TkA07G022290 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G022290

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 6077416-6078815 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1215 bp · TkA07G022290|TK1151|cDNA

ATGTTAAAGTCGGTGGCTAACCGCAGCACCACCGTCACACACAAATCCGAATCATTCTTCTTCTTACTCTTCTCATTTAGATCATCATCGTCGTCTCCAAGAAGTAAATACCACAACTATTACCTCCGAAAAAGAAGAAAATGGCCGCACCCAGTTTACAAATCCCGCTGGCACGAGAAACTAAGCCAACAACACGCCATGCAAGCTCTTCGACAACAAGCTTCTTCATCATCATCATCCGCTAATCTCCTCTCTTCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1215 bp · TkA07G022290|TK1151|CDS

ATGTTAAAGTCGGTGGCTAACCGCAGCACCACCGTCACACACAAATCCGAATCATTCTTCTTCTTACTCTTCTCATTTAGATCATCATCGTCGTCTCCAAGAAGTAAATACCACAACTATTACCTCCGAAAAAGAAGAAAATGGCCGCACCCAGTTTACAAATCCCGCTGGCACGAGAAACTAAGCCAACAACACGCCATGCAAGCTCTTCGACAACAAGCTTCTTCATCATCATCATCCGCTAATCTCCTCTCTTCTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

404 aa · TkA07G022290|TK1151|PROTEIN

MLKSVANRSTTVTHKSESFFFLLFSFRSSSSSPRSKYHNYYLRKRRKWPHPVYKSRWHEKLSQQHAMQALRQQASSSSSSANLLSSLINSFALYNCDPTPNAYHFVIKTLIKTSQSHYIGSVLYHLEKVEKFETPETIFTDLIEFHGENNEFQEAIDVFFRLPDFRCTPSVDSLNCLLSVLCKRKEGLGVVPQVLLKSRLMNIRLEESTFCILIKALCKFKKPKNAISLLYHMADHEIDIDHGSFSLILSTLCQQFDLER...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G022290`
TK1151 ID	TkA07G022290
OH-1004 ID	LXL04_026976
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 74.505 / OH-1004 61.179 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G022290

位置 Chr07:6077416-6078815 (-)

描述 Similar to At2g38420: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g38420, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g38420`	含五聚重复肽的蛋白质At2g38420，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026976 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05670

ath:AT2G38420

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.738

排名 1 · TkA07G022290 · TK1151

质体0.139

排名 2 · TkA07G022290 · TK1151

细胞核0.071

排名 3 · TkA07G022290 · TK1151

细胞质0.030

排名 4 · TkA07G022290 · TK1151

细胞膜0.009

排名 5 · TkA07G022290 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10037MRP-S2754-93 aa

PF12000Glyco_trans_4_355-81 aa

PF29070MSC6_N60-229 aa

PF12854PPR_185-91 aa

PF13041PPR_295-111 aa

PF29978ATP18_TPR97-137 aa

PF13877RPAP3_C109-133 aa

PF23276TPR_24115-187 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G022290	`PF10037`	MRP-S27	54	93	0.0043	16.8
TkA07G022290	`PF12000`	Glyco_trans_4_3	55	81	0.17	12.4
TkA07G022290	`PF29070`	MSC6_N	60	229	4.9e-12	46.3
TkA07G022290	`PF12854`	PPR_1	85	91	1.1e-16	61.0
TkA07G022290	`PF13041`	PPR_2	95	111	2.2e-38	130.8
TkA07G022290	`PF29978`	ATP18_TPR	97	137	0.054	14.1
TkA07G022290	`PF13877`	RPAP3_C	109	133	4.9	8.5
TkA07G022290	`PF23276`	TPR_24	115	187	9e-14	52.2
TkA07G022290	`PF17177`	PPR_long	123	215	2.6e-10	40.7
TkA07G022290	`PF20292`	MC7	126	162	0.16	12.8
TkA07G022290	`PF13041`	PPR_2	139	183	2.2e-38	130.8
TkA07G022290	`PF13812`	PPR_3	139	183	6e-26	91.0
TkA07G022290	`PF01535`	PPR	139	165	3.7e-21	74.6
TkA07G022290	`PF12854`	PPR_1	149	159	1.1e-16	61.0
TkA07G022290	`PF29978`	ATP18_TPR	150	180	0.054	14.1
TkA07G022290	`PF12854`	PPR_1	167	184	1.1e-16	61.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L6Y7`	拟南芥	sp\|Q8L6Y7\|PP193_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g38420, mitochondrial	44.800%	Swiss-Prot	中等置信

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