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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G457870
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 113235141-113249513 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2904 bp · TkA06G457870|TK1151|cDNA

AAAACTCACACTTCCACTTTCTTAACCATCAACGGCCACGGGATTCCACCGTTCTCCTCCTCAATTGCAGTACATTTCGCGATGTGTTTAGATATAATTTAGTGATTTCATCCCTGCAAATCAAAGACTGAAGACACCTCTTGTTGGCGAATTAGAATTTTGGAAACAGATAGCCTGCGAAATGGAGAAGGCTGGTACTATGGAGTACATCAACAAGATGTTTCCTACGGAAGCATCTTTATCTGGTGTCGAGCCACTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1308 bp · TkA06G457870|TK1151|CDS

ATGGAGAAGGCTGGTACTATGGAGTACATCAACAAGATGTTTCCTACGGAAGCATCTTTATCTGGTGTCGAGCCACTGATGAAGAAAATACACAGTGAAATCCGTGTTGTGGATGCTGAAATTCTAGCAGCTGTCCGTCAACAGAGTACATCAGGAACCAAAGCAAAGGAGGATCTTGCTGCAGCTACAAGTGCTGTGAATGAACTCATGTATAAAGTCAGAGAAATTAAAACAAAAGCCGAACAAAGTGAAACAATGGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

435 aa · TkA06G457870|TK1151|PROTEIN

MEKAGTMEYINKMFPTEASLSGVEPLMKKIHSEIRVVDAEILAAVRQQSTSGTKAKEDLAAATSAVNELMYKVREIKTKAEQSETMVQEICRDIKKLDFAKKHITTTITALHRLTMLVSAIEQLQVMASKRQYKEAAAQVEAVNQLCSHFHAYRDIPKITELRDKFKNIKQILKSHVFSDFSSLGTGKEAEESNLLQQLSNACLVVDALEPSVREELVKNFCNRELISYKQIFEGAELAKLDKTERRYAWIKRRLRTNEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G457870
TK1151 IDTkA06G457870
OH-1004 IDLXL04_026818
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)83.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 52.619
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G457870
位置Chr06:113235141-113249513 (-)
描述Similar to VPS53: Vacuolar protein sorting-associated protein 53 A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g50500 作为GARP复合体的一个组成部分，参与从早期和晚期内体到反式高尔基体网络（TGN）的逆行转运。
Mutation in a homolog of yeast Vps53p accounts for the heat and osmotic hypersensitive phenotypes in Arabidopsis hit1-1 mutant.2006 · DOI: 10.1007/s00425-005-0216-6
The POK/AtVPS52 protein localizes to several distinct post-Golgi compartments in sporophytic and gametophytic cells.2008 · DOI: 10.1093/jxb/ern162
Involvement of the Arabidopsis HIT1/AtVPS53 tethering protein homologue in the acclimation of the plasma membrane to heat stress.2011 · DOI: 10.1093/jxb/err060
The Arabidopsis hit1-1 mutant has a plasma membrane profile distinct from that of wild-type plants at optimal growing temperature.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.8.15842
At1g50970 参与从早期和晚期内体到晚高尔基体的逆行运输，导致晚高尔基体与内体囊泡之间的膜融合。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026818 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006622 protein targeting to lysosome 生物过程
GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0007009 plasma membrane organization 生物过程
GO:0007041 lysosomal transport 生物过程
GO:0009408 response to heat 生物过程
GO:0010286 heat acclimation 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0032456 endocytic recycling 生物过程
GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程
GO:0090119 vesicle-mediated cholesterol transport 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G50500
ath:AT1G50970
mmu:68299
pon:100173757
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.539
排名 1 · TkA06G457870 · TK1151
高尔基体0.466
排名 2 · TkA06G457870 · TK1151
溶酶体／液泡0.134
排名 3 · TkA06G457870 · TK1151
细胞核0.130
排名 4 · TkA06G457870 · TK1151
细胞膜0.118
排名 5 · TkA06G457870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04100Vps53_N5-414 aa
PF28544Helical_needle5-118 aa
PF10475Vps54_N6-174 aa
PF23338PTHB1_hp7-88 aa
PF29562DUF85678-125 aa
PF20663COG4_N19-41 aa
PF23888DUF724019-78 aa
PF10392COG5_N27-124 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G457870PF04100Vps53_N54148.7e-135450.2
TkA06G457870PF28544Helical_needle51180.005317.3
TkA06G457870PF10475Vps54_N61740.0001721.8
TkA06G457870PF23338PTHB1_hp7880.06414.4
TkA06G457870PF29562DUF856781250.7810.3
TkA06G457870PF20663COG4_N19410.0001422.6
TkA06G457870PF23888DUF724019780.6411.1
TkA06G457870PF10392COG5_N271240.02915.3
TkA06G457870PF16830NBD94271050.4911.6
TkA06G457870PF03564DUF175927910.5311.0
TkA06G457870PF20733LRIM1_dimer461152.18.9
TkA06G457870PF10779XhlA561090.0005920.7
TkA06G457870PF29599Rv0250c561070.1213.1
TkA06G457870PF00435Spectrin561323.19.0
TkA06G457870PF20663COG4_N601460.0001422.6
TkA06G457870PF00435Spectrin721743.19.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q0WQF4拟南芥sp|Q0WQF4|VP53A_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 53 A73.500%Swiss-Prot高置信
F4I7Y2拟南芥sp|F4I7Y2|VP53B_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 53 B54.600%Swiss-Prot高置信

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