LXL04_026085 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026085

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 120720899-120723388 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2490 bp · LXL04_026085|LXL04_026085|OH1004|cDNA

ATGTACCAAAAGAACCTCTTTTTATTTCACAGGAGATTTTCCCaaatatcatcatcatcatcaataAGCACAAACACGTTTATTGAGAATTTCCCCAATACCAAGGAAGTTTTAATATCCAAACTTGCATCAGTCTTGCAATCATGTTCAACCCCTAATCCTGATCCTCGAGTCGTCCAACAAGGCCAACAACTTCATGCCCAGATAATCGTCAATGGGATCAACCATATCGGCCTTTTGGGTTCAAGATTACTCGGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2490 bp · LXL04_026085|LXL04_026085|OH1004|CDS

ATGTACCAAAAGAACCTCTTTTTATTTCACAGGAGATTTTCCCAAATATCATCATCATCATCAATAAGCACAAACACGTTTATTGAGAATTTCCCCAATACCAAGGAAGTTTTAATATCCAAACTTGCATCAGTCTTGCAATCATGTTCAACCCCTAATCCTGATCCTCGAGTCGTCCAACAAGGCCAACAACTTCATGCCCAGATAATCGTCAATGGGATCAACCATATCGGCCTTTTGGGTTCAAGATTACTCGGAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

829 aa · LXL04_026085|LXL04_026085|OH1004|PROTEIN

MYQKNLFLFHRRFSQISSSSSISTNTFIENFPNTKEVLISKLASVLQSCSTPNPDPRVVQQGQQLHAQIIVNGINHIGLLGSRLLGMYILCKKLDDANTIFRQLDLFYASPWNWMIRGFTMMGCFNYAVMVYFKMLGYGTCPDKYTFPYVIKACGQLGGIRLVKSIHQTIQTMGFETDVYVGSSLIKLYAENGCIDNARHLFDKMPQRDDVLWNVILNGYLKHGDPKHVLSLFNQMRSSITQPGSVTYACVLSACDANIK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026085`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026085

位置 Chr05:120720899-120723388 (-)

描述 Similar to PCMP-E36: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21300

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g21300`	含五肽重复的蛋白 At4g21300。	暂无已核实直接文献
`At3g03580`	含五肽重复序列的蛋白 At3g03580。	暂无已核实直接文献
`At3g63370`	参与叶绿体中的RNA编辑事件。	A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
`At4g13650`	含五重复肽基序蛋白 At4g13650。	暂无已核实直接文献
`At1g11290`	参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。	Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026085 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G03580

ath:AT4G21300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.647

排名 1 · LXL04_026085 · OH-1004

质体0.203

排名 2 · LXL04_026085 · OH-1004

细胞核0.048

排名 3 · LXL04_026085 · OH-1004

细胞质0.033

排名 4 · LXL04_026085 · OH-1004

细胞膜0.006

排名 5 · LXL04_026085 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2112-154 aa

PF13041.13PPR_2209-255 aa

PF01535.27PPR211-238 aa

PF12854.14PPR_1306-335 aa

PF13041.13PPR_2307-348 aa

PF01535.27PPR310-338 aa

PF13041.13PPR_2409-456 aa

PF01535.27PPR483-508 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026085	`PF13041.13`	PPR_2	112	154	1.2e-83	275.7
LXL04_026085	`PF13041.13`	PPR_2	209	255	1.2e-83	275.7
LXL04_026085	`PF01535.27`	PPR	211	238	5.6e-80	258.9
LXL04_026085	`PF12854.14`	PPR_1	306	335	3.5e-51	171.3
LXL04_026085	`PF13041.13`	PPR_2	307	348	1.2e-83	275.7
LXL04_026085	`PF01535.27`	PPR	310	338	5.6e-80	258.9
LXL04_026085	`PF13041.13`	PPR_2	409	456	1.2e-83	275.7
LXL04_026085	`PF01535.27`	PPR	483	508	5.6e-80	258.9
LXL04_026085	`PF13041.13`	PPR_2	508	554	1.2e-83	275.7
LXL04_026085	`PF12854.14`	PPR_1	508	536	3.5e-51	171.3
LXL04_026085	`PF01535.27`	PPR	511	537	5.6e-80	258.9
LXL04_026085	`PF13041.13`	PPR_2	607	653	1.2e-83	275.7
LXL04_026085	`PF01535.27`	PPR	609	638	5.6e-80	258.9
LXL04_026085	`PF20431.5`	E_motif	724	786	5.6e-21	75.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9STE1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21300	50.936%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SS60`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g03580	36.340%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M1V3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic	35.975%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SVP7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g13650	34.300%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q3E6Q1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic	36.711%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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