RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G413250
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 102302523-102304565 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2043 bp · TkA06G413250|TK1151|cDNA

ATGCCTCATGAAGCTATTCTCCTCTACTCCCAAATGAAATCCAAGTCTTTTTATTCCGATTCGTACACATACTCTTCGATTCTCAAAGCCTGCGCCGAAACTAAAAGTCTTCAAATAGGTAAAGCCGTTCATTGTCATATTCTACGGTCGCATTTGTATCCTAGTAAGATCGTTTGTAATTCTCTTTTAAACATGTATGCCAGTTGTTTATACGACGGTGTAAAAAAAGTGTTCCATTCACTACCGAAAAGGAATTCAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2043 bp · TkA06G413250|TK1151|CDS

ATGCCTCATGAAGCTATTCTCCTCTACTCCCAAATGAAATCCAAGTCTTTTTATTCCGATTCGTACACATACTCTTCGATTCTCAAAGCCTGCGCCGAAACTAAAAGTCTTCAAATAGGTAAAGCCGTTCATTGTCATATTCTACGGTCGCATTTGTATCCTAGTAAGATCGTTTGTAATTCTCTTTTAAACATGTATGCCAGTTGTTTATACGACGGTGTAAAAAAAGTGTTCCATTCACTACCGAAAAGGAATTCAAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

680 aa · TkA06G413250|TK1151|PROTEIN

MPHEAILLYSQMKSKSFYSDSYTYSSILKACAETKSLQIGKAVHCHILRSHLYPSKIVCNSLLNMYASCLYDGVKKVFHSLPKRNSISWNILISWYVKAGEFTEAVTHFLKLLKSGLNPTSVSFVNVFPAVAGIGDSRLADSIYGLLIKSGDEYSKDVYATSSAISMFSDLGSLESARKIFDDCLERNIEIWNTMISGYVQKNLPFEALDLFIDALHTSDDVTIDDVTLISVLTASSQLQHLDVSKQLHAYIIKTTPNLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G413250
TK1151 IDTkA06G413250
OH-1004 IDLXL04_026085
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)34.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.382 / OH-1004 79.493
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G413250
位置Chr06:102302523-102304565 (+)
描述Similar to PCMP-E36: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21300
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g22150 含五肽重复蛋白的蛋白 At3g22150，存在于叶绿体中。 暂无已核实直接文献
At3g57430 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At3g63370 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At5g27110 含五重复肽的蛋白质 At5g27110。 暂无已核实直接文献
At3g49170 可能在胚胎发生中起作用。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026085 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G03580
ath:AT4G21300
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.654
排名 1 · TkA06G413250 · TK1151
质体0.173
排名 2 · TkA06G413250 · TK1151
细胞核0.047
排名 3 · TkA06G413250 · TK1151
细胞质0.031
排名 4 · TkA06G413250 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkA06G413250 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01535PPR1-16 aa
PF13041PPR_22-32 aa
PF17177PPR_long5-36 aa
PF13812PPR_39-66 aa
PF23276TPR_2412-33 aa
PF12854PPR_120-30 aa
PF01535PPR22-35 aa
PF13041PPR_254-68 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G413250PF01535PPR1161.1e-52173.4
TkA06G413250PF13041PPR_22324.5e-60200.3
TkA06G413250PF17177PPR_long5361.6e-0628.4
TkA06G413250PF13812PPR_39665.9e-1762.2
TkA06G413250PF23276TPR_2412332.6e-0937.8
TkA06G413250PF12854PPR_120309e-2896.4
TkA06G413250PF01535PPR22351.1e-52173.4
TkA06G413250PF13041PPR_254684.5e-60200.3
TkA06G413250PF01535PPR58691.1e-52173.4
TkA06G413250PF12854PPR_1841069e-2896.4
TkA06G413250PF13041PPR_2851264.5e-60200.3
TkA06G413250PF13812PPR_3851245.9e-1762.2
TkA06G413250PF01535PPR871171.1e-52173.4
TkA06G413250PF23276TPR_24871832.6e-0937.8
TkA06G413250PF13428TPR_14891140.008917.3
TkA06G413250PF29070MSC6_N921816.3e-1246.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LIE7拟南芥sp|Q9LIE7|PP246_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22150, chloroplastic54.300%Swiss-Prot高置信
Q7Y211拟南芥sp|Q7Y211|PP285_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic32.000%Swiss-Prot中等置信
Q9M1V3拟南芥sp|Q9M1V3|PP296_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic31.400%Swiss-Prot中等置信
O04659拟南芥sp|O04659|PP398_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g2711034.300%Swiss-Prot中等置信
Q5G1T1拟南芥sp|Q5G1T1|PP272_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49170, chloroplastic32.100%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看