LXL04_023406 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023406

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 38345119-38347941 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1122 bp · LXL04_023406|LXL04_023406|OH1004|cDNA

ATGCTCCCCCGAATCGCACAAATCCGACTCACGAGTTCCCACCCTCAAGTCTACGAACCATGTGATGACTCATTTGCATTAGTGGATGCACTCTTAGCCGACCGGAAAAACCTCCTACGCCACCGCCCCTCAATCTGCATGGAAGTTGGATCCGGTTCCGGTTACATCATCACCAGTCTCGCTCTCATCCTCCAAGAACTCAAAACCGCGCACTACTTCGCCACCGACATCAACCCGCAAGCCATAAAAGTAACTCACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1122 bp · LXL04_023406|LXL04_023406|OH1004|CDS

ATGCTCCCCCGAATCGCACAAATCCGACTCACGAGTTCCCACCCTCAAGTCTACGAACCATGTGATGACTCATTTGCATTAGTGGATGCACTCTTAGCCGACCGGAAAAACCTCCTACGCCACCGCCCCTCAATCTGCATGGAAGTTGGATCCGGTTCCGGTTACATCATCACCAGTCTCGCTCTCATCCTCCAAGAACTCAAAACCGCGCACTACTTCGCCACCGACATCAACCCGCAAGCCATAAAAGTAACTCACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

373 aa · LXL04_023406|LXL04_023406|OH1004|PROTEIN

MLPRIAQIRLTSSHPQVYEPCDDSFALVDALLADRKNLLRHRPSICMEVGSGSGYIITSLALILQELKTAHYFATDINPQAIKVTHETLQAHGVHAELLTTNIAAGLDRRLAGMVDVMVVNPPYVPTPEAEVGEDGIAAAWAGGENGRSVIDRILPVADKLLSEKGWLYMLFLAANDPLQICLQMREKGFAAKIVVQRSTEEESLHVIKFWRDLDGNEGVSIGKTGSPKGSKVIYRTIYHRIEEIISSLAASIFLDFIFV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023406`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023406

位置 Chr05:38345119-38347941 (+)

描述 Similar to N6amt1: Methyltransferase N6AMT1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02930`	该蛋白在蛋白质生物合成过程中促进氨酰-tRNA依赖GTP结合至核糖体A位点。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023406 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002184 cytoplasmic translational termination 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0009404 toxin metabolic process 生物过程

GO:0018364 peptidyl-glutamine methylation 生物过程

GO:0018872 arsonoacetate metabolic process 生物过程

GO:0030307 positive regulation of cell growth 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程

GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程

GO:0045815 transcription initiation-coupled chromatin remodeling 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0060566 positive regulation of termination of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G02930

hsa:29104

mmu:67768

sce:YDR140W

spo:2542476

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.282

排名 1 · LXL04_023406 · OH-1004

线粒体0.267

排名 2 · LXL04_023406 · OH-1004

过氧化物酶体0.211

排名 3 · LXL04_023406 · OH-1004

质体0.184

排名 4 · LXL04_023406 · OH-1004

细胞核0.150

排名 5 · LXL04_023406 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05175.21MTS46-127 aa

PF00009.34GTP_EFTU325-372 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023406	`PF05175.21`	MTS	46	127	9.2e-09	35.8
LXL04_023406	`PF00009.34`	GTP_EFTU	325	372	1e-09	39.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZT91`	拟南芥	Elongation factor Tu, mitochondrial	85.965%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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