TkA06G251910 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G251910

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 64304743-64308232 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2744 bp · TkA06G251910|TK1151|cDNA

TTTTAACGGTTGCGGAGGCATTCCGCATTCGCCTGCTTTAAATTATAACCGGATCAACCCCTCAAAGAGTCTGGCGCGTACGGTGTACCCCACAATCGTGAGACCTTCACTCTGTTTTGGCTCTCTTTGGGGCTTCTCAACGGCTCAAGATTATAAAGTTTCACTTTTTTTTTTTGTGAAGTATCAAAAAATGAGACAAGAAACATACCGGCGGCCTTACGCTTCCGCCGTCTTAATCAAACGGCGAGTCTCTTAAAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1929 bp · TkA06G251910|TK1151|CDS

ATGGAAGTCGCAAACCATGTACAGTCATATTTGATCAGTAATTGCAAAGATTACGTAATAATGACTAGCGATATCAGAATATTTGTTGCTAAAATCGAATCATACTTGAACGATTTCATCAAGGCGTATGATTGGTTCCCATCAGATCCGATGAATCACCATAAACATTACGAGATTGGCATCCTGTGGGTTCTTTTGTTCCTTTCCCACAACATTGCGTCATTTAGTTGGTTTTTCAGTACCGGAAAGGTTGATTCCAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

642 aa · TkA06G251910|TK1151|PROTEIN

MEVANHVQSYLISNCKDYVIMTSDIRIFVAKIESYLNDFIKAYDWFPSDPMNHHKHYEIGILWVLLFLSHNIASFSWFFSTGKVDSSENPSSHDIAAEFSMEPLNSKKGAALVEKAKRKAALSNSCWQNAYQNLFSGCSKILAGEEQRSRLAWHLSDCFQKDTGRPPFPYCDVSNPMVDCLKKLDKNDHKIYLEFYLETNSICHQLQTDAFKRQTERLVNDLKTSAEYAEEKLENIENHTEQLLHTSNHIQESLSSINGE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G251910`
TK1151 ID	TkA06G251910
OH-1004 ID	LXL04_023532
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G251910

位置 Chr06:64304743-64308232 (+)

描述 Similar to GEX1: Protein GAMETE EXPRESSED 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g55490`	在配子体发育和早期胚胎发生中具有双重功能。	Arabidopsis thaliana GEX1 has dual functions in gametophyte development and early embryogenesis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04713.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023532 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G55490

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.360

排名 1 · TkA06G251910 · TK1151

高尔基体0.285

排名 2 · TkA06G251910 · TK1151

细胞质0.180

排名 3 · TkA06G251910 · TK1151

细胞膜0.159

排名 4 · TkA06G251910 · TK1151

溶酶体／液泡0.141

排名 5 · TkA06G251910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26039Dcst2211-278 aa

PF06103DUF948214-273 aa

PF26039Dcst2314-379 aa

PF06103DUF948321-368 aa

PF06103DUF948341-393 aa

PF04080Per1454-555 aa

PF06686SpoIIIAC507-554 aa

PF19416Astro_VPg561-612 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G251910	`PF26039`	Dcst2	211	278	0.42	10.4
TkA06G251910	`PF06103`	DUF948	214	273	0.011	16.6
TkA06G251910	`PF26039`	Dcst2	314	379	0.42	10.4
TkA06G251910	`PF06103`	DUF948	321	368	0.011	16.6
TkA06G251910	`PF06103`	DUF948	341	393	0.011	16.6
TkA06G251910	`PF04080`	Per1	454	555	0.53	10.7
TkA06G251910	`PF06686`	SpoIIIAC	507	554	0.61	11.0
TkA06G251910	`PF19416`	Astro_VPg	561	612	4.1	9.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q681K7`	拟南芥	sp\|Q681K7\|GEX1_ARATH Protein GAMETE EXPRESSED 1	45.800%	Swiss-Prot	中等置信

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