TkA07G035820 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G035820

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 9558287-9559256 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

582 bp · TkA07G035820|TK1151|cDNA

ATGCTTTGTAGAAACAGGAAGCGGAATTATGATGGAGATGATGATGATAACAACGATGAGGATGAAGGCAGATTCAAGTCCAAGAACCTCAAAGCTGAAAGGAAAAGACGCGAAAAACTCAAATCAAGAATGCTAGAATTACGATCTCTAGTTCCTAAAATAACAAATTTGAACAAAGAAACAATCATAACGGATGCTATTGATTACATTGAGGAGCTTCAAGATTCTGTCACAAATCTAACTAATGAAATTCATAAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

582 bp · TkA07G035820|TK1151|CDS

ATGCTTTGTAGAAACAGGAAGCGGAATTATGATGGAGATGATGATGATAACAACGATGAGGATGAAGGCAGATTCAAGTCCAAGAACCTCAAAGCTGAAAGGAAAAGACGCGAAAAACTCAAATCAAGAATGCTAGAATTACGATCTCTAGTTCCTAAAATAACAAATTTGAACAAAGAAACAATCATAACGGATGCTATTGATTACATTGAGGAGCTTCAAGATTCTGTCACAAATCTAACTAATGAAATTCATAAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

193 aa · TkA07G035820|TK1151|PROTEIN

MLCRNRKRNYDGDDDDNNDEDEGRFKSKNLKAERKRREKLKSRMLELRSLVPKITNLNKETIITDAIDYIEELQDSVTNLTNEIHKIEAELAIEQSFDILHICQEEKMKKWGIESEVEVSRINENKLWMKIVFEKKVGGFTKLIQAMSMLGIELVDTSVTTTKGAVLVTSCIEGKMLIPEQVREELVDVIKVL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G035820`
TK1151 ID	TkA07G035820
OH-1004 ID	LXL04_027159
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 92.344 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G035820

位置 Chr07:9558287-9559256 (+)

描述 Similar to DYT1: Transcription factor DYT1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g21330`	转录因子。	Regulation of Arabidopsis tapetum development and function by DYSFUNCTIONAL TAPETUM1 (DYT1) encoding a putative bHLH transcription factor.2006 · DOI: 10.1242/dev.02463
`At1g10610`	转录因子 bHLH90。	暂无已核实直接文献
`At2g16910`	转录因子。	暂无已核实直接文献
`At5g10570`	转录因子 bHLH61。	暂无已核实直接文献
`At3g26744`	转录激活剂，调节 CBF/DREB1 基因的冷诱导转录。	SIZ1-mediated sumoylation of ICE1 controls CBF3/DREB1A expression and freezing tolerance in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.048397 SCREAM/ICE1 and SCREAM2 specify three cell-state transitional steps leading to arabidopsis stomatal differentiation.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.060848

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027159 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009960 endosperm development 生物过程

GO:0010115 regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0010162 seed dormancy process 生物过程

GO:0010440 stomatal lineage progression 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048317 seed morphogenesis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10610

ath:AT2G16910

ath:AT3G26744

ath:AT4G21330

dosa:Os02g0120500

osa:4328113

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.869

排名 1 · TkA07G035820 · TK1151

细胞质0.228

排名 2 · TkA07G035820 · TK1151

细胞膜0.033

排名 3 · TkA07G035820 · TK1151

内质网0.022

排名 4 · TkA07G035820 · TK1151

溶酶体／液泡0.009

排名 5 · TkA07G035820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00170bZIP_13-10 aa

PF17544DUF54609-95 aa

PF11365SOGA19-60 aa

PF00170bZIP_126-60 aa

PF24922ACBP4_C28-60 aa

PF00010HLH29-74 aa

PF23177bHLH_IRO331-90 aa

PF23173bHLH_SAC5133-80 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G035820	`PF00170`	bZIP_1	3	10	2.6	8.9
TkA07G035820	`PF17544`	DUF5460	9	95	0.07	13.1
TkA07G035820	`PF11365`	SOGA	19	60	0.32	12.8
TkA07G035820	`PF00170`	bZIP_1	26	60	2.6	8.9
TkA07G035820	`PF24922`	ACBP4_C	28	60	0.024	15.6
TkA07G035820	`PF00010`	HLH	29	74	1.7e-09	38.1
TkA07G035820	`PF23177`	bHLH_IRO3	31	90	5.1e-06	27.5
TkA07G035820	`PF23173`	bHLH_SAC51	33	80	0.00054	20.5
TkA07G035820	`PF07374`	DUF1492	33	73	0.65	10.9
TkA07G035820	`PF08702`	Fib_alpha	35	95	0.18	12.7
TkA07G035820	`PF26575`	HHO5_N	50	89	0.035	14.8
TkA07G035820	`PF07032`	DUF1322	67	134	0.094	14.0
TkA07G035820	`PF07374`	DUF1492	68	121	0.65	10.9
TkA07G035820	`PF00170`	bZIP_1	69	91	2.6	8.9
TkA07G035820	`PF24922`	ACBP4_C	70	96	0.024	15.6
TkA07G035820	`PF11365`	SOGA	70	132	0.32	12.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81900`	拟南芥	sp\|O81900\|DYT1_ARATH Transcription factor DYT1	41.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0WNR2`	拟南芥	sp\|Q0WNR2\|BH090_ARATH Transcription factor bHLH90	34.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZVX2`	拟南芥	sp\|Q9ZVX2\|AMS_ARATH Transcription factor ABORTED MICROSPORES	26.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LXA9`	拟南芥	sp\|Q9LXA9\|BH061_ARATH Transcription factor bHLH61	30.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LSE2`	拟南芥	sp\|Q9LSE2\|ICE1_ARATH Transcription factor ICE1	26.300%	Swiss-Prot	低置信

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