TkA06G193330 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G193330

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 50350325-50352603 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1393 bp · TkA06G193330|TK1151|cDNA

AAAGGGAAAGCGTACTACGCATGAAGGCATTAAATCCGGGTTCCTAAAACCTCCTTCTACCATAATTTTCTACTGTCAAAATACTTCTAGCAGCTTCAATGGGTGTCATACGAACAGACGAGCTTCGGAGAGCTGAGATCGAAGAGTTCCGCCGCATGCTCTTGTCCTGCTCCGGCGTTGTCCTCAAGGTTAGAAACGAAGAGGAGTACAACCGCCGGCGGGTGCCAGAAGCTAACAGAAACGAATATACAGTAGATCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1098 bp · TkA06G193330|TK1151|CDS

ATGGGTGTCATACGAACAGACGAGCTTCGGAGAGCTGAGATCGAAGAGTTCCGCCGCATGCTCTTGTCCTGCTCCGGCGTTGTCCTCAAGGTTAGAAACGAAGAGGAGTACAACCGCCGGCGGGTGCCAGAAGCTAACAGAAACGAATATACAGTAGATCAGAAGCTTGTATGCGTCACAAGCGGCGTCTCTTTACTTGGTGTCGCTCTTGTGAAAAAACTCTTACTCAGAGGCTATTCCGCTCGAATCGTCGTCAACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

365 aa · TkA06G193330|TK1151|PROTEIN

MGVIRTDELRRAEIEEFRRMLLSCSGVVLKVRNEEEYNRRRVPEANRNEYTVDQKLVCVTSGVSLLGVALVKKLLLRGYSARIVVNNEEDVERLREMEITEEIGGASNITSNSTIGVVVAKLNERQSLMDAFDGCCAVFHTAAFIDPTGVSGYSKCMAEIEAKAAENIAEACAATSSVRNYVLTSSLLTCIWRDISDSNLSPVVDHDTWSDESFCNRKKLWYALGKLKAERVSYEIAKEKGLKLATICSGLTTGPRYFCT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G193330`
TK1151 ID	TkA06G193330
OH-1004 ID	LXL04_023974
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G193330

位置 Chr06:50350325-50352603 (+)

描述 Similar to SNL6: Cinnamoyl-CoA reductase-like SNL6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0639200`	参与防御响应。	Rice Snl6, a cinnamoyl-CoA reductase-like gene family member, is required for NH1-mediated immunity to Xanthomonas oryzae pv. oryzae.2010 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1001123

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023974 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006694 steroid biosynthetic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009699 phenylpropanoid biosynthetic process 生物过程

GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程

GO:0010584 pollen exine formation 生物过程

GO:0010597 green leaf volatile biosynthetic process 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0080110 sporopollenin biosynthetic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G15950

ath:AT4G35420

dosa:Os01g0639200

dosa:Os02g0808800

osa:4326581

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.489

排名 1 · TkA06G193330 · TK1151

细胞核0.438

排名 2 · TkA06G193330 · TK1151

细胞膜0.077

排名 3 · TkA06G193330 · TK1151

质体0.064

排名 4 · TkA06G193330 · TK1151

内质网0.053

排名 5 · TkA06G193330 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14517Tachylectin15-62 aa

PF05368NmrA54-183 aa

PF02719Polysacc_synt_257-185 aa

PF01370Epimerase58-268 aa

PF010733Beta_HSD59-187 aa

PF13460NAD_binding_1067-188 aa

PF04321RmlD_sub_bind122-176 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G193330	`PF14517`	Tachylectin	15	62	0.2	12.1
TkA06G193330	`PF05368`	NmrA	54	183	0.017	15.4
TkA06G193330	`PF02719`	Polysacc_synt_2	57	185	0.0017	18.4
TkA06G193330	`PF01370`	Epimerase	58	268	3.3e-07	30.7
TkA06G193330	`PF01073`	3Beta_HSD	59	187	1.2e-06	28.5
TkA06G193330	`PF13460`	NAD_binding_10	67	188	2.4e-05	25.0
TkA06G193330	`PF04321`	RmlD_sub_bind	122	176	0.15	11.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0JKZ0`	水稻	sp\|Q0JKZ0\|SNL6_ORYSJ Cinnamoyl-CoA reductase-like SNL6	39.600%	Swiss-Prot	中等置信

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