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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G022240
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 6048623-6051607 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2891 bp · TkA07G022240|TK1151|cDNA

CTCCACCTCATCAATGGCGTTTACCCAACGCCCACCCATACCGGGCGGCCTTAAGAATAATAAATACATCAATTCAATAGTACAGTATTAAACTTAATTGGTCTTTTCCTTAGTAACGTGAGGGAGCAAGAAGATCGTCTTTCCTCCTGATACACAACAGTGCTTCTTCCTGATCGAGAAAGCTTCTCCATATCCTTGCTTCTTCAATATCGCAGCTCCTATCTACCAGCTCATCCAAATCCCTTTGGCATACACTGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2127 bp · TkA07G022240|TK1151|CDS

ATGATCCAAAGGCGTTTTCTGTTAATTCACTGCCGAACATACTGCTCAAATGTTGCGATTTCAGAGAATCGTCATATTGCAAGGTATGGCCGCCTTGGCCAAATTGACAACGCTCGCCAAGTATTTGATGGTTTACGGGAAAAGAACATTGTTTCTTGGAACTCCATCGTTGCATGTTATTTCCAAAACAACCAACCTACCGAAGCCCGAAACCTGTTCGAACAAATGCCTGAAAGAAGCACTGTTTCCTGGAATGGTTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

708 aa · TkA07G022240|TK1151|PROTEIN

MIQRRFLLIHCRTYCSNVAISENRHIARYGRLGQIDNARQVFDGLREKNIVSWNSIVACYFQNNQPTEARNLFEQMPERSTVSWNGLISGYVKNRMVKDAREVFDKMPVRNVISWTAMIRGYVEEGLVSEAETLFWKMPVRNVVSWTVMLGGLIQDNQIDKARQLFDTMPLKDVVAWTSMVGGYSQTGRLAEARQLFDEMPEKNVVSWTTMISGYVQHHHVDIARKLFEVMPNKNEVSWTAMLMGYTQSGRMTDAMDLFN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G022240
TK1151 IDTkA07G022240
OH-1004 IDLXL04_026972
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 98.883
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G022240
位置Chr07:6048623-6051607 (+)
描述Similar to PCMP-H69: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g56690, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g56690 Pentatricopeptide重复含蛋白At1g56690，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g09410 含五肽重复的蛋白At1g09410，线粒体。 暂无已核实直接文献
At4g02750 含五肽重复序列的蛋白 At4g02750。 暂无已核实直接文献
At4g16835 含五肽重复的蛋白 At4g16835，线粒体型。 暂无已核实直接文献
At1g20230 含五重复肽的蛋白质 At1g20230。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026972 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010214 seed coat development 生物过程
GO:0048731 system development 生物过程
GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G09410
ath:AT1G56690
ath:AT4G02750
ath:AT4G16835
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.616
排名 1 · TkA07G022240 · TK1151
质体0.219
排名 2 · TkA07G022240 · TK1151
细胞核0.070
排名 3 · TkA07G022240 · TK1151
细胞质0.039
排名 4 · TkA07G022240 · TK1151
过氧化物酶体0.007
排名 5 · TkA07G022240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_226-50 aa
PF01535PPR27-50 aa
PF12854PPR_129-43 aa
PF13428TPR_1429-48 aa
PF07719TPR_229-43 aa
PF13432TPR_1629-75 aa
PF13174TPR_629-48 aa
PF13181TPR_829-42 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G022240PF13041PPR_226505.4e-85280.1
TkA07G022240PF01535PPR27503.6e-101325.3
TkA07G022240PF12854PPR_129431.3e-57191.9
TkA07G022240PF13428TPR_1429489.2e-1039.0
TkA07G022240PF07719TPR_229436.3e-0523.5
TkA07G022240PF13432TPR_1629750.03615.2
TkA07G022240PF13174TPR_629480.05714.8
TkA07G022240PF13181TPR_829420.06414.2
TkA07G022240PF14559TPR_1933793.9e-1350.2
TkA07G022240PF23276TPR_2434752.3e-1144.4
TkA07G022240PF00619CARD37795.2e-0523.9
TkA07G022240PF13424TPR_1237750.04214.8
TkA07G022240PF05871ESCRT-II401490.1313.2
TkA07G022240PF13041PPR_248805.4e-85280.1
TkA07G022240PF13812PPR_348782.6e-1969.8
TkA07G022240PF05843Suf48740.0002420.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FXB9拟南芥sp|Q9FXB9|PPR84_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g56690, mitochondrial60.800%Swiss-Prot中等置信
Q56XI1拟南芥sp|Q56XI1|PPR25_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09410, mitochondrial55.600%Swiss-Prot中等置信
Q9SY02拟南芥sp|Q9SY02|PP301_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g0275050.900%Swiss-Prot中等置信
Q9M4P3拟南芥sp|Q9M4P3|PP316_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g16835, mitochondrial49.400%Swiss-Prot中等置信
Q9LNU6拟南芥sp|Q9LNU6|PPR53_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g2023046.000%Swiss-Prot中等置信

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