TkA06G123190 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G123190

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 32077255-32079977 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1117 bp · TkA06G123190|TK1151|cDNA

CATCGATTTTAGGTTATAAAAGGAGTTGAGATTACGAATTACCCAATACCTGTCTTTCTTTTTAATTTTTCATCATCAGTTGGTTGTGGGTTACGTATACAGTTGGTTTAAAAGATCAGTATTGTAGAGGAGATTTAGAGAGAGAAAGTTAGAGAGAGAGATGGGTAGGGGGAAGATAGAGATAAGGAAGATAGAAAATAATACAAACAGACAGGTGACATACTCAAAGAGAAGAAATGGGATATTCAAGAAAGCTCATG...

CDS

下载 CDS FASTA

681 bp · TkA06G123190|TK1151|CDS

ATGGGTAGGGGGAAGATAGAGATAAGGAAGATAGAAAATAATACAAACAGACAGGTGACATACTCAAAGAGAAGAAATGGGATATTCAAGAAAGCTCATGAGCTTACTGTTCTCTGTGATGCCAAGGTTTCTCTTATTATGTTCTCCAATACTGGCAAGTTCCATGAGTATATCAGCCCTTCCACCACGACTAAAAAGATGTATGATATGTATCAAACAACTCTAGGTTTTGATCTCTGGAGCTCCCACTATGAGAGGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

226 aa · TkA06G123190|TK1151|PROTEIN

MGRGKIEIRKIENNTNRQVTYSKRRNGIFKKAHELTVLCDAKVSLIMFSNTGKFHEYISPSTTTKKMYDMYQTTLGFDLWSSHYERMKETMKKLKDTNNKLRREIRQRVLGDNLDGLDMNDLTILEQQMQDSLTVVRERKYHVIKTQTDTCRKRVKNLEQRNGNLRLDYDTIHQLDKKYGMVENEGGYESAVAYSDGVSNLYGFCAHPNNNIADGSGYHPHGHRLT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G123190`
TK1151 ID	TkA06G123190
OH-1004 ID	LXL04_008837
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	54.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.053 / OH-1004 86.344 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G123190

位置 Chr06:32077255-32079977 (-)

描述 Similar to DEFA: Floral homeotic protein DEFICIENS

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g54340`	可能的转录因子，参与花发育遗传调控。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008837 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010093 specification of floral organ identity 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0048437 floral organ development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000977 RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding 分子功能

GO:0000978 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding 分子功能

GO:0000981 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G54340

vvi:100233014

vvi:100233029

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.968

排名 1 · TkA06G123190 · TK1151

细胞质0.089

排名 2 · TkA06G123190 · TK1151

细胞膜0.021

排名 3 · TkA06G123190 · TK1151

内质网0.013

排名 4 · TkA06G123190 · TK1151

质体0.009

排名 5 · TkA06G123190 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00319SRF-TF10-57 aa

PF12998ING26-46 aa

PF12998ING39-60 aa

PF17623B27761-149 aa

PF28231STB2_C80-106 aa

PF01486K-box81-167 aa

PF10046BLOC1_281-103 aa

PF04849HAP1_N82-107 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G123190	`PF00319`	SRF-TF	10	57	2.1e-25	88.6
TkA06G123190	`PF12998`	ING	26	46	6.6	8.1
TkA06G123190	`PF12998`	ING	39	60	6.6	8.1
TkA06G123190	`PF17623`	B277	61	149	0.051	13.4
TkA06G123190	`PF28231`	STB2_C	80	106	2.9	9.1
TkA06G123190	`PF01486`	K-box	81	167	5.3e-20	72.1
TkA06G123190	`PF10046`	BLOC1_2	81	103	0.13	13.4
TkA06G123190	`PF04849`	HAP1_N	82	107	0.012	15.5
TkA06G123190	`PF28121`	VPA1267	82	106	0.51	11.2
TkA06G123190	`PF12998`	ING	82	161	6.6	8.1
TkA06G123190	`PF08656`	DASH_Dad3	83	117	0.32	11.8
TkA06G123190	`PF30907`	IPGA1_CC	84	106	0.055	14.5
TkA06G123190	`PF04977`	DivIC	85	106	0.0044	17.5
TkA06G123190	`PF28297`	CCDC3_C	88	107	3.7	8.6
TkA06G123190	`PF15753`	BLOC1S3	92	152	0.16	12.7
TkA06G123190	`PF28231`	STB2_C	118	178	2.9	9.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P35632`	拟南芥	sp\|P35632\|AP3_ARATH Floral homeotic protein APETALA 3	51.400%	Swiss-Prot	高置信

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