TkA06G391020 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G391020

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 96907306-96920973 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1652 bp · TkA06G391020|TK1151|cDNA

TTTAAACTCAAAAGGAGAAGTAAAATCGGTTTTTGTTAACGAAGACAACTTATTTCAAACTTCTGAAGCAAATCCAAAGGACACAGCATCTACAAGTAAAATTCAAGTCGCCCAATATTTGTTTGGCCTTGCTAATTCAAGTCACACCCCTCATCCCAGTTCTACTCAGCGGGTGAGGATTTGTACGCGAATCATTCGAAAATCTGCTTATTAGTCTGGTTTATTTCTGATTTGTTTGGATTGGCATGAATAATCGCTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

3573 bp · TkA06G391020|TK1151|CDS

ATGATCACACTTCTATCGACGGCGTTGGCGGCGAACTTCTGTCAGAGGAGCTTACCGCAGTGCGTGCAATATTTCAAGAAGATTGCGACTTTGTCTCAGAGTCTCCCCCGAATCAAGATCAAGCTAAGGCCATATTCACAGGATTCAGGTTATGAGGATTTAGACGTATCTGCCCTTCTTTCGATAAGATTTTTACCTGGATACCCTTACAAGTGCCCAAAGCTACTGATAATACCAGAAAAAGGTTTATCAAAATCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1190 aa · TkA06G391020|TK1151|PROTEIN

MITLLSTALAANFCQRSLPQCVQYFKKIATLSQSLPRIKIKLRPYSQDSGYEDLDVSALLSIRFLPGYPYKCPKLLIIPEKGLSKSDADNLLSLLHDQANLNAREGRVMIYNLVEAAQEFLSEVVPLEQPHVPCATTDRPSKGPFVYGFIDLFMGSGESWPWGLSIEESNNKDNTLQLNDPHNEKKVNQIMKTGVVEDVDVDKVISHTERLDGLEEESKSNDSFTSSSEESVENASIGEDYLLEENTEEESDYGEIKSDN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G391020`
TK1151 ID	TkA06G391020
OH-1004 ID	LXL04_023165
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.479 / OH-1004 95.789 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G391020

位置 Chr06:96907306-96920973 (+)

描述 Similar to GCN2: eIF-2-alpha kinase GCN2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g59410`	代谢应激感应蛋白激酶，在氨基酸供应不足时磷酸化真核翻译起始因子2的α亚基 eIF-2-alpha。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023165 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000077 DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0006446 regulation of translational initiation 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006521 regulation of amino acid metabolic process 生物过程

GO:0009635 response to herbicide 生物过程

GO:0009893 positive regulation of metabolic process 生物过程

GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程

GO:0018105 peptidyl-serine phosphorylation 生物过程

GO:0031571 mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0031589 cell-substrate adhesion 生物过程

GO:0032057 negative regulation of translational initiation in response to stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G59410

ddi:DDB_G0276829

sce:YDR283C

spo:2540500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.536

排名 1 · TkA06G391020 · TK1151

细胞核0.369

排名 2 · TkA06G391020 · TK1151

细胞膜0.097

排名 3 · TkA06G391020 · TK1151

高尔基体0.087

排名 4 · TkA06G391020 · TK1151

内质网0.063

排名 5 · TkA06G391020 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05773RWD33-121 aa

PF12745HGTP_anticodon2241-267 aa

PF13095FTA2372-412 aa

PF00069Pkinase374-680 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr377-440 aa

PF01636APH405-433 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr487-677 aa

PF06293Kdo500-550 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G391020	`PF05773`	RWD	33	121	4e-12	47.0
TkA06G391020	`PF12745`	HGTP_anticodon2	241	267	9.5e-06	26.0
TkA06G391020	`PF13095`	FTA2	372	412	0.044	14.2
TkA06G391020	`PF00069`	Pkinase	374	680	2e-49	169.0
TkA06G391020	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	377	440	6.6e-25	88.6
TkA06G391020	`PF01636`	APH	405	433	0.15	12.6
TkA06G391020	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	487	677	6.6e-25	88.6
TkA06G391020	`PF06293`	Kdo	500	550	0.035	14.3
TkA06G391020	`PF14531`	Kinase-like	503	557	0.0032	17.5
TkA06G391020	`PF13095`	FTA2	510	544	0.044	14.2
TkA06G391020	`PF03109`	ABC1	525	564	0.0099	15.8
TkA06G391020	`PF01636`	APH	529	556	0.15	12.6
TkA06G391020	`PF13393`	tRNA-synt_His	838	1066	3.8e-10	40.2
TkA06G391020	`PF12745`	HGTP_anticodon2	917	929	9.5e-06	26.0
TkA06G391020	`PF12745`	HGTP_anticodon2	1085	1182	9.5e-06	26.0
TkA06G391020	`PF03129`	HGTP_anticodon	1089	1177	4.9e-09	36.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LX30`	拟南芥	sp\|Q9LX30\|GCN2_ARATH eIF-2-alpha kinase GCN2	60.800%	Swiss-Prot	高置信

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