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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G164390
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 43261391-43263845 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2220 bp · TkA06G164390|TK1151|cDNA

ATGCTCACTTCAAAAGACCCTTCATCATGGAAAAGAAGCGCATGCTCACATGATTGGTACTTACACAACGGAAGTTGTTGGAAATCCCTCGAAATTTTCACGCGAATCCGAAGAGAAAACGTCGAATTGGATGCGACTACATTTGCTGTGGTTCTAAAAGCCTGTTTAGGTCTAGACGATCATACTCTAGGAATTCAAATTCATGGACTTTTAATCCGTCTGGGATTTGTTCACGATGTGGTTGCTGGTAGTGCGACTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2220 bp · TkA06G164390|TK1151|CDS

ATGCTCACTTCAAAAGACCCTTCATCATGGAAAAGAAGCGCATGCTCACATGATTGGTACTTACACAACGGAAGTTGTTGGAAATCCCTCGAAATTTTCACGCGAATCCGAAGAGAAAACGTCGAATTGGATGCGACTACATTTGCTGTGGTTCTAAAAGCCTGTTTAGGTCTAGACGATCATACTCTAGGAATTCAAATTCATGGACTTTTAATCCGTCTGGGATTTGTTCACGATGTGGTTGCTGGTAGTGCGACTGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

739 aa · TkA06G164390|TK1151|PROTEIN

MLTSKDPSSWKRSACSHDWYLHNGSCWKSLEIFTRIRRENVELDATTFAVVLKACLGLDDHTLGIQIHGLLIRLGFVHDVVAGSATVDMYAKCKKLNESITFFNEMPVKNWVSWSALIAGCVQNDEFLSGLKLFKNMQKEGLGVSQSTYASLFRSCAGLSSLQFGSQLHAHSLKMNFGSDSIVGTATLDMYAKCGQLSDSKKLFHTLSTHNLQSYNAIITGCVRGNQGFEALELFHNLRKTDLGFDDITLSGAFSACAVT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G164390
TK1151 IDTkA06G164390
OH-1004 IDLXL04_024214
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.294 / OH-1004 84.192
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G164390
位置Chr06:43261391-43263845 (+)
描述Similar to PCMP-E90: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g02330, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g02330 参与线粒体 RNA 的 C 到 U 编辑。
MEF13 Requires MORF3 and MORF8 for RNA Editing at Eight Targets in Mitochondrial mRNAs in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1016/j.molp.2015.05.008
At3g53360 含五基重复蛋白 At3g53360，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g57430 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At5g09950 推测为含有五聚重复肽的蛋白质At5g09950。 暂无已核实直接文献
At2g33680 含五肽重复序列的蛋白 At2g33680。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024214 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0060090 molecular adaptor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G02330
ath:AT3G09040
ath:AT4G39530
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.675
排名 1 · TkA06G164390 · TK1151
质体0.214
排名 2 · TkA06G164390 · TK1151
细胞核0.043
排名 3 · TkA06G164390 · TK1151
细胞质0.034
排名 4 · TkA06G164390 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA06G164390 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_218-55 aa
PF01535PPR19-41 aa
PF29070MSC6_N21-55 aa
PF20412RALGAPB_N24-63 aa
PF13762MNE127-62 aa
PF17177PPR_long28-56 aa
PF23276TPR_2428-61 aa
PF13812PPR_332-55 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G164390PF13041PPR_218552.3e-77255.6
TkA06G164390PF01535PPR19416.2e-68221.1
TkA06G164390PF29070MSC6_N21554.3e-1349.8
TkA06G164390PF20412RALGAPB_N24630.07513.7
TkA06G164390PF13762MNE127629e-0523.2
TkA06G164390PF17177PPR_long28561.4e-1764.5
TkA06G164390PF23276TPR_2428611.5e-1454.7
TkA06G164390PF13812PPR_332556.4e-2381.3
TkA06G164390PF26713TPR_RPO41_N34590.005217.1
TkA06G164390PF29978ATP18_TPR37700.001818.9
TkA06G164390PF19261DUF590471990.001219.6
TkA06G164390PF13041PPR_2791102.3e-77255.6
TkA06G164390PF17049AEP1861071.9e-0524.7
TkA06G164390PF01535PPR871096.2e-68221.1
TkA06G164390PF12854PPR_1881064.2e-33113.5
TkA06G164390PF29070MSC6_N881554.3e-1349.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FWA6拟南芥sp|Q9FWA6|PP207_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g02330, mitochondrial58.400%Swiss-Prot高置信
Q9LFI1拟南芥sp|Q9LFI1|PP280_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53360, mitochondrial34.300%Swiss-Prot中等置信
Q7Y211拟南芥sp|Q7Y211|PP285_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic34.600%Swiss-Prot中等置信
Q9FIB2拟南芥sp|Q9FIB2|PP373_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0995034.600%Swiss-Prot中等置信
P93005拟南芥sp|P93005|PP181_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g3368035.000%Swiss-Prot中等置信

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