TkA06G415980 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G415980

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 102948144-102962509 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3775 bp · TkA06G415980|TK1151|cDNA

ATAGTAAGTCGAAACCCAAGTCCCAAATAAGTATGTGCCCTCGTCTATGCTAAAAATGAAAACCCTCTTCCACACCCCCTGAGTCCTGAACCCTCGCATCACCTGAAAAACCAACGCTCTTCGAAGATTAATTCTCAATTCCGTGCTTAACAGATTCATCATCTCTAGTATGAGTTAATCAATCAACAAAATTTGGTTGAATTGAACCAATAATATGGTTTCGAAGCAATCTGGCAAGGAAAATGAGGATGCTGGTGCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

3492 bp · TkA06G415980|TK1151|CDS

ATGGTTTCGAAGCAATCTGGCAAGGAAAATGAGGATGCTGGTGCCGAAGCTGATGTTGATGCTGGCGTGGTTTCTTCTCCCAGGCCAGTTCGCACAAGTGATAGGCTTCGAAAAAGGCCTAAATCGTACAATCGGTATGTAATGTATCCGAAGTCGAAACGAAGCAAGAAGAAAACGAGAACCGCTGCTTCTCAGATTGCCAAGATGTTAAACACCAGAAAGAAAAACTCGGATTCTGTTCTTGCAACCCTACGTCGTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1163 aa · TkA06G415980|TK1151|PROTEIN

MVSKQSGKENEDAGAEADVDAGVVSSPRPVRTSDRLRKRPKSYNRYVMYPKSKRSKKKTRTAASQIAKMLNTRKKNSDSVLATLRRSTRQRRVSVNLDAYTDSTGTEDNDLMGPKYRSSRSRNNSSNRHKEKLPRREGLRPRHSNSGPIGQLLLESEDDERETYQENNNDQNGHENDMEEDNNNDGEEDGDDEDEDEDEEEDNEEEQEGRRRYDLRNRSEVRRLEEGKQRPRSPRRVLQQGVKMSKHSRSSRVHKRHRIS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G415980`
TK1151 ID	TkA06G415980
OH-1004 ID	LXL04_016561
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	51.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 23.044 / OH-1004 16.546 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G415980

位置 Chr06:102948144-102962509 (+)

描述 Similar to Atad2: ATPase family AAA domain-containing protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g05910`	含AAA结构域的ATP酶家族蛋白 At1g05910。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016561 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006334 nucleosome assembly 生物过程

GO:0006337 nucleosome disassembly 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0034080 CENP-A containing chromatin assembly 生物过程

GO:0045815 transcription initiation-coupled chromatin remodeling 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000775 chromosome, centromeric region 细胞组分

GO:0000785 chromatin 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

hsa:29028

mmu:70472

pon:100174282

sce:YGR270W

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.891

排名 1 · TkA06G415980 · TK1151

细胞质0.205

排名 2 · TkA06G415980 · TK1151

线粒体0.023

排名 3 · TkA06G415980 · TK1151

细胞膜0.022

排名 4 · TkA06G415980 · TK1151

内质网0.012

排名 5 · TkA06G415980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05764YL19-105 aa

PF01057Parvo_NS144-80 aa

PF24883NPHP3_N46-87 aa

PF20720nSTAND358-87 aa

PF13245AAA_1958-105 aa

PF05764YL1141-267 aa

PF13191AAA_16148-189 aa

PF04931DNA_pol_phi157-209 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G415980	`PF05764`	YL1	9	105	0.0067	17.3
TkA06G415980	`PF01057`	Parvo_NS1	44	80	0.036	13.8
TkA06G415980	`PF24883`	NPHP3_N	46	87	0.025	15.5
TkA06G415980	`PF20720`	nSTAND3	58	87	1.8e-05	25.2
TkA06G415980	`PF13245`	AAA_19	58	105	0.11	13.3
TkA06G415980	`PF05764`	YL1	141	267	0.0067	17.3
TkA06G415980	`PF13191`	AAA_16	148	189	0.002	19.4
TkA06G415980	`PF04931`	DNA_pol_phi	157	209	3.8	6.3
TkA06G415980	`PF13401`	AAA_22	231	277	0.016	16.2
TkA06G415980	`PF00004`	AAA	256	280	2.7e-43	148.3
TkA06G415980	`PF12775`	AAA_7	378	411	0.041	14.1
TkA06G415980	`PF00005`	ABC_tran	384	469	0.073	14.4
TkA06G415980	`PF00270`	DEAD	386	412	0.2	12.1
TkA06G415980	`PF13191`	AAA_16	387	491	0.002	19.4
TkA06G415980	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	387	462	0.0029	18.2
TkA06G415980	`PF06068`	TIP49	388	437	0.003	17.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IAE9`	拟南芥	sp\|F4IAE9\|Y1591_ARATH ATPase family AAA domain-containing protein At1g05910	62.400%	Swiss-Prot	高置信

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