TkA06G172590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G172590

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 45311234-45323614 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6108 bp · TkA06G172590|TK1151|cDNA

AAAGAAGTCGTGTGAGATCAAATATTTTCTTTGCCTTTCAAACTGCCCTTAGCCCCAATTCTTCACTATTTCTTCTCCACGGCTCAGACTGAGCAATTGAACTCCGGTCTTCCAAATTTCACCAGAAAACCCTAATTTCCAGCGATTAAACCCTTGATGAACTTGTTTGCACATTTTTTTCCGCGGAGAAACTAATTTCAATGTCGAATTCGCGTGCCGGAGGTGGAGGAGGGATACCTAGAGGTATTGGCCTGGCCAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

5442 bp · TkA06G172590|TK1151|CDS

ATGTCGAATTCGCGTGCCGGAGGTGGAGGAGGGATACCTAGAGGTATTGGCCTGGCCAACACTGTTCATTCTGAAGTTGCTCCGTGCTTACCGTTGCCGTCGCTGCCGGTCTTCTGCGGCGCCCTTGACCAGGACCTGCGGTTAGTTGACGAGCCTACGGGCTCGGCCAGACAGTCCAACCGCAGTGATGTTGCCGATCAGGCTAGCAAGATATCTAAACTTCTCCAGGCTACTGATGTGTCTTACCTGAATCTTAGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1813 aa · TkA06G172590|TK1151|PROTEIN

MSNSRAGGGGGIPRGIGLANTVHSEVAPCLPLPSLPVFCGALDQDLRLVDEPTGSARQSNRSDVADQASKISKLLQATDVSYLNLRKEVTKSSYGREEHLDLYDEVLRCNSEAFEPVAPGSTKEQMYNNSVPNNKVPERKLIVKNLSTNNEPVKDKGETQRQHEHDAVTSSSRKPKSKKKTSDDTLPTEPDGSELQDAAVERFCEVLEDLCGKAEISADDREEGESEWLLLPVGNLRTLVKEIMAARTSKILHFVPVGLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G172590`
TK1151 ID	TkA06G172590
OH-1004 ID	LXL04_024148
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G172590

位置 Chr06:45311234-45323614 (+)

描述 Similar to SCC2: Sister chromatid cohesion protein SCC2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g15540`	胚胎发生过程中细胞命运决定所需的必需蛋白。	The plant adherin AtSCC2 is required for embryogenesis and sister-chromatid cohesion during meiosis in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03845.x Cohesin gene defects may impair sister chromatid alignment and genome stability in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1007/s00412-009-0220-x The Arabidopsis homolog of Scc4/MAU2 is essential for embryogenesis.2017 · DOI: 10.1242/jcs.196865

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024148 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000070 mitotic sister chromatid segregation 生物过程

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0007062 sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0007064 mitotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0008104 intracellular protein localization 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G15540

dre:794108

hsa:25836

mmu:71175

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.918

排名 1 · TkA06G172590 · TK1151

细胞质0.142

排名 2 · TkA06G172590 · TK1151

细胞膜0.029

排名 3 · TkA06G172590 · TK1151

高尔基体0.018

排名 4 · TkA06G172590 · TK1151

内质网0.016

排名 5 · TkA06G172590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22928INTS1_R4284-314 aa

PF12717Cnd1288-343 aa

PF11596DUF3246357-380 aa

PF23048SH3-A_UBE2O359-401 aa

PF23227HEAT_MROH2B_C541-589 aa

PF20168PDS5580-643 aa

PF13513HEAT_EZ610-637 aa

PF02985HEAT618-639 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G172590	`PF22928`	INTS1_R4	284	314	0.0022	18.6
TkA06G172590	`PF12717`	Cnd1	288	343	3e-06	28.1
TkA06G172590	`PF11596`	DUF3246	357	380	3.2	7.9
TkA06G172590	`PF23048`	SH3-A_UBE2O	359	401	0.58	11.7
TkA06G172590	`PF23227`	HEAT_MROH2B_C	541	589	0.087	12.8
TkA06G172590	`PF20168`	PDS5	580	643	4.6e-08	32.1
TkA06G172590	`PF13513`	HEAT_EZ	610	637	0.095	14.0
TkA06G172590	`PF02985`	HEAT	618	639	0.00048	20.8
TkA06G172590	`PF23227`	HEAT_MROH2B_C	619	643	0.087	12.8
TkA06G172590	`PF00628`	PHD	675	719	5.5e-06	27.0
TkA06G172590	`PF27108`	PHD_Pygo	675	723	2.6	8.9
TkA06G172590	`PF13831`	PHD_2	690	719	0.0013	18.9
TkA06G172590	`PF12717`	Cnd1	841	879	3e-06	28.1
TkA06G172590	`PF20168`	PDS5	844	1003	4.6e-08	32.1
TkA06G172590	`PF25786`	HEAT_GCN1_C	846	907	0.0057	17.4
TkA06G172590	`PF02985`	HEAT	849	877	0.00048	20.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A5HEI1`	拟南芥	sp\|A5HEI1\|SCC2_ARATH Sister chromatid cohesion protein SCC2	57.300%	Swiss-Prot	高置信

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