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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G462920
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 114578755-114579255 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

501 bp · TkA06G462920|TK1151|cDNA

ATGGGTATGTATATGGGTTTCAAAGACACGGGCATTTCCAAGTATATGCTCTACGTTTGTTTTGTTCTATGTTCCGTTCAGAACATCGTTCTATTTATTTTTCGACTCCTTCGCTTCTTTAATCCGATTCAATCCCACCACAATCACGATCATAAAAAACAACATGAAAACAGTCCTCCGATTTCAGCTGTGTTGACTCGTGAATTCCTCGTAGTAAAAAACTTCAAGGACGTTCATAAGAGGAAAGATTTGTTGCAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

501 bp · TkA06G462920|TK1151|CDS

ATGGGTATGTATATGGGTTTCAAAGACACGGGCATTTCCAAGTATATGCTCTACGTTTGTTTTGTTCTATGTTCCGTTCAGAACATCGTTCTATTTATTTTTCGACTCCTTCGCTTCTTTAATCCGATTCAATCCCACCACAATCACGATCATAAAAAACAACATGAAAACAGTCCTCCGATTTCAGCTGTGTTGACTCGTGAATTCCTCGTAGTAAAAAACTTCAAGGACGTTCATAAGAGGAAAGATTTGTTGCAAAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

166 aa · TkA06G462920|TK1151|PROTEIN

MGMYMGFKDTGISKYMLYVCFVLCSVQNIVLFIFRLLRFFNPIQSHHNHDHKKQHENSPPISAVLTREFLVVKNFKDVHKRKDLLQSCAVCLNKFSGDDKIRCLENCNHIFHLDCLDRWMDHDQDTCPICRTPVLPYACKDEYNKRLKVANSLHASCGEDLPIRCL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G462920
TK1151 IDTkA06G462920
OH-1004 IDLXL04_017302
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)63.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 92.771 / OH-1004 75.879
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G462920
位置Chr06:114578755-114579255 (+)
描述Similar to BRH1: Brassinosteroid-responsive RING protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g61460 可能参与油菜素甾醇信号通路并调节莲座叶的生长发育。
Characterisation of BRH1, a brassinosteroid-responsive RING-H2 gene from Arabidopsis thaliana.2002 · DOI: 10.1007/s00425-001-0723-z
Overexpressed BRH1, a RING finger gene, alters rosette leaf shape in Arabidopsis thaliana.2018 · DOI: 10.1007/s11427-017-9133-8
At1g04360 RING-H2 指蛋白 ATL1。 暂无已核实直接文献
At5g43420 RING-H2 指蛋白 ATL16。 暂无已核实直接文献
At2g35910 RING-H2 锌指蛋白 ATL70。 暂无已核实直接文献
At3g16720 可能参与植物防御信号通路的早期阶段。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017302 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010200 response to chitin 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031669 cellular response to nutrient levels 生物过程
GO:0032418 lysosome localization 生物过程
GO:0034198 cellular response to amino acid starvation 生物过程
GO:0035519 protein K29-linked ubiquitination 生物过程
GO:0045786 negative regulation of cell cycle 生物过程
GO:0051640 organelle localization 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G61460
ath:AT4G11360
ath:AT4G11370
hsa:26001
mmu:70510
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.278
排名 1 · TkA06G462920 · TK1151
内质网0.268
排名 2 · TkA06G462920 · TK1151
溶酶体／液泡0.260
排名 3 · TkA06G462920 · TK1151
细胞质0.216
排名 4 · TkA06G462920 · TK1151
细胞核0.157
排名 5 · TkA06G462920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26452DUF813121-53 aa
PF17673DUF553248-93 aa
PF13771zf-HC5HC2H73-116 aa
PF17120zf-RING_1685-128 aa
PF13920zf-C3HC4_386-134 aa
PF22908PHD_NSD86-128 aa
PF27108PHD_Pygo86-116 aa
PF13639zf-RING_287-131 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G462920PF26452DUF813121530.04314.3
TkA06G462920PF17673DUF553248930.02415.4
TkA06G462920PF13771zf-HC5HC2H731160.04514.7
TkA06G462920PF17120zf-RING_16851280.0001422.1
TkA06G462920PF13920zf-C3HC4_3861340.0001522.2
TkA06G462920PF22908PHD_NSD861280.0514.6
TkA06G462920PF27108PHD_Pygo861160.1113.4
TkA06G462920PF13639zf-RING_2871312.2e-1247.8
TkA06G462920PF14446Prok-RING_1871180.02515.5
TkA06G462920PF21202SLX1_C871310.0514.6
TkA06G462920PF23555zf-RING_Vps41871300.07313.4
TkA06G462920PF17123zf-RING_11881168.7e-0832.4
TkA06G462920PF12678zf-rbx1881311.4e-0732.3
TkA06G462920PF12861zf-ANAPC11881328.6e-0729.6
TkA06G462920PF14634zf-RING_5881321.2e-0629.1
TkA06G462920PF13923zf-C3HC4_2881302.2e-0628.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9XF92拟南芥sp|Q9XF92|BRH1_ARATH Brassinosteroid-responsive RING protein 139.400%Swiss-Prot中等置信
P93823拟南芥sp|P93823|ATL1_ARATH RING-H2 finger protein ATL137.100%Swiss-Prot中等置信
Q9LSW9拟南芥sp|Q9LSW9|ATL16_ARATH RING-H2 finger protein ATL1646.900%Swiss-Prot低置信
Q8RX29拟南芥sp|Q8RX29|ATL70_ARATH RING-H2 finger protein ATL7039.100%Swiss-Prot低置信
Q8L9T5拟南芥sp|Q8L9T5|ATL2_ARATH RING-H2 finger protein ATL246.200%Swiss-Prot低置信

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