TkA07G022210 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G022210

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 6037013-6039824 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1897 bp · TkA07G022210|TK1151|cDNA

TTACGACATGATTGAAGTTATTCGTTACCCATCGAATATGTTATATTGCTAAGCCCAGCCCAGAGGTACCTACACATAGACCCTCGACAACTGGGGCCCAATAAGAAGCCCAAAAAAGATGTTCTTCAACGATTGCGATTTTACGATTACTAGCAGAGGCGGGAGGAGTGACAGATGCTTAGATTGGACGGGAATTAAAACGAAATCGCGAATCAGATTCATGACAAAATCCGAGCAAGCAAAGACACCGAAACACGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1485 bp · TkA07G022210|TK1151|CDS

ATGTTCTTCAACGATTGCGATTTTACGATTACTAGCAGAGGCGGGAGGAGTGACAGATGCTTAGATTGGACGGGAATTAAAACGAAATCGCGAATCAGATTCATGACAAAATCCGAGCAAGCAAAGACACCGAAACACGAAGATGGAGTCGATACGATCAGTAAAATGCCAGATCATGTTCTTTTATCGATTCTCTCACGTCTTCCAGGTACAGAAGAAGTAATCCGAACCAGCATTTTATCAACACGATGGAGGTATAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

494 aa · TkA07G022210|TK1151|PROTEIN

MFFNDCDFTITSRGGRSDRCLDWTGIKTKSRIRFMTKSEQAKTPKHEDGVDTISKMPDHVLLSILSRLPGTEEVIRTSILSTRWRYIWTSVPSIDISCTRKPLYSDLDGFSEFVYWVLLNKPLDLDSFRLFCADYYNMATIRQWIHATVMRKVKLLDLTFCPVDVSEDIQLPHSLVTCDSLEVFKLCVFNSRLCVPNITGFQALRVLHLRGVDLFDDNLVKYFLESSPLLEDLSLINCRAYKLVISSPKLKYLRIDTRVR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G022210`
TK1151 ID	TkA07G022210
OH-1004 ID	LXL04_026970
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.142 / OH-1004 58.385 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G022210

位置 Chr07:6037013-6039824 (+)

描述 Similar to At1g78760: Putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g78760

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g78760`	推测的 F-box/FBD/LRR 重复蛋白 At1g78760。	暂无已核实直接文献
`At1g69630`	F-box/LRR重复蛋白13。	暂无已核实直接文献
`At1g78750`	F-box/FBD/LRR 重复蛋白 At1g78750。	暂无已核实直接文献
`At1g66290`	预测的F-box/FBD/LRR重复蛋白 At1g66290。	暂无已核实直接文献
`At1g66310`	FBD相关的F-box蛋白 At1g66310。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026970 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G66290

ath:AT1G69630

ath:AT1G78750

ath:AT1G78760

ath:AT1G78840

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.845

排名 1 · TkA07G022210 · TK1151

细胞质0.209

排名 2 · TkA07G022210 · TK1151

细胞膜0.040

排名 3 · TkA07G022210 · TK1151

内质网0.035

排名 4 · TkA07G022210 · TK1151

质体0.017

排名 5 · TkA07G022210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box53-92 aa

PF12937F-box-like53-87 aa

PF07723LRR_2123-137 aa

PF24758LRR_At5g56370142-255 aa

PF12799LRR_4168-186 aa

PF12799LRR_4197-211 aa

PF07723LRR_2204-221 aa

PF12799LRR_4212-238 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G022210	`PF00646`	F-box	53	92	8.6e-08	32.5
TkA07G022210	`PF12937`	F-box-like	53	87	0.0011	19.4
TkA07G022210	`PF07723`	LRR_2	123	137	4.7	8.7
TkA07G022210	`PF24758`	LRR_At5g56370	142	255	3.8e-13	50.3
TkA07G022210	`PF12799`	LRR_4	168	186	0.19	12.8
TkA07G022210	`PF12799`	LRR_4	197	211	0.19	12.8
TkA07G022210	`PF07723`	LRR_2	204	221	4.7	8.7
TkA07G022210	`PF12799`	LRR_4	212	238	0.19	12.8
TkA07G022210	`PF08387`	FBD	219	234	0.00057	20.4
TkA07G022210	`PF07723`	LRR_2	249	266	4.7	8.7
TkA07G022210	`PF24758`	LRR_At5g56370	276	313	3.8e-13	50.3
TkA07G022210	`PF12799`	LRR_4	280	293	0.19	12.8
TkA07G022210	`PF08387`	FBD	286	294	0.00057	20.4
TkA07G022210	`PF08387`	FBD	299	311	0.00057	20.4
TkA07G022210	`PF24758`	LRR_At5g56370	331	431	3.8e-13	50.3
TkA07G022210	`PF12799`	LRR_4	346	371	0.19	12.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZV94`	拟南芥	sp\|Q9ZV94\|FDL11_ARATH Putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g78760	27.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FWZ1`	拟南芥	sp\|Q9FWZ1\|FBL13_ARATH F-box/LRR-repeat protein 13	30.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZV93`	拟南芥	sp\|Q9ZV93\|FDL10_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g78750	26.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C8Y8`	拟南芥	sp\|Q9C8Y8\|FDL7_ARATH Putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g66290	26.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C8Y6`	拟南芥	sp\|Q9C8Y6\|FBD5_ARATH FBD-associated F-box protein At1g66310	28.400%	Swiss-Prot	低置信

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