TkA06G130980 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G130980

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 34173134-34179266 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1609 bp · TkA06G130980|TK1151|cDNA

GGGAGTGCTTGGGACCCAATTTTCGCTAACGAACGTTTGTTGTACATTATATATTTGTACCGTACAAGTAAGTATTGCGTCCCGCTTTTTACTACTATATCTCACGCTCTACACTATTCCCATTCTCTGGGCGTGGAAAACCTGAACCAAACACTCCATACGTTTCTTACATTTTTTCTGCTCAATTTCTCAGCATATTTTTATTATAAATTCGAAATATATAAAATAAGCAAAACCACTCCATTGCTCCCTCCGCCTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

867 bp · TkA06G130980|TK1151|CDS

ATGTTGCAAAAATGGCGTGGTCACAAACAGCATGAAAGTAAACCCCTGGATCATGAAAAATTGATCCAAGAACTCAGGACTGCTATCGGACCTCTCTCTGGGCACGCATCAAAATTTTGTACAGATGCATGCCTTAAAAGGTATTTGGAAGCCCGAAGCTGGAATCTTGAAAAAGCCAAAAAAATGTTACAAGACACACTTGAATGGAGGTCAAATTACAAACCTCATGAAATTCGTTGGGAGCAAGTAGCACAAGAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

288 aa · TkA06G130980|TK1151|PROTEIN

MLQKWRGHKQHESKPLDHEKLIQELRTAIGPLSGHASKFCTDACLKRYLEARSWNLEKAKKMLQDTLEWRSNYKPHEIRWEQVAQEGETGKVSRGNFVDRFGRPVLIMRPGKQNTKTGEGNVRHLVYLTENAILNLPQGQEQMTWLVDFTGYSLSATNIQPKTSRDIINVLQNHYPERLAIIILYNPPKLFQAFFKVISYFIDPKTYLKIKFVYPNDKDSIEIMNSYFDTDNLPSEFGGKANLNLKYDHEEFSKLMIEDD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G130980`
TK1151 ID	TkA06G130980
OH-1004 ID	LXL04_024567
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G130980

位置 Chr06:34173134-34179266 (-)

描述 Similar to SPCC23B6.04c: CRAL-TRIO domain-containing protein C23B6.04c (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g39180`	对高尔基复合体分泌蛋白的运输是必需的（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024567 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006658 phosphatidylserine metabolic process 生物过程

GO:0008654 phospholipid biosynthetic process 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0015914 phospholipid transport 生物过程

GO:0016126 sterol biosynthetic process 生物过程

GO:0043001 Golgi to plasma membrane protein transport 生物过程

GO:0120010 intermembrane phospholipid transfer 生物过程

GO:1901352 negative regulation of phosphatidylglycerol biosynthetic process 生物过程

GO:2001247 positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ddi:DDB_G0269182

sce:YNL231C

sce:YNL264C

spo:2539120

spo:2543637

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.335

排名 1 · TkA06G130980 · TK1151

内质网0.232

排名 2 · TkA06G130980 · TK1151

线粒体0.230

排名 3 · TkA06G130980 · TK1151

过氧化物酶体0.137

排名 4 · TkA06G130980 · TK1151

细胞膜0.135

排名 5 · TkA06G130980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03765CRAL_TRIO_N8-65 aa

PF28801DUF846412-23 aa

PF22566UBA_817-27 aa

PF28528UBA_Pinta40-73 aa

PF22566UBA_843-59 aa

PF28801DUF846444-64 aa

PF00650CRAL_TRIO96-239 aa

PF13716CRAL_TRIO_2102-240 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G130980	`PF03765`	CRAL_TRIO_N	8	65	3.4e-09	37.4
TkA06G130980	`PF28801`	DUF8464	12	23	0.018	15.8
TkA06G130980	`PF22566`	UBA_8	17	27	0.14	12.7
TkA06G130980	`PF28528`	UBA_Pinta	40	73	0.0086	17.0
TkA06G130980	`PF22566`	UBA_8	43	59	0.14	12.7
TkA06G130980	`PF28801`	DUF8464	44	64	0.018	15.8
TkA06G130980	`PF00650`	CRAL_TRIO	96	239	4.4e-36	124.7
TkA06G130980	`PF13716`	CRAL_TRIO_2	102	240	9e-09	36.5
TkA06G130980	`PF28801`	DUF8464	189	228	0.018	15.8
TkA06G130980	`PF03765`	CRAL_TRIO_N	250	272	3.4e-09	37.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JVA9`	拟南芥	sp\|F4JVA9\|SFH2_ARATH Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH2	28.200%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情