TkA07G020560 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G020560

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 5557746-5560617 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1944 bp · TkA07G020560|TK1151|cDNA

CTACGTGGCACACTTTGCCTCTGCAAACTTTACCTACCATACCGACGAGGCTTATGGAAGCAACGAAGGTCTTCCACCTCTCGAGATCAGTGAATTTTGCTCACAAAATTGAAACACACCAAAAATAACCATTTCCGGATTTCAACTTTCAATCAGTAAAAGGGACATGAAGAAGTCCAAGCAAGTAAATGCATCCGAGCTTGAAGATAGTGTTGATAGGATCAGTAACTTACCCGATCCAATTCTTCACTTGATTCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1377 bp · TkA07G020560|TK1151|CDS

ATGAAGAAGTCCAAGCAAGTAAATGCATCCGAGCTTGAAGATAGTGTTGATAGGATCAGTAACTTACCCGATCCAATTCTTCACTTGATTCTTTCACATCTTCCAACTACAGAAGAAGCAATTCAAACCAGCATTTTGTCAACAAGATGGAGATATCTCTGGACTTCAGTTCACTCTCTACACATAACTGATTACAGATCACGGACTAACCCTCTTATAGAATTCAATAAGAACAAATTCGAAGAGTTTGTATGTCAGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

458 aa · TkA07G020560|TK1151|PROTEIN

MKKSKQVNASELEDSVDRISNLPDPILHLILSHLPTTEEAIQTSILSTRWRYLWTSVHSLHITDYRSRTNPLIEFNKNKFEEFVCQVLEINSIDLDTVSLSFMQLYKMSTVGRWIDAIVSRKVKLLDLHFSVEDDIDDFKLPHCLVTCESLEVLKFSFGGNCLSFPKFTGFSALRVLELEGCKFLNYDLVHNYLKSLTLLEDLSLIGCRTYDFDTFSISCPNLKNLRIDCREWFYNVYELCDRLEISCPKLVFLEIVGFM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G020560`
TK1151 ID	TkA07G020560
OH-1004 ID	LXL04_026949
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 62.568 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G020560

位置 Chr07:5557746-5560617 (+)

描述 Similar to At3g26922: F-box/LRR-repeat protein At3g26922

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g13570`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At1g13570。	暂无已核实直接文献
`At1g78750`	F-box/FBD/LRR 重复蛋白 At1g78750。	暂无已核实直接文献
`At2g04230`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At2g04230。	暂无已核实直接文献
`At5g53635`	推测的FBD相关F-box蛋白At5g53635。	暂无已核实直接文献
`At5g25850`	假定的F-box/FBD/LRR重复蛋白 At5g25850。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026949 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13570

ath:AT2G26860

ath:AT3G26922

ath:AT5G44950

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.774

排名 1 · TkA07G020560 · TK1151

细胞质0.335

排名 2 · TkA07G020560 · TK1151

内质网0.039

排名 3 · TkA07G020560 · TK1151

细胞膜0.032

排名 4 · TkA07G020560 · TK1151

质体0.017

排名 5 · TkA07G020560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF114-53 aa

PF00646F-box19-59 aa

PF12937F-box-like19-53 aa

PF25019LRR_R13L1-DRL2156-81 aa

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF193-420 aa

PF23598LRR_14103-127 aa

PF24758LRR_At5g56370112-228 aa

PF25019LRR_R13L1-DRL21141-182 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G020560	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	14	53	1.7e-08	35.0
TkA07G020560	`PF00646`	F-box	19	59	2.9e-08	34.0
TkA07G020560	`PF12937`	F-box-like	19	53	0.00078	19.9
TkA07G020560	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	56	81	0.08	13.6
TkA07G020560	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	93	420	1.7e-08	35.0
TkA07G020560	`PF23598`	LRR_14	103	127	1.4e-06	28.1
TkA07G020560	`PF24758`	LRR_At5g56370	112	228	8.1e-17	62.3
TkA07G020560	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	141	182	0.08	13.6
TkA07G020560	`PF12799`	LRR_4	150	183	0.00058	20.7
TkA07G020560	`PF23598`	LRR_14	158	369	1.4e-06	28.1
TkA07G020560	`PF24758`	LRR_At5g56370	170	281	8.1e-17	62.3
TkA07G020560	`PF23247`	LRR_RPS2	170	210	0.068	13.9
TkA07G020560	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	195	228	0.08	13.6
TkA07G020560	`PF12799`	LRR_4	200	229	0.00058	20.7
TkA07G020560	`PF00646`	F-box	217	226	2.9e-08	34.0
TkA07G020560	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	221	277	0.08	13.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FZ70`	拟南芥	sp\|Q9FZ70\|FDL1_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g13570	26.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q9ZV93`	拟南芥	sp\|Q9ZV93\|FDL10_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g78750	25.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q6NKX3`	拟南芥	sp\|Q6NKX3\|FDL14_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At2g04230	32.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FJC1`	拟南芥	sp\|Q9FJC1\|FBD31_ARATH Putative FBD-associated F-box protein At5g53635	25.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q3E944`	拟南芥	sp\|Q3E944\|FDL33_ARATH Putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g25850	24.900%	Swiss-Prot	低置信

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