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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G009740
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 2639440-2647380 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2954 bp · TkA07G009740|TK1151|cDNA

TATAGAAACAGAAGTACAAGGGTTAAATGCGCATAGCTTAATAGTTTAGGGCAAATTTTTGAAACTTAACCAAGCACCGTCATTATAGGATTCTTGACTTAAGTGAACGGATGCAAGAAATAGTCAAAATCCTCTAAAAACTCCCCAACTTAACGATCACCGTTACCGGCCACCGGACGTCACCGTATTCCGCCGTCATCCTACAGTCATCATCGTCATTCACCGGAGATCAGAATATTTCGAGTGATTAGTTATAGATA...

CDS

下载 CDS FASTA

1416 bp · TkA07G009740|TK1151|CDS

ATGGCATTGCAACGTACAATAGAATTTGAGGAAGAATTGGCAGAGAAGTTTGGTGGTAGTGGTAGTGGTAGTAGCAGAAATGTGACAAATGATTTTGAGGAAACAAATAAATCAGAAAGTAATAATAATAATCAAATTGTACAAGACATTCGTAAGAAATATGAGAAAAAACTTGCTGCACATCAGGATGATGATAAAGATTTAGCTGTGCCTGGAGCAGGGTTCAATTTTCGTGGAATCATATCATCTTGCTTTGAACC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

471 aa · TkA07G009740|TK1151|PROTEIN

MALQRTIEFEEELAEKFGGSGSGSSRNVTNDFEETNKSESNNNNQIVQDIRKKYEKKLAAHQDDDKDLAVPGAGFNFRGIISSCFEPHLMVYVDFEEKTLMDNLEKLVQEETWDMDDGQTNILSSSMQVFLIIRRSLKRCSALTKNQTLLNLFKVFKRVLKAYATKLFMKLPKGGTGIVAAATGMDGQIKTSDKDERMICYIVNTAEYCHKTAGELAENVSKIIDTQLADAVDMSEVEDEFSAVITKALVTLVNGLETKF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G009740
TK1151 IDTkA07G009740
OH-1004 IDLXL04_026818
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)96.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 95.117 / OH-1004 54.324
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G009740
位置Chr07:2639440-2647380 (+)
描述Similar to VPS53: Vacuolar protein sorting-associated protein 53 A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g50500 作为GARP复合体的一个组成部分，参与从早期和晚期内体到反式高尔基体网络（TGN）的逆行转运。
Mutation in a homolog of yeast Vps53p accounts for the heat and osmotic hypersensitive phenotypes in Arabidopsis hit1-1 mutant.2006 · DOI: 10.1007/s00425-005-0216-6
The POK/AtVPS52 protein localizes to several distinct post-Golgi compartments in sporophytic and gametophytic cells.2008 · DOI: 10.1093/jxb/ern162
Involvement of the Arabidopsis HIT1/AtVPS53 tethering protein homologue in the acclimation of the plasma membrane to heat stress.2011 · DOI: 10.1093/jxb/err060
The Arabidopsis hit1-1 mutant has a plasma membrane profile distinct from that of wild-type plants at optimal growing temperature.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.8.15842

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026818 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006622 protein targeting to lysosome 生物过程
GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0007009 plasma membrane organization 生物过程
GO:0007041 lysosomal transport 生物过程
GO:0009408 response to heat 生物过程
GO:0010286 heat acclimation 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0032456 endocytic recycling 生物过程
GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程
GO:0090119 vesicle-mediated cholesterol transport 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G50500
ath:AT1G50970
mmu:68299
pon:100173757
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.540
排名 1 · TkA07G009740 · TK1151
高尔基体0.466
排名 2 · TkA07G009740 · TK1151
细胞膜0.145
排名 3 · TkA07G009740 · TK1151
溶酶体／液泡0.126
排名 4 · TkA07G009740 · TK1151
内质网0.118
排名 5 · TkA07G009740 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04100Vps53_N1-111 aa
PF29355IOC2_N7-59 aa
PF12081GldM_1st28-60 aa
PF16854VPS53_C34-55 aa
PF17027Bromo_TP_like40-160 aa
PF17944Arg_decarbox_C48-60 aa
PF04437RINT1_TIP179-357 aa
PF06292MUN82-269 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G009740PF04100Vps53_N11112.9e-1453.6
TkA07G009740PF29355IOC2_N7590.8810.6
TkA07G009740PF12081GldM_1st28600.8610.2
TkA07G009740PF16854VPS53_C34553.2e-1557.2
TkA07G009740PF17027Bromo_TP_like401600.1412.9
TkA07G009740PF17944Arg_decarbox_C48600.1313.5
TkA07G009740PF04437RINT1_TIP1793572e-0524.4
TkA07G009740PF06292MUN822690.01415.1
TkA07G009740PF10191COG7831663.1e-0523.2
TkA07G009740PF17944Arg_decarbox_C901170.1313.5
TkA07G009740PF29355IOC2_N921620.8810.6
TkA07G009740PF12081GldM_1st1602340.8610.2
TkA07G009740PF17944Arg_decarbox_C2082270.1313.5
TkA07G009740PF16320Ribosomal_L12_N2502671.49.4
TkA07G009740PF16854VPS53_C3404183.2e-1557.2
TkA07G009740PF17944Arg_decarbox_C4094310.1313.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q0WQF4拟南芥sp|Q0WQF4|VP53A_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 53 A72.100%Swiss-Prot高置信

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