TkA07G006560 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G006560

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 1817557-1822939 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1291 bp · TkA07G006560|TK1151|cDNA

AATTAACAGTTAACACTTGGTTGGAAGTTGGGACGGGTTGATAACTGTTCTTATTTCTCACACTTTCCTTCAATCCGACCAAGTTTCCAGCCGAACACGATGACTCTTCTGCTACAAAATCTCCCGCCGGTACCTTCATCGACTCCTCCCCTTCACTACACAAGATCCCACTCACTTGTGTGTGGTGTATCAAGTAGTAACACCGATAAACCTAGAATCAAACCCAAAATAACCAGAATCAAAATTAAAGAACCCGACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1020 bp · TkA07G006560|TK1151|CDS

ATGACTCTTCTGCTACAAAATCTCCCGCCGGTACCTTCATCGACTCCTCCCCTTCACTACACAAGATCCCACTCACTTGTGTGTGGTGTATCAAGTAGTAACACCGATAAACCTAGAATCAAACCCAAAATAACCAGAATCAAAATTAAAGAACCCGACGACTACCACGCAACTCTCAAAGCTCTCAATTCCAAAGGCCGCTTGCCTCGGAAAGCCCTTGGCCAGCATTACATGGTAAACAATGAAGTAAATGAACAGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

339 aa · TkA07G006560|TK1151|PROTEIN

MTLLLQNLPPVPSSTPPLHYTRSHSLVCGVSSSNTDKPRIKPKITRIKIKEPDDYHATLKALNSKGRLPRKALGQHYMVNNEVNEQLVNAANVGDGDMVLEIGPGTGSLTNVLVESGATILAIEKDPYMAALVRDRFASTHRVKVIPEDFTRCHLRSHLSSFMETDSSNSNSYAKVVANIPFNISSDVVKQLLPMGDIFSEVVLLLQEEAALRMVDASLRTSEYRPINIFINFYSDPEYKFKVPRENFFPQPKVDAAVVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G006560`
TK1151 ID	TkA07G006560
OH-1004 ID	LXL04_026767
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G006560

位置 Chr07:1817557-1822939 (-)

描述 Similar to PFC1: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g01860`	质体 rRNA 小亚基中 3' 腺苷甲基化所需的。	Chloroplast development at low temperatures requires a homolog of DIM1, a yeast gene encoding the 18S rRNA dimethylase.1998 · DOI: 10.1105/tpc.10.5.699

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026767 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0031167 rRNA methylation 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0000179 rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0016422 mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase activity 分子功能

GO:0052908 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ana:alr3229

ath:AT1G01860

cmu:TC_0633

mta:Moth_0052

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.664

排名 1 · TkA07G006560 · TK1151

线粒体0.346

排名 2 · TkA07G006560 · TK1151

细胞核0.038

排名 3 · TkA07G006560 · TK1151

细胞质0.027

排名 4 · TkA07G006560 · TK1151

细胞膜0.007

排名 5 · TkA07G006560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00398RrnaAD70-335 aa

PF01728FtsJ91-186 aa

PF01135PCMT93-141 aa

PF13489Methyltransf_2395-141 aa

PF13649Methyltransf_2599-155 aa

PF08241Methyltransf_11100-156 aa

PF08242Methyltransf_12100-155 aa

PF01135PCMT243-255 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G006560	`PF00398`	RrnaAD	70	335	5.5e-44	151.0
TkA07G006560	`PF01728`	FtsJ	91	186	0.21	12.2
TkA07G006560	`PF01135`	PCMT	93	141	0.25	11.8
TkA07G006560	`PF13489`	Methyltransf_23	95	141	0.0077	16.7
TkA07G006560	`PF13649`	Methyltransf_25	99	155	7e-05	24.2
TkA07G006560	`PF08241`	Methyltransf_11	100	156	0.00028	22.2
TkA07G006560	`PF08242`	Methyltransf_12	100	155	0.0017	19.8
TkA07G006560	`PF01135`	PCMT	243	255	0.25	11.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O65090`	拟南芥	sp\|O65090\|DIM1C_ARATH Ribosomal RNA small subunit methyltransferase, chloroplastic	71.100%	Swiss-Prot	高置信

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