TkA06G389450 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G389450

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 96442852-96444349 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

561 bp · TkA06G389450|TK1151|cDNA

ATGTGTTGCAAAAAACGGTCTAGGCGGCCGCCTAGGCGGCGCCTAGGCGCTAGGCGGAAGCCTAGCGTGGACGATTTCCCTTCATCGGCCAAATTAGGCGGACCTGGTCAACATCGGTCAACCACGGTCAAAAAGATTATCTCGTCACTCGCTGCTTCCATCTTCCTCGATTTCATCTTCGTCGCTCGCTGCTTCCATCTTCCTCGATTGTTGCTTGTGCTTCATCTTCGCGGCTTCAGCTTCCATCTTCCATCTTCAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

561 bp · TkA06G389450|TK1151|CDS

ATGTGTTGCAAAAAACGGTCTAGGCGGCCGCCTAGGCGGCGCCTAGGCGCTAGGCGGAAGCCTAGCGTGGACGATTTCCCTTCATCGGCCAAATTAGGCGGACCTGGTCAACATCGGTCAACCACGGTCAAAAAGATTATCTCGTCACTCGCTGCTTCCATCTTCCTCGATTTCATCTTCGTCGCTCGCTGCTTCCATCTTCCTCGATTGTTGCTTGTGCTTCATCTTCGCGGCTTCAGCTTCCATCTTCCATCTTCAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

186 aa · TkA06G389450|TK1151|PROTEIN

MCCKKRSRRPPRRRLGARRKPSVDDFPSSAKLGGPGQHRSTTVKKIISSLAASIFLDFIFVARCFHLPRLLLVLHLRGFSFHLPSSASASIFAASIFATTDHRSLPPPPNPSLEALSSTTTTTSRYRLLPIWYRLFIKPPVNVGTIGHVDHGKTTLTAAVTKVLADEGKAKAIAFDEIDKAPEEKN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G389450`
TK1151 ID	TkA06G389450
OH-1004 ID	LXL04_023406
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	86.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 77.419 / OH-1004 35.389 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G389450

位置 Chr06:96442852-96444349 (-)

描述 Similar to N6amt1: Methyltransferase N6AMT1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02930`	该蛋白在蛋白质生物合成过程中促进氨酰-tRNA依赖GTP结合至核糖体A位点。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023406 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002184 cytoplasmic translational termination 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0009404 toxin metabolic process 生物过程

GO:0018364 peptidyl-glutamine methylation 生物过程

GO:0018872 arsonoacetate metabolic process 生物过程

GO:0030307 positive regulation of cell growth 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程

GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程

GO:0045815 transcription initiation-coupled chromatin remodeling 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0060566 positive regulation of termination of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G02930

hsa:29104

mmu:67768

sce:YDR140W

spo:2542476

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.416

排名 1 · TkA06G389450 · TK1151

细胞质0.414

排名 2 · TkA06G389450 · TK1151

内质网0.117

排名 3 · TkA06G389450 · TK1151

细胞膜0.099

排名 4 · TkA06G389450 · TK1151

质体0.085

排名 5 · TkA06G389450 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00009GTP_EFTU140-185 aa

PF19993DO-GTPase2143-175 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G389450	`PF00009`	GTP_EFTU	140	185	3.7e-09	37.1
TkA06G389450	`PF19993`	DO-GTPase2	143	175	0.23	11.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZT91`	拟南芥	sp\|Q9ZT91\|EFTM_ARATH Elongation factor Tu, mitochondrial	75.400%	Swiss-Prot	低置信

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