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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G403330
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 99861608-99863229 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1088 bp · TkA06G403330|TK1151|cDNA

GAAGTGAAATCAGGGAAATACGGATCGAAATCCGATTCTTATTCGATTGTAAGAACTTCTCAAGTTCCAGGGTTTCAGAATTTAAAAGATGTTGCTTTTCCGAGTTCACTCAGTGCTCACCAGAAGAGTCCACACTTTCCACCACGTCCAAAAAGATCTAATTCTCCACATTCTGGTACTACTACTCCTATGTTCTCAAGGGGTGTGATTGATGGTTTTAAAAAGTCAAATGATGTTTTGACTGAACAAGTTTCCAGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1023 bp · TkA06G403330|TK1151|CDS

GAAGTGAAATCAGGGAAATACGGATCGAAATCCGATTCTTATTCGATTGTAAGAACTTCTCAAGTTCCAGGGTTTCAGAATTTAAAAGATGTTGCTTTTCCGAGTTCACTCAGTGCTCACCAGAAGAGTCCACACTTTCCACCACGTCCAAAAAGATCTAATTCTCCACATTCTGGTACTACTACTCCTATGTTCTCAAGGGGTGTGATTGATGGTTTTAAAAAGTCAAATGATGTTTTGACTGAACAAGTTTCCAGATT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

340 aa · TkA06G403330|TK1151|PROTEIN

EVKSGKYGSKSDSYSIVRTSQVPGFQNLKDVAFPSSLSAHQKSPHFPPRPKRSNSPHSGTTTPMFSRGVIDGFKKSNDVLTEQVSRLQNQVKHLKQKSDNQDADIKKLRNDSKHAESLAAAKAAKRAVAVDVFKSITSQLNELTEKLPPEITNDETFTSLTNKVNHYINTYGNDTSSNICSCSQSQSYQPEEISTPNKVIKKKYHKIDIEEPNKSQNPEISSQENNEASTSNNNTESQKRNEGGSRTRKHVRSEGVNEVI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G403330
TK1151 IDTkA06G403330
OH-1004 IDLXL04_031244
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)35.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 92.647 / OH-1004 28.225
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G403330
位置Chr06:99861608-99863229 (-)
描述Similar to PRAF1: PH, RCC1 and FYVE domains-containing protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g76950 能结合磷脂酸和磷脂肌醇类，如PtdIns3P、PtdIns(3,4)P(2)、PtdIns(3,4,5)P(3)和PtdIns(4,5)P(2)。 暂无已核实直接文献
At2g35600 可能作为根部细胞增殖和伸长的调节剂。
Characterization of the plant-specific BREVIS RADIX gene family reveals limited genetic redundancy despite high sequence conservation.2006 · DOI: 10.1104/pp.105.075382
At5g20540 Brevis radix样蛋白 4。 暂无已核实直接文献
At1g54180 蛋白质 Brevis radix 样 3。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0853500 Brevis radix样蛋白 4。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031244 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009411 response to UV 生物过程
GO:0009649 entrainment of circadian clock 生物过程
GO:0010224 response to UV-B 生物过程
GO:0010374 stomatal complex development 生物过程
GO:0000785 chromatin 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009536 plastid 细胞组分
GO:0003682 chromatin binding 分子功能
GO:0005085 guanyl-nucleotide exchange factor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G76950
ath:AT5G63860
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.522
排名 1 · TkA06G403330 · TK1151
细胞核0.374
排名 2 · TkA06G403330 · TK1151
细胞膜0.212
排名 3 · TkA06G403330 · TK1151
内质网0.045
排名 4 · TkA06G403330 · TK1151
高尔基体0.033
排名 5 · TkA06G403330 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24611Spectrin_Anc-169-151 aa
PF28175T4SS_LegC2C770-146 aa
PF17060MPS270-171 aa
PF01519DUF1673-117 aa
PF02183HALZ74-97 aa
PF08287DASH_Spc1978-142 aa
PF29599Rv0250c80-120 aa
PF04000Sas10_Utp380-122 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G403330PF24611Spectrin_Anc-1691510.03915.0
TkA06G403330PF28175T4SS_LegC2C7701460.001218.6
TkA06G403330PF17060MPS2701710.06812.9
TkA06G403330PF01519DUF16731171.210.3
TkA06G403330PF02183HALZ74970.2312.4
TkA06G403330PF08287DASH_Spc19781420.2412.0
TkA06G403330PF29599Rv0250c801200.1712.6
TkA06G403330PF04000Sas10_Utp3801221.710.0
TkA06G403330PF14197Cep57_CLD_2811110.008316.9
TkA06G403330PF23805DUF7180811130.1213.7
TkA06G403330PF09090MIF4G_like_2811481.78.8
TkA06G403330PF04977DivIC811176.67.3
TkA06G403330PF11839Alanine_zipper831270.5211.3
TkA06G403330PF04728LPP841170.6511.0
TkA06G403330PF23805DUF71801201400.1213.7
TkA06G403330PF13713BRX_N1231539.3e-0625.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q947D2拟南芥sp|Q947D2|PRAF1_ARATH PH, RCC1 and FYVE domains-containing protein 130.500%Swiss-Prot中等置信
O82281拟南芥sp|O82281|BRXL1_ARATH Protein Brevis radix-like 150.800%Swiss-Prot低置信
Q8GZ92拟南芥sp|Q8GZ92|BRXL4_ARATH Protein Brevis radix-like 450.900%Swiss-Prot低置信
Q5HZ09拟南芥sp|Q5HZ09|BRXL3_ARATH Protein Brevis radix-like 341.000%Swiss-Prot低置信
Q84T65水稻sp|Q84T65|BRXL4_ORYSJ Protein Brevis radix-like 455.400%Swiss-Prot低置信

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