LXL04_026818 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026818

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 3382033-3389962 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2466 bp · LXL04_026818|LXL04_026818|OH1004|cDNA

ATGGAGAAGTCGAGTACTTTGGACTACATCAACCAGATGTTCCCTACAGAAGCATCTTTATCTGGTGTCGAGCCACTGATGCAAAAAGTACACAGTGAGATACGCGTTGTGGATACTGAAATTCTAGCTGCTGTTCGTCAACAGAGTAATTCGGGTACAAAAGCAAAGGAGGATCTGGCTGCAGCTACACGTGCTGTGGAGGAACTCATGTATAAAGTCAGGGAAATTAAAACCAAAGCAGAACAAAGTGAAACAATGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2466 bp · LXL04_026818|LXL04_026818|OH1004|CDS

ATGGAGAAGTCGAGTACTTTGGACTACATCAACCAGATGTTCCCTACAGAAGCATCTTTATCTGGTGTCGAGCCACTGATGCAAAAAGTACACAGTGAGATACGCGTTGTGGATACTGAAATTCTAGCTGCTGTTCGTCAACAGAGTAATTCGGGTACAAAAGCAAAGGAGGATCTGGCTGCAGCTACACGTGCTGTGGAGGAACTCATGTATAAAGTCAGGGAAATTAAAACCAAAGCAGAACAAAGTGAAACAATGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

821 aa · LXL04_026818|LXL04_026818|OH1004|PROTEIN

MEKSSTLDYINQMFPTEASLSGVEPLMQKVHSEIRVVDTEILAAVRQQSNSGTKAKEDLAAATRAVEELMYKVREIKTKAEQSETMVQEICRDIKKLDFAKKHITTTITALHRLTMLVSAIEQLQVMASKRQYKEASAQLEAVSQLCSHFDGYRDNPKITELRDKFKNIKQILKSHVYSDFSSLGTGKETEDSSLLQHLTDACLVVDALEPSVREELVKNFCDRELISYQQIFEGAELAKLDKTERRYAWVKRRLRTNEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026818`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026818

位置 Chr06:3382033-3389962 (+)

描述 Similar to VPS53: Vacuolar protein sorting-associated protein 53 A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g50500`	作为GARP复合体的一个组成部分，参与从早期和晚期内体到反式高尔基体网络（TGN）的逆行转运。	Mutation in a homolog of yeast Vps53p accounts for the heat and osmotic hypersensitive phenotypes in Arabidopsis hit1-1 mutant.2006 · DOI: 10.1007/s00425-005-0216-6 The POK/AtVPS52 protein localizes to several distinct post-Golgi compartments in sporophytic and gametophytic cells.2008 · DOI: 10.1093/jxb/ern162 Involvement of the Arabidopsis HIT1/AtVPS53 tethering protein homologue in the acclimation of the plasma membrane to heat stress.2011 · DOI: 10.1093/jxb/err060 The Arabidopsis hit1-1 mutant has a plasma membrane profile distinct from that of wild-type plants at optimal growing temperature.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.8.15842
`At1g50970`	参与从早期和晚期内体到晚高尔基体的逆行运输，导致晚高尔基体与内体囊泡之间的膜融合。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026818 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006622 protein targeting to lysosome 生物过程

GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0007009 plasma membrane organization 生物过程

GO:0007041 lysosomal transport 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0032456 endocytic recycling 生物过程

GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程

GO:0090119 vesicle-mediated cholesterol transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G50500

ath:AT1G50970

mmu:68299

pon:100173757

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.563

排名 1 · LXL04_026818 · OH-1004

细胞质0.513

排名 2 · LXL04_026818 · OH-1004

细胞膜0.126

排名 3 · LXL04_026818 · OH-1004

内质网0.125

排名 4 · LXL04_026818 · OH-1004

溶酶体／液泡0.104

排名 5 · LXL04_026818 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04100.19Vps53_N3-413 aa

PF16854.12VPS53_C642-720 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026818	`PF04100.19`	Vps53_N	3	413	1.2e-134	449.8
LXL04_026818	`PF16854.12`	VPS53_C	642	720	1.9e-14	54.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WQF4`	拟南芥	Vacuolar protein sorting-associated protein 53 A	74.790%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4I7Y2`	拟南芥	Vacuolar protein sorting-associated protein 53 B	59.189%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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