TkA06G395830 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G395830

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 98084002-98086981 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

949 bp · TkA06G395830|TK1151|cDNA

CTTTGTGATGGTTTATTGATAGTTTATAAGATTTGGATGCGGGGAAATTTCTTTGAAACTCATATGTGTCTCTCTATATATAACGTTCATTTCATTGAGGTCCAATCAATCAACTTATTGATGGCTTCTTCATCATCATCTTCTTCCTATCATTGCGCCTTTTCTTCTCAACCGTGGAAGTATCATGCTTTTCTTAGTTTTAGGGGAGAAGATACTAGCAAAACTTTTGTGGATCATCTTTACCTAGCTCTTGAACAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

762 bp · TkA06G395830|TK1151|CDS

ATGCGGGGAAATTTCTTTGAAACTCATATGTGTCTCTCTATATATAACGTTCATTTCATTGAGGTCCAATCAATCAACTTATTGATGGCTTCTTCATCATCATCTTCTTCCTATCATTGCGCCTTTTCTTCTCAACCGTGGAAGTATCATGCTTTTCTTAGTTTTAGGGGAGAAGATACTAGCAAAACTTTTGTGGATCATCTTTACCTAGCTCTTGAACAACAAGGAATTTACACATACAAAGAAGACAAATCACTTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

253 aa · TkA06G395830|TK1151|PROTEIN

MRGNFFETHMCLSIYNVHFIEVQSINLLMASSSSSSSYHCAFSSQPWKYHAFLSFRGEDTSKTFVDHLYLALEQQGIYTYKEDKSLPRGILIGPSLMKAIEESQIAIIIFSKNYVDSSWCLAELSHIMKCRDMSGQIVMPIFYDVDPSEVRRQKRKYEEAFAELENKTMVESWRKALVDASNISESEPNHIAKGHESKVIKEIVYKISHMLQPPTSSVSENLIRLEPYVEDLKSNVPMGLGSVHDRNMGGWGW

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G395830`
TK1151 ID	TkA06G395830
OH-1004 ID	LXL04_023129
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 75.494 / OH-1004 77.959 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G395830

位置 Chr06:98084002-98086981 (+)

描述 Similar to ROQ1: Disease resistance protein Roq1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g44510`	TIR-NB-LRR受体样蛋白，有助于铜绿假单胞菌三型分泌效应子AvrB诱导的抗病性。	Arabidopsis TAO1 is a TIR-NB-LRR protein that contributes to disease resistance induced by the Pseudomonas syringae effector AvrB.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0802157105
`At3g44480`	TIR-NB-LRR 受体样蛋白，可赋予对拟南芥霜霉菌（Hyaloperonospora arabidopsis）的抗性（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At4g11170`	推定的抗病蛋白At4g11170。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023129 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0010193 response to ozone 生物过程

GO:0019677 NAD+ catabolic process 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003953 NAD+ nucleosidase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G11170

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.414

排名 1 · TkA06G395830 · TK1151

细胞核0.265

排名 2 · TkA06G395830 · TK1151

细胞膜0.264

排名 3 · TkA06G395830 · TK1151

质体0.103

排名 4 · TkA06G395830 · TK1151

内质网0.094

排名 5 · TkA06G395830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00971EIAV_GP9013-44 aa

PF01582TIR48-217 aa

PF13676TIR_252-148 aa

PF18785Inv-AAD90-195 aa

PF00971EIAV_GP90100-184 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G395830	`PF00971`	EIAV_GP90	13	44	0.12	11.8
TkA06G395830	`PF01582`	TIR	48	217	2.4e-47	161.8
TkA06G395830	`PF13676`	TIR_2	52	148	1.5e-14	55.2
TkA06G395830	`PF18785`	Inv-AAD	90	195	0.038	14.5
TkA06G395830	`PF00971`	EIAV_GP90	100	184	0.12	11.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FI14`	拟南芥	sp\|Q9FI14\|TAO1_ARATH Disease resistance protein TAO1	36.700%	Swiss-Prot	中等置信
`F4J339`	拟南芥	sp\|F4J339\|RPP1_ARATH Probable disease resistance protein RPP1	38.500%	Swiss-Prot	中等置信
`O82500`	拟南芥	sp\|O82500\|Y4117_ARATH Putative disease resistance protein At4g11170	37.600%	Swiss-Prot	中等置信

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