TkA07G020510 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G020510

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 5539790-5542743 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1380 bp · TkA07G020510|TK1151|cDNA

ATGGAGAACTCCAAGCGAGCGAACACATCTGACCATGAAGACGCTGTTGATATGATCAGTAACTTACCAGATCCCATTCTTCACTTGATTCTTTCACGTCTTCCAACTACAGAAGAACTAATTCGAACCAGCATTTTGTCTTCTCGATGGAGGTATTTGTGGACTTCAATTCCCTCCATTGACATAGACTATTCTAGAGGATTGAAATTCGAATGGAACAAATTCAAAACGTTTGTGGATCATGTTTTATCAAACAATCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1380 bp · TkA07G020510|TK1151|CDS

ATGGAGAACTCCAAGCGAGCGAACACATCTGACCATGAAGACGCTGTTGATATGATCAGTAACTTACCAGATCCCATTCTTCACTTGATTCTTTCACGTCTTCCAACTACAGAAGAACTAATTCGAACCAGCATTTTGTCTTCTCGATGGAGGTATTTGTGGACTTCAATTCCCTCCATTGACATAGACTATTCTAGAGGATTGAAATTCGAATGGAACAAATTCAAAACGTTTGTGGATCATGTTTTATCAAACAATCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

459 aa · TkA07G020510|TK1151|PROTEIN

MENSKRANTSDHEDAVDMISNLPDPILHLILSRLPTTEELIRTSILSSRWRYLWTSIPSIDIDYSRGLKFEWNKFKTFVDHVLSNNPLDLDSFRLSCSSYYSRATVSQWIEAAVDRNIKQLHLSFSSDDWYKSIKLPPCLETCDSLEVLRLFLNERYLILPKFTGFPGLKVLELNNVDLSHKQCLVKSFLQSCPLLEDLSLIDCVINRRKLYYEDTLCGCIKIDCPKLVFFELGAFVALMYKFKSFGSLKTAVIHPEEYP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G020510`
TK1151 ID	TkA07G020510
OH-1004 ID	LXL04_026956
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	47.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.682 / OH-1004 94.340 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G020510

位置 Chr07:5539790-5542743 (+)

描述 Similar to At1g78760: Putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g78760

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g78750`	F-box/FBD/LRR 重复蛋白 At1g78750。	暂无已核实直接文献
`At1g78760`	推测的 F-box/FBD/LRR 重复蛋白 At1g78760。	暂无已核实直接文献
`At5g25850`	假定的F-box/FBD/LRR重复蛋白 At5g25850。	暂无已核实直接文献
`At2g05300`	推测的 F-box/FBD/LRR 重复蛋白 At2g05300。	暂无已核实直接文献
`At5g02920`	F-box/LRR重复蛋白 25。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026956 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G66290

ath:AT1G66310

ath:AT1G69630

ath:AT1G78750

ath:AT1G78760

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.689

排名 1 · TkA07G020510 · TK1151

细胞质0.336

排名 2 · TkA07G020510 · TK1151

细胞膜0.064

排名 3 · TkA07G020510 · TK1151

内质网0.062

排名 4 · TkA07G020510 · TK1151

质体0.022

排名 5 · TkA07G020510 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF115-53 aa

PF00646F-box19-58 aa

PF12937F-box-like19-53 aa

PF00646F-box82-102 aa

PF12937F-box-like82-104 aa

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF192-408 aa

PF25019LRR_R13L1-DRL21101-150 aa

PF24758LRR_At5g56370107-209 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G020510	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	15	53	9.8e-10	39.1
TkA07G020510	`PF00646`	F-box	19	58	3e-08	33.9
TkA07G020510	`PF12937`	F-box-like	19	53	8.1e-05	23.0
TkA07G020510	`PF00646`	F-box	82	102	3e-08	33.9
TkA07G020510	`PF12937`	F-box-like	82	104	8.1e-05	23.0
TkA07G020510	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	92	408	9.8e-10	39.1
TkA07G020510	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	101	150	0.0095	16.6
TkA07G020510	`PF24758`	LRR_At5g56370	107	209	2.6e-14	54.2
TkA07G020510	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	117	176	0.0095	16.6
TkA07G020510	`PF00646`	F-box	121	139	3e-08	33.9
TkA07G020510	`PF08387`	FBD	185	200	9.6e-05	22.9
TkA07G020510	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	257	304	0.0095	16.6
TkA07G020510	`PF24758`	LRR_At5g56370	295	331	2.6e-14	54.2
TkA07G020510	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	317	332	0.0095	16.6
TkA07G020510	`PF08387`	FBD	362	399	9.6e-05	22.9
TkA07G020510	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	381	419	0.0095	16.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZV93`	拟南芥	sp\|Q9ZV93\|FDL10_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g78750	36.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q9ZV94`	拟南芥	sp\|Q9ZV94\|FDL11_ARATH Putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g78760	30.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q3E944`	拟南芥	sp\|Q3E944\|FDL33_ARATH Putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g25850	33.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SJ32`	拟南芥	sp\|Q9SJ32\|FDL15_ARATH Putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At2g05300	35.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q1PE04`	拟南芥	sp\|Q1PE04\|FBL25_ARATH F-box/LRR-repeat protein 25	36.400%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情