07G036270PF21050ARMC9_ARM961180.002518.5
TkA07G036270PF25598ARM_PUB983692.5e-1970.5
TkA07G036270PF02985HEAT1041240.02715.4
TkA07G036270PF00514Arm1281652.5e-0524.9
TkA07G036270PF13513HEAT_EZ1391720.1313.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O81902拟南芥sp|O81902|PUB8_ARATH U-box domain-containing protein 858.700%Swiss-Prot高置信
Q9C7R6拟南芥sp|Q9C7R6|PUB17_ARATH U-box domain-containing protein 1729.600%Swiss-Prot低置信
Q9LZW3拟南芥sp|Q9LZW3|PUB16_ARATH U-box domain-containing protein 1628.000%Swiss-Prot低置信
Q84TG3拟南芥sp|Q84TG3|PUB23_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase PUB2327.600%Swiss-Prot低置信

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