TkA07G013860 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G013860

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 3778747-3779334 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

588 bp · TkA07G013860|TK1151|cDNA

ATGTTTGATCATGCCTCCAAGGTGTTCGACGAAATGCCCGAGAGAAATTGCCCGCAGACTATCAAGTCGTTCAATGCACTTCTCGGGGCGTGTGTTAACGCAAAGAAGTTCGATAAGCTTGAAGGGTTTTTCCGGGAGTTGCCTGAGAAGCTATCATTGAAACCTGATATCGTCTCGTATAACACCGCGATCAAAGCTTTCTGCGATATGGGTTCGTTTGATTCAGCTGCGACTCTATTTGATGAAATCGAAAAGAACGG...

CDS

下载 CDS FASTA

588 bp · TkA07G013860|TK1151|CDS

ATGTTTGATCATGCCTCCAAGGTGTTCGACGAAATGCCCGAGAGAAATTGCCCGCAGACTATCAAGTCGTTCAATGCACTTCTCGGGGCGTGTGTTAACGCAAAGAAGTTCGATAAGCTTGAAGGGTTTTTCCGGGAGTTGCCTGAGAAGCTATCATTGAAACCTGATATCGTCTCGTATAACACCGCGATCAAAGCTTTCTGCGATATGGGTTCGTTTGATTCAGCTGCGACTCTATTTGATGAAATCGAAAAGAACGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

195 aa · TkA07G013860|TK1151|PROTEIN

MFDHASKVFDEMPERNCPQTIKSFNALLGACVNAKKFDKLEGFFRELPEKLSLKPDIVSYNTAIKAFCDMGSFDSAATLFDEIEKNGMEPDLITFNTLLIGCYGNGRFLDGEKFWAKMMNTNLSPDIRTYNAKLVGLVSEKKLDEAIDIFNKLASKNLKPDEFSYNAIITGFCNNGDLTEAKNWYAKTRAKRFHY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G013860`
TK1151 ID	TkA07G013860
OH-1004 ID	LXL04_027158
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 44.615 / OH-1004 23.138 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G013860

位置 Chr07:3778747-3779334 (+)

描述 Similar to At1g55890: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g55890, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g13160`	小核糖体亚基蛋白 mS79 (rPPR3b)。	暂无已核实直接文献
`At3g13150`	含五肽重复序列的蛋白 At3g13150。	暂无已核实直接文献
`At1g55890`	小核糖体亚单位蛋白 mS78 (rPPR3a)。	暂无已核实直接文献
`At1g80150`	含五重复肽基序蛋白 At1g80150，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027158 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55890

ath:AT2G18520

ath:AT3G13150

ath:AT3G13160

ath:AT4G36680

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.831

排名 1 · TkA07G013860 · TK1151

质体0.092

排名 2 · TkA07G013860 · TK1151

细胞核0.042

排名 3 · TkA07G013860 · TK1151

细胞质0.030

排名 4 · TkA07G013860 · TK1151

细胞膜0.010

排名 5 · TkA07G013860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01535PPR1-17 aa

PF13041PPR_22-33 aa

PF29070MSC6_N2-81 aa

PF29978ATP18_TPR2-34 aa

PF12854PPR_13-12 aa

PF23276TPR_243-45 aa

PF13812PPR_34-33 aa

PF17177PPR_long4-104 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G013860	`PF01535`	PPR	1	17	5.5e-28	95.9
TkA07G013860	`PF13041`	PPR_2	2	33	1.5e-45	153.8
TkA07G013860	`PF29070`	MSC6_N	2	81	4.5e-12	46.5
TkA07G013860	`PF29978`	ATP18_TPR	2	34	6.7e-07	30.0
TkA07G013860	`PF12854`	PPR_1	3	12	1.2e-28	99.3
TkA07G013860	`PF23276`	TPR_24	3	45	4.5e-07	30.5
TkA07G013860	`PF13812`	PPR_3	4	33	1.7e-25	89.6
TkA07G013860	`PF17177`	PPR_long	4	104	9.8e-12	45.4
TkA07G013860	`PF25100`	DUF7809	10	64	0.0024	18.9
TkA07G013860	`PF13041`	PPR_2	21	49	1.5e-45	153.8
TkA07G013860	`PF01535`	PPR	23	49	5.5e-28	95.9
TkA07G013860	`PF28722`	WHD_Sfc3_5th	50	87	0.14	13.1
TkA07G013860	`PF13812`	PPR_3	51	105	1.7e-25	89.6
TkA07G013860	`PF12854`	PPR_1	53	83	1.2e-28	99.3
TkA07G013860	`PF29978`	ATP18_TPR	54	73	6.7e-07	30.0
TkA07G013860	`PF13041`	PPR_2	55	102	1.5e-45	153.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LK57`	拟南芥	sp\|Q9LK57\|PP226_ARATH Small ribosomal subunit protein mS79 (rPPR3b)	65.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LK58`	拟南芥	sp\|Q9LK58\|PP225_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13150	58.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LG23`	拟南芥	sp\|Q9LG23\|PPR82_ARATH Small ribosomal subunit protein mS78 (rPPR3a)	58.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q8GW57`	拟南芥	sp\|Q8GW57\|PP134_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80150, mitochondrial	34.500%	Swiss-Prot	低置信

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